Anssi Malinen
Ph.D.
ansmal@utu.fi +358 29 450 4784 Tykistökatu 6 Turku Työhuone: 6128 ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-2987-2649 |
Asiantuntijuusalueet
Biokemia; entsyymi- ja proteiinikemia; entsyymikinetiikka; entsyymi-inhibiittorit; molekyylibiologia; geeniluenta; transkriptio; RNA-polymeraasi; biofysiikka; pyrofosfataasit; yliopisto-opettaja
Biokemia; entsyymi- ja proteiinikemia; entsyymikinetiikka; entsyymi-inhibiittorit; molekyylibiologia; geeniluenta; transkriptio; RNA-polymeraasi; biofysiikka; pyrofosfataasit; yliopisto-opettaja
Biografia
Yliopistonlehtori 9/2022-
Akatemiatutkija, tutkimusryhmänjohtaja 9/2017-8/2022 (viisivuotiskausi).
Tutkimusaihe: Geeniluennan säätely eukaryooteissa.
Tutkija / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2016-2017.
Tutkimusaihe: Geeniluennan mekanismit & Membraanipyrofosfataasien molekyylievoluutio.
Tutkijatohtori. Oxfordin yliopisto, Fysiikan laitos, 2014-2016.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription aloituksen biofysiikka yksittäisten molekyylien tasolla.
Tutkijatohtori / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2009-2014.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription pidentymisvaiheen mekanismit & Membraanipyrofosfataasien toimintamekanismi.
Tohtorikoulutettava. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2002-2009.
Tutkimusaihe: Membraanipyrofosfataasien rakenne ja toiminta.
Tutkimus
Geneettinen informaatio muodostaa eliön rakenteen ja toiminnan perustan. Informaatio on varastoituna DNA:han, mistä solu sitä valikoivasti hyödyntää. RNA-polymeraasi nimisellä proteiinilla on ratkaiseva rooli geeniluennan ensimmäisessä vaiheessa. Se muodostaa geeneistä RNA-kopioita, jotka toimivat proteiinien valmistusohjeena, säätelytehtävissä tai proteiineja valmistavien ribosomien rakennusosina. Nykyisen tutkimukseni tavoitteena on selvittää, miten ribosomien rakennusosien valmistamiseen erikoistunut RNA-polymeraasi I aloittaa RNA:n tuottamisen. Tämän monimutkaisen molekyylitason tapahtumasarjan ymmärtämiseksi käytämme biokemiaan ja yksittäisten molekyylien fluoresenssikuvantamiseen perustuvia tutkimusmenetelmiä. Motiivinamme on ymmärtää, miten geeniluentakoneisto reagoi ympäristön signaaleihin. RNA polymeraasi I:n toiminta on yliaktiivista monissa syöpäsoluissa, joten tutkimuksemme voi avata uusia mahdollisuuksia RNA polymeraasi I:n toimintaa hillitsevien syöpälääkkeiden kehittämisessä.
Opetus
Opetusalat:
Bioprosessitekniikka, nisäkässolut solutehtaina, entsyymi- ja proteiinikemia, geeniluenta (transkriptio), geenien säätely, biologiset membraanit.
Julkaisut 
1/2
- Aflatoxin biosynthesis regulators AflR and AflS : DNA binding affinity, stoichiometry, and kinetics (2024)
- Biochemical Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Functional and structural asymmetry suggest a unifying principle for catalysis in membrane-bound pyrophosphatases (2024)
- EMBO Reports
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - A methanolic extract of Zanthoxylum bungeanum modulates secondary metabolism regulator genes in Aspergillus flavus and shuts down aflatoxin production (2022)
- Scientific Reports
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Pre-steady-state kinetics and solvent isotope effects support the "billiard-type" transport mechanism in Na+-translocating pyrophosphatase (2022)
- Protein Science
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Quantitative parameters of bacterial RNA polymerase open-complex formation, stabilization and disruption on a consensus promoter (2022)
- Nucleic Acids Research
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Real-Time Single-Molecule Studies of RNA Polymerase–Promoter Open Complex Formation Reveal Substantial Heterogeneity Along the Promoter-Opening Pathway (2022)
- Journal of Molecular Biology
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The Mechanism of Energy Coupling in H+/Na+-Pumping Membrane Pyrophosphatase-Possibilities and Probabilities (2022)
- International Journal of Molecular Sciences
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä) - Catalytic asymmetry in homodimeric h+‐pumping membrane pyrophosphatase demonstrated by non‐hydrolyzable pyrophosphate analogs (2021)
- International Journal of Molecular Sciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Good-Practice Non-Radioactive Assays of Inorganic Pyrophosphatase Activities (2021)
- Molecules
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä) - A Single-Molecule View on Cellular and Viral RNA Synthesis (2019) Biophysics of RNA-Protein Interactions: A Mechanistic View Ostrofet Eugen, Stal Papini Flavia, Malinen Anssi M, Dulin David
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa) - Oxazinomycin arrests RNA polymerase at the polythymidine sequences (2019)
- Nucleic Acids Research
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria (2018)
- Nature Communications
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Role of the potassium/lysine cationic center in catalysis and functional asymmetry in membrane-bound pyrophosphatases (2018)
- Biochemical Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Two independent evolutionary routes to Na+/H+ cotransport function in membrane pyrophosphatases. (2016)
- Biochemical Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Cytochrome cbb3 of Thioalkalivibrio is a Na+-pumping cytochrome oxidase (2015)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Evolutionarily divergent, Na+-regulated H+-transporting membrane-bound pyrophosphatases (2015)
- Biochemical Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Monitoring translocation of multisubunit RNA polymerase along the DNA with fluorescent base analogues (2015) Bacterial Transcriptional Control Malinen Anssi M., Turtola Matti, Belogurov Georgiy A.
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa) - CBR antimicrobials alter coupling between the bridge helix and the β subunit in RNA polymerase (2014)
- Nature Communications
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Membrane-integral pyrophosphatase subfamily capable of translocating both Na+ and H+ (2013)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Membrane Na+-pyrophosphatases Can Transport Protons at Low Sodium Concentrations (2013)
- Journal of Biological Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Turun yliopiston Tutkimustietojärjestelmän portaali