PhD Olli Pentikäinen - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Olli Pentikäinen
PhD

- ,
InFLAMES Lippulaiva (lääketieteellinen tiedekunta)
- professori,
biolääketieteen laitos (lääketieteellinen tiedekunta)

olli.pentikainen@utu.fi

+358 40 521 6913

Kiinamyllynkatu 10

Turku

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-7188-4016

MedChem.fi

Asiantuntijuusalueet

Tietokone-riippuvainen lääkeainekehitys; Molekyylimallinnus; Proteiinien rakenne-toiminta suhde; Proteiini-proteiini vuorovaikutus

Biografia

Koulutus:
FM (orgaaninen) kemia 1995 (Joensuun yliopisto)
FT Biokemia 2003 (Åbo Akademi)
Dosentti (Biokemia) 2005- (Turun yliopisto)

Vakanssit:
2017- Lääkeainekemian professori (Turun yliopisto) 8/2017
2006- Solu- ja molekyylibiologian Yliassistentti/Yliopistonlehtori (Jyväskylän yliopisto)
2015 Vieraileva vanhempi tutkija (University of Innsbruck, Itävalta)
2005-2006 Vieraileva vanhempi tutkija (University of Bristol, UK)
1999-2005 Tutkimuspäällikkö (FBD OY)

Tutkimus

Tutkimuksemme keskittyy uusien tehokkaiden lääkeaineiden etsimiseen sekä siihen liittyvien uusien menetelmien kehitykseen. Erityisesti aiemmin mahdottomina pidetyt syöpälääkekehityskohteet yhdessä lääkeaineiden riskiarvioinnin kanssa muodostavat tällä hetkellä tutkimuksemme pääpainoalueet.

Julkaisut

1/7

Atomistic simulations reveal impacts of missense mutations on the structure and function of SynGAP1 (2024)
- Briefings in Bioinformatics
Ali, Aliaa E.; Li, Li-Li; Courtney, Michael J.; Pentikäinen, Olli T.; Postila, Pekka A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Building shape-focused pharmacophore models for effective docking screening (2024)
- Journal of cheminformatics
Moyano-Gómez, Paola; Lehtonen, Jukka V.; Pentikäinen, Olli T.; Postila, Pekka A.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Oxazolidinones: Are they only good for the discovery of antibiotics? A worm's eye view (2023)
- Journal of Molecular Structure
Pathania Shelly, Petrova-Szczasiuk Kseniia, Pentikäinen Olli, Singh Pankaj Kumar
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Virtual Screening Strategy to Identify Retinoic Acid-Related Orphan Receptor γt Modulators (2023)
- Molecules
Jokinen Elmeri M, Niemeläinen Miika, Kurkinen Sami T, Lehtonen Jukka V, Lätti Sakari, Postila Pekka A, Pentikäinen Olli T, Niinivehmas Sanna P
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Computational Study on the Inhibitory Effect of Natural Compounds against the SARS-CoV-2 Proteins (2022)
- Bioinorganic Chemistry and Applications
Jayaraj John Marshal, Jothimani Muralidharan, Palanisamy Chella Perumal, Pentikäinen Olli T, Pannipara Mehboobali, Al-Sehemi Abdullah G, Muthusamy Karthikeyan, Gopinath Krishnasamy
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Ligand-Enhanced Negative Images Optimized for Docking Rescoring (2022)
- International Journal of Molecular Sciences
Kurkinen Sami T, Lehtonen Jukka V, Pentikäinen Olli T, Postila Pekka A
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Optimization of Cavity-Based Negative Images to Boost Docking Enrichment in Virtual Screening (2022)
- Journal of Chemical Information and Modeling
Kurkinen Sami T., Lehtonen Jukka V., Pentikäinen Olli T., Postila Pekka A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Rational design, optimization, and biological evaluation of novel α-Phosphonopropionic acids as covalent inhibitors of Rab geranylgeranyl transferase (2022)
- Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry
Malolepsza Joanna, Marchwicka Aleksandra, Serwa Remigiusz A., Niinivehmas Sanna P., Pentikäinen Olli T., Gendaszewska-Darmach Edyta, Blazewska Katarzyna M.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Sdfconf: A Novel, Flexible, and Robust Molecular Data Management Tool (2022)
- Journal of Chemical Information and Modeling
Lätti Sakari T., Niinivehmas Sanna, Pentikäinen Olli T.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
A holistic view on c-Kit in cancer: Structure, signaling, pathophysiology and its inhibitors (2021)
- BBA - Reviews on Cancer
Pathania Shelly, Pentikäinen Olli T, Singh Pankaj Kumar
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Coumarins as Tool Compounds to Aid the Discovery of Selective Function Modulators of Steroid Hormone Binding Proteins (2021)
- Molecules
Niinivehmas Sanna, Pentikäinen Olli T.
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Detection of binding sites on SARS-CoV-2 Spike protein receptor-binding domain by molecular dynamics simulations in mixed solvents (2021)
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
Jokinen Elmeri M., Gopinath Krishnasamy, Kurkinen Sami T., Pentikäinen Olli T.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Molecular docking and oxidation kinetics of 3-phenyl coumarin derivatives by human CYP2A13 (2021)
- Xenobiotica
Juvonen Risto O, Jokinen Elmeri M, Huuskonen Juhani, Karkkainen Olli, Raunio Hannu, Pentikäinen Olli T
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Negative Image-Based Rescoring: Using Cavity Information to Improve Docking Screening (2021) Protein-Ligand Interactions and Drug Design Pentikäinen Olli T., Postila Pekka A.
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
Negative Image-Based Screening: Rigid Docking Using Cavity Information (2021) Protein-Ligand Interactions and Drug Design Postila Pekka A., Kurkinen Sami T., Pentikäinen Olli T.
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
Substrate Selectivity of Coumarin Derivatives by Human CYP1 Enzymes: In Vitro Enzyme Kinetics and In Silico Modeling (2021)
- ACS Omega
Juvonen Risto O, Ahinko Mira, Jokinen Elmeri M., Huuskonen Juhani, Raunio Hannu, Pentikäinen Olli T
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Coumarin-Based Profluorescent and Fluorescent Substrates for Determining Xenobiotic-Metabolizing Enzyme Activities In Vitro (2020)
- International Journal of Molecular Sciences
Hannu Raunio, Olli Pentikäinen, Risto O. Juvonen
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Cyanidin-3-glucoside binds to talin and modulates colon cancer cell adhesions and 3D growth (2020)
- FASEB Journal
Zbigniew Baster, Liqing Li, Sampo Kukkurainen, Jing Chen, Olli Pentikäinen, Balázs Győrffy, Vesa P. Hytönen, Haining Zhu, Zenon Rajfur, Cai Huang
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Inhibition of human CYP1 enzymes by a classical inhibitor α-naphthoflavone and a novel inhibitor N-(3, 5-dichlorophenyl)cyclopropanecarboxamide: An in vitro and in silico study (2020)
- Chemical Biology and Drug Design
Risto Olavi Juvonen, Elmeri Matias Jokinen, Adeel Javaid, Marko Lehtonen, Hannu Raunio, Olli Taneli Pentikäinen
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Inhibition of Pneumolysin Cytotoxicity by Hydrolysable Tannins (2020)
- Antibiotics
Santeri Maatsola, Sami Kurkinen, Marica T. Engström, Thomas K. M. Nyholm, Olli Pentikäinen, Juha-Pekka Salminen, Sauli Haataja
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )