Coordinator/Senior researcher (PhD) Tuomas Huokko - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Tuomas Huokko
Coordinator/Senior researcher (PhD)

- erikoistutkija,
molekulaarinen kasvibiologia (bioteknologian laitos)

Photosynthetic Microbes group

ttthuo@utu.fi

Tykistökatu 6

Turku

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-4409-3651

Photosynthetic Microbes

Asiantuntijuusalueet

syanobakteerit; fotomiksotrofia; fotosynteesin ja respiraation elektronisiirto ja sen säätely; tylakoidikalvojen biogeneesi

Tutkimusyhteisö tai tutkimusaihe

Photosynthetic Microbes -tutkimusryhmä

Biografia

Suoritin maisterin tutkinnon fysiologiasta ja genetiikasta Turun yliopiston biologian laitokselta vuonna 2012. Tämän jälkeen aloitin väitöskirjatutkimukseni akatemiaprofessori Eva-Mari Aron tutkimusryhmässä Turun yliopiston biokemian laitoksella ja valmistuin vuonna 2018. Väitöskirjatutkimukseni keskittyi syanobakteerien tärkeimpien bioenergiaprosessien säätelyyn. Vuodet 2018–2021 työskentelin postdoc-tutkijana professori Luning Liun ryhmässä Liverpoolin yliopistossa, Isossa-Britanniassa, tutkien syanobakteerien tylakoidikalvojen biogeneesiä ja dynamiikkaa. Tämän jälkeen liityin tutkijatohtorina professori Yagut Allahverdiyevan tutkimusryhmään Turun yliopistossa ja pääprojektini koski yhteyttävien mikrobien bioenergetiikan säätelyä fotomiksotrofisissa olosuhteisa. Alkuvuodesta 2025 aloitin tehtäväni erikoistutkijana samassa ryhmässä.

Tutkimus

Julkaisut

The role of the LysR-type transcription factor PacR in regulating nitrogen metabolism in Anabaena sp. PCC7120 (2024)
- bioRxiv
Werner, E.; Huokko, T.; Santana-Sanchez, A.; Picossi, S.; Nikkanen, L.; Herrero, A.; Allahverdiyeva, Y.
(O2 Muu julkaisu )
Patterning of the Autotrophic, Mixotrophic, and Heterotrophic Proteomes of Oxygen-Evolving Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (2022)
- Frontiers in Microbiology
Muth-Pawlak Dorota, Kreula Sanna, Gollan Peter J., Huokko Tuomas, Allahverdiyeva Yagut, Aro Eva-Mari
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Hydrocarbon Desaturation in Cyanobacterial Thylakoid Membranes Is Linked With Acclimation to Suboptimal Growth Temperatures (2021)
- Frontiers in Microbiology
Vuorio Eerika, Thiel Kati, Fitzpatrick Duncan, Huokko Tuomas, Kämäräinen Jari, Dandapani Hariharan, Aro Eva-Mari, Kallio Pauli
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Probing the biogenesis pathway and dynamics of thylakoid membranes (2021)
- Nature Communications
Huokko Tuomas, Ni Tao, Dykes Gregory F, Simpson Deborah M, Brownridge Philip, Conradi Fabian D, Beynon Robert J, Nixon Peter J, Mullineaux Conrad W, Zhang Peijun, Liu Lu-Ning
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
mRNA localization, reaction centre biogenesis and thylakoid membrane targeting in cyanobacteria (2020)
- Nature Plants
Mahbub M, Hemm L, Yang YX, Kaur R, Carmen H, Engl C, Huokko T, Riediger M, Watanabe S, Liu LN, Wilde A, Hess WR, Mullineaux CW
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Structural variability, coordination and adaptation of a native photosynthetic machinery (2020)
- Nature Plants
Zhao LS, Huokko T, Wilson S, Simpson DM, Wang Q, Ruban AV, Mullineaux CW, Zhang YZ, Liu LN
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Thylakoid Localized Type 2 NAD(P)H Dehydrogenase NdbA Optimizes Light-Activated Heterotrophic Growth of Synechocystis sp. PCC 6803 (2019)
- Plant and Cell Physiology
Tuomas Huokko, Dorota Muth-Pawlak, Eva-Mari Aro
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Integrative regulation of major bioenergetic pathways in Synechocystis sp. PCC 6803 (2018) Huokko Tuomas
(G5 Artikkeliväitöskirja)
Acclimation of Oxygenic Photosynthesis to Iron Starvation Is Controlled by the sRNA IsaR1 (2017)
- Current Biology
Georg J, Kostova G, Vuorijoki L, Schon V, Kadowaki T, Huokko T, Baumgartner D, Muller M, Klahn S, Allahverdiyeva Y, Hihara Y, Futschik ME, Aro EM, Hess WR
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Pyridine nucleotide transhydrogenase PntAB is essential for optimal growth and photosynthetic integrity under low-light mixotrophic conditions in Synechocystis sp. PCC 6803 (2017)
- New Phytologist
Jari Kämäräinen, Tuomas Huokko, Sanna Kreula, Patrik R. Jones, Eva-Mari Aro, Pauli Kallio
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Role of Type 2 NAD(P)H Dehydrogenase NdbC in Redox Regulation of Carbon Allocation in Synechocystis (2017)
- Plant Physiology
Tuomas Huokko, Dorota Muth-Pawlak, Natalia Battchikova, Yagut Allahverdiyeva, Eva-Mari Aro
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Distinguishing the Roles of Thylakoid Respiratory Terminal Oxidases in the Cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 (2016)
- Plant Physiology
Ermakova M, Huokko T, Richaud P, Bersanini L, Howe CJ, Lea-Smith DJ, Peltier G, Allahverdiyeva Y
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Impact of Different Group 2 Sigma Factors on Light Use Efficiency and High Salt Stress in the Cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 (2013)
- PLoS ONE
Tyystjärvi T, Huokko T, Rantamäki S, Tyystjärvi E
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
The SigB sigma Factor Regulates Multiple Salt Acclimation Responses of the Cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 (2012)
- Plant Physiology
Nikkinen HL, Häkkilä K, Gunnelius L, Huokko T, Pollari M, Tyystjärvi T
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Effects of Deficiency and Overdose of Group 2 Sigma Factors in Triple Inactivation Strains of Synechocystis sp. Strain PCC 6803 (2011)
- Journal of Bacteriology
Pollari M, Rantamaki S, Huokko T, Karlund-Marttila A, Virjamo V, Tyystjarvi E, Tyystjarvi T
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )