Ph.D. Anssi Malinen - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Anssi Malinen
Ph.D.

- dosentti,
bioteknologian laitos (teknillinen tiedekunta)
- yliopistonlehtori,
biokemia (bioteknologian laitos)

ansmal@utu.fi

+358 29 450 4784

Tykistökatu 6

Turku

Työhuone: 6128

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-2987-2649

Group web page

https://malinenlab.utu.fi/

Asiantuntijuusalueet

Biokemia; entsyymi- ja proteiinikemia; entsyymikinetiikka; entsyymi-inhibiittorit; molekyylibiologia; geeniluenta; transkriptio; RNA-polymeraasi; biofysiikka; pyrofosfataasit; yliopisto-opettaja

Biografia

Yliopistonlehtori 9/2022-

Akatemiatutkija, tutkimusryhmänjohtaja 9/2017-8/2022 (viisivuotiskausi).
Tutkimusaihe: Geeniluennan säätely eukaryooteissa.

Tutkija / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2016-2017.
Tutkimusaihe: Geeniluennan mekanismit & Membraanipyrofosfataasien molekyylievoluutio.

Tutkijatohtori. Oxfordin yliopisto, Fysiikan laitos, 2014-2016.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription aloituksen biofysiikka yksittäisten molekyylien tasolla.

Tutkijatohtori / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2009-2014.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription pidentymisvaiheen mekanismit & Membraanipyrofosfataasien toimintamekanismi.

Tohtorikoulutettava. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2002-2009.
Tutkimusaihe: Membraanipyrofosfataasien rakenne ja toiminta.

Tutkimus

Geneettinen informaatio muodostaa eliön rakenteen ja toiminnan perustan. Informaatio on varastoituna DNA:han, mistä solu sitä valikoivasti hyödyntää. RNA-polymeraasi nimisellä proteiinilla on ratkaiseva rooli geeniluennan ensimmäisessä vaiheessa. Se muodostaa geeneistä RNA-kopioita, jotka toimivat proteiinien valmistusohjeena, säätelytehtävissä tai proteiineja valmistavien ribosomien rakennusosina. Nykyisen tutkimukseni tavoitteena on selvittää, miten ribosomien rakennusosien valmistamiseen erikoistunut RNA-polymeraasi I aloittaa RNA:n tuottamisen. Tämän monimutkaisen molekyylitason tapahtumasarjan ymmärtämiseksi käytämme biokemiaan ja yksittäisten molekyylien fluoresenssikuvantamiseen perustuvia tutkimusmenetelmiä. Motiivinamme on ymmärtää, miten geeniluentakoneisto reagoi ympäristön signaaleihin. RNA polymeraasi I:n toiminta on yliaktiivista monissa syöpäsoluissa, joten tutkimuksemme voi avata uusia mahdollisuuksia RNA polymeraasi I:n toimintaa hillitsevien syöpälääkkeiden kehittämisessä.

Opetus

Opetusalat:
Bioprosessitekniikka, nisäkässolut solutehtaina, entsyymi- ja proteiinikemia, geeniluenta (transkriptio), geenien säätely, biologiset membraanit.

Julkaisut

1/3

Dynamic landscape of transcription initiation by yeast RNA polymerase I (2026)
- Nucleic Acids Research
Parilova, Olena; Bartos, Piia; Malinen, Anssi M.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
A kinetic ruler controls mRNA poly(A) tail length (2025)
- Genes and Development
Gabs, Emilie; Aalto-Setälä, Emil; Välisaari, Aada; Malinen, Anssi M.; Jensen, Torben Heick; McLaughlin, Stephen H.; Passmore, Lori A.; Turtola, Matti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Aflatoxin biosynthesis regulators AflR and AflS : DNA binding affinity, stoichiometry, and kinetics (2024)
- Biochemical Journal
Abbas, Asmaa; Prajapati, Ranjit K; Aalto-Setälä, Emil; Baykov, Alexander A.; Malinen, Anssi M
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Functional and structural asymmetry suggest a unifying principle for catalysis in membrane-bound pyrophosphatases (2024)
- EMBO Reports
Strauss, Jannik; Wilkinson, Craig; Vidilaseris, Keni; de Castro, Ribeiro Orquidea M.; Liu, Jianing; Hillier, James; Wichert, Maximilian; Malinen, Anssi M.; Gehl, Bernadette; Jeuken, Lars J. C.; Pearson, Arwen R.; Goldman, Adrian
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
A methanolic extract of Zanthoxylum bungeanum modulates secondary metabolism regulator genes in Aspergillus flavus and shuts down aflatoxin production (2022)
- Scientific Reports
Abbas Asmaa, Wright Colin W, ElSawi Nagwa, Yli-Mattila Tapani, Malinen Anssi M
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Pre-steady-state kinetics and solvent isotope effects support the "billiard-type" transport mechanism in Na+-translocating pyrophosphatase (2022)
- Protein Science
Malinen Anssi M, Anashkin Viktor A, Orlov Victor N, Bogachev Alexander V, Lahti Reijo, Baykov Alexander A
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Quantitative parameters of bacterial RNA polymerase open-complex formation, stabilization and disruption on a consensus promoter (2022)
- Nucleic Acids Research
Bera Subhas C, America Pim PB, Maatsola Santeri, Seifert Mona, Ostrofet Eugeniu, Cnossen Jelmer, Spermann Monika, Papini Flávia S, Depken Martin, Malinen Anssi M, Dulin David
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Real-Time Single-Molecule Studies of RNA Polymerase–Promoter Open Complex Formation Reveal Substantial Heterogeneity Along the Promoter-Opening Pathway (2022)
- Journal of Molecular Biology
Malinen Anssi M., Bakermans Jacob, Aalto-Setälä Emil, Blessing Martin, Bauer David L.V., Parilova Olena, Belogurov Georgiy A., Dulin David, Kapanidis Achillefs N.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
The Mechanism of Energy Coupling in H+/Na+-Pumping Membrane Pyrophosphatase-Possibilities and Probabilities (2022)
- International Journal of Molecular Sciences
Baykov Alexander A, Anashkin Viktor A, Malinen Anssi M, Bogachev Alexander V
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Catalytic asymmetry in homodimeric h+‐pumping membrane pyrophosphatase demonstrated by non‐hydrolyzable pyrophosphate analogs (2021)
- International Journal of Molecular Sciences
Anashkin Viktor A., Malinen Anssi M., Bogachev Alexander V., Baykov Alexander A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )