Ph.D. Anssi Malinen - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Anssi Malinen
Ph.D.

- dosentti,
bioteknologian laitos (teknillinen tiedekunta)
- yliopistonlehtori,
biokemia (bioteknologian laitos)

ansmal@utu.fi

+358 29 450 4784

Tykistökatu 6

Turku

Työhuone: 6128

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-2987-2649

Group web page

https://malinenlab.utu.fi/

Asiantuntijuusalueet

Biokemia; entsyymi- ja proteiinikemia; entsyymikinetiikka; entsyymi-inhibiittorit; molekyylibiologia; geeniluenta; transkriptio; RNA-polymeraasi; biofysiikka; pyrofosfataasit; yliopisto-opettaja

Biografia

Yliopistonlehtori 9/2022-

Akatemiatutkija, tutkimusryhmänjohtaja 9/2017-8/2022 (viisivuotiskausi).
Tutkimusaihe: Geeniluennan säätely eukaryooteissa.

Tutkija / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2016-2017.
Tutkimusaihe: Geeniluennan mekanismit & Membraanipyrofosfataasien molekyylievoluutio.

Tutkijatohtori. Oxfordin yliopisto, Fysiikan laitos, 2014-2016.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription aloituksen biofysiikka yksittäisten molekyylien tasolla.

Tutkijatohtori / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2009-2014.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription pidentymisvaiheen mekanismit & Membraanipyrofosfataasien toimintamekanismi.

Tohtorikoulutettava. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2002-2009.
Tutkimusaihe: Membraanipyrofosfataasien rakenne ja toiminta.

Tutkimus

Geneettinen informaatio muodostaa eliön rakenteen ja toiminnan perustan. Informaatio on varastoituna DNA:han, mistä solu sitä valikoivasti hyödyntää. RNA-polymeraasi nimisellä proteiinilla on ratkaiseva rooli geeniluennan ensimmäisessä vaiheessa. Se muodostaa geeneistä RNA-kopioita, jotka toimivat proteiinien valmistusohjeena, säätelytehtävissä tai proteiineja valmistavien ribosomien rakennusosina. Nykyisen tutkimukseni tavoitteena on selvittää, miten ribosomien rakennusosien valmistamiseen erikoistunut RNA-polymeraasi I aloittaa RNA:n tuottamisen. Tämän monimutkaisen molekyylitason tapahtumasarjan ymmärtämiseksi käytämme biokemiaan ja yksittäisten molekyylien fluoresenssikuvantamiseen perustuvia tutkimusmenetelmiä. Motiivinamme on ymmärtää, miten geeniluentakoneisto reagoi ympäristön signaaleihin. RNA polymeraasi I:n toiminta on yliaktiivista monissa syöpäsoluissa, joten tutkimuksemme voi avata uusia mahdollisuuksia RNA polymeraasi I:n toimintaa hillitsevien syöpälääkkeiden kehittämisessä.

Opetus

Opetusalat:
Bioprosessitekniikka, nisäkässolut solutehtaina, entsyymi- ja proteiinikemia, geeniluenta (transkriptio), geenien säätely, biologiset membraanit.

Julkaisut

1/2

A kinetic ruler controls mRNA poly(A) tail lengthCBR antimicrobials alter coupling between the bridge helix and the β subunit in RNA polymerase (2025)
- Genes and Development
Gabs, Emilie; Aalto-Setälä, Emil; Välisaari, Aada; Malinen, Anssi M.; Jensen, Torben Heick; McLaughlin, Stephen H.; Passmore, Lori A.; Turtola, Matti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Aflatoxin biosynthesis regulators AflR and AflS : DNA binding affinity, stoichiometry, and kineticsQuantitative parameters of bacterial RNA polymerase open-complex formation, stabilization and disruption on a consensus promoter (2024)
- Biochemical Journal
Abbas, Asmaa; Prajapati, Ranjit K; Aalto-Setälä, Emil; Baykov, Alexander A.; Malinen, Anssi M
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Functional and structural asymmetry suggest a unifying principle for catalysis in membrane-bound pyrophosphatases (2024)
- EMBO Reports
Strauss Jannik, Wilkinson Craig, Vidilaseris Keni, de Castro Ribeiro Orquidea M, Liu Jianing, Hillier James, Wichert Maximilian, Malinen Anssi M, Gehl Bernadette, Jeuken Lars JC, Pearson Arwen R, Goldman Adrian
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
A methanolic extract of Zanthoxylum bungeanum modulates secondary metabolism regulator genes in Aspergillus flavus and shuts down aflatoxin productionThe Mechanism of Energy Coupling in H+/Na+-Pumping Membrane Pyrophosphatase-Possibilities and Probabilities (2022)
- Scientific ReportsInternational Journal of Molecular Sciences
Abbas Asmaa, Wright Colin W, ElSawi Nagwa, Yli-Mattila Tapani, Malinen Anssi M
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Pre-steady-state kinetics and solvent isotope effects support the "billiard-type" transport mechanism in Na+-translocating pyrophosphatase (2022)
- Protein Science
Malinen Anssi M, Anashkin Viktor A, Orlov Victor N, Bogachev Alexander V, Lahti Reijo, Baykov Alexander A
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2022)
- Nucleic Acids Research
Bera Subhas C, America Pim PB, Maatsola Santeri, Seifert Mona, Ostrofet Eugeniu, Cnossen Jelmer, Spermann Monika, Papini Flávia S, Depken Martin, Malinen Anssi M, Dulin David
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Real-Time Single-Molecule Studies of RNA Polymerase–Promoter Open Complex Formation Reveal Substantial Heterogeneity Along the Promoter-Opening Pathway (2022)
- Journal of Molecular Biology
Malinen Anssi M., Bakermans Jacob, Aalto-Setälä Emil, Blessing Martin, Bauer David L.V., Parilova Olena, Belogurov Georgiy A., Dulin David, Kapanidis Achillefs N.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2022)
Baykov Alexander A, Anashkin Viktor A, Malinen Anssi M, Bogachev Alexander V
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Catalytic asymmetry in homodimeric h+‐pumping membrane pyrophosphatase demonstrated by non‐hydrolyzable pyrophosphate analogs (2021)
- International Journal of Molecular SciencesNature Communications
Anashkin Viktor A., Malinen Anssi M., Bogachev Alexander V., Baykov Alexander A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2021)
- MoleculesBiochemical Journal
Baykov Alexander A, Anashkin Viktor A, Malinen Anssi M
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
A Single-Molecule View on Cellular and Viral RNA Synthesis (2019) Biophysics of RNA-Protein Interactions: A Mechanistic View Ostrofet Eugen, Stal Papini Flavia, Malinen Anssi M, Dulin David
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
(2019)
- Nucleic Acids ResearchProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Prajapati R.K., Rosenqvist P., Palmu K., Mäkinen J.J., Malinen A.M., Virta P., Metsä-Ketelä M., Belogurov G.A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2018)
David Dulin, David L. V. Bauer, Anssi M. Malinen, Jacob J. W. Bakermans, Martin Kaller, Zakia Morichaud, Ivan Petushkov, Martin Depken, Konstantin Brodolin, Andrey Kulbachinskiy, Achillefs N. Kapanidis
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Role of the potassium/lysine cationic center in catalysis and functional asymmetry in membrane-bound pyrophosphatases (2018)
Artukka E, Luoto HH, Baykov AA, Lahti R, Malinen AM
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Two independent evolutionary routes to Na+/H+ cotransport function in membrane pyrophosphatases. (2016)
- Biochemical Journal
Erika Nordbo, Heidi H. Luoto, Alexander A. Baykov, Reijo Lahti, Anssi M. Malinen
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Cytochrome cbb3 of Thioalkalivibrio is a Na+-pumping cytochrome oxidase (2015)
Muntyan MS, Cherepanov DA, Malinen AM, Bloch DA, Sorokin DY, Severina II, Ivashina TV, Lahti R, Muyzer G, Skulachev VP
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Evolutionarily divergent, Na+-regulated H+-transporting membrane-bound pyrophosphatases (2015)
- Biochemical Journal
Heidi H. Luoto, Erika Nordbo, Anssi M. Malinen, Alexander A. Baykov, Reijo Lahti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Monitoring translocation of multisubunit RNA polymerase along the DNA with fluorescent base analogues (2015) Bacterial Transcriptional Control Malinen Anssi M., Turtola Matti, Belogurov Georgiy A.
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
2014
- Nature Communications
Malinen AM, Nandymazumdar M, Turtola M, Malmi H, Grocholski T, Artsimovitch I, Belogurov GA.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2013)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Luoto HH, Baykov AA, Lahti R, Malinen AM
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )