Tomi Suomi - UTU Tutkimustietojärjestelmä - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Tomi Suomi

- dosentti,
lääketieteellinen tiedekunta (Turun yliopisto)
- tutkijatohtori,
Turun biotiedekeskus (erilliset laitokset)

Medical Bioinformatics Centre

tomi.suomi@utu.fi

+358 29 450 3803

Tykistökatu 6

Turku

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-3639-979X

Medical Bioinformatics Centre

Turku Bioscience

Julkaisut

1/3

Adaptive sequence alignment for metagenomic data analysis (2025)
- Computers in Biology and Medicine
Pietilä, Sami; Suomi, Tomi; Paulin, Niklas; Laiho, Asta; Sclivagnotis, Yannes S.; Elo, Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
CellRomeR: an R package for clustering cell migration phenotypes from microscopy data (2025)
- Bioinformatics Advances
Kleino, Iivari; Perk, Mats; Sousa, António G G; Linden, Markus; Mathlin, Julia; Giesel, Daniel; Frolovaite, Paulina; Pietilä, Sami; Junttila, Sini; Suomi, Tomi; Elo, Laura L
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)
- Scientific Reports
Jaakkola, Maria K.; Kukkonen-Macchi, Anu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Metaproteomics Beyond Databases: Addressing the Challenges and Potentials of De Novo Sequencing (2025)
- Proteomics
van den Bossche, Tim; Beslic, Denis; van Puyenbroeck, Sam; Suomi, Tomi; Holstein, Tanja; Martens, Lennart; Elo, Laura L.; Muth, Thilo
(B1 Vertaisarvioitu muu artikkeli (esim. pääkirjoitus, letter, comment) tieteellisessä lehdessä)
Proteomic profiling reveals alterations in metabolic and cellular pathways in severe obesity and following metabolic bariatric surgery (2025)
- American Journal of Physiology : Endocrinology and Metabolism
Dadson, Prince; Honka, Miikka-Juhani; Suomi, Tomi; Haridas, P. A. Nidhina; Rokka, Anne; Palani, Senthil; Goltseva, Elena; Wang, Ning; Roivainen, Anne; Salminen, Paulina; James, Peter; Olkkonen, Vesa M.; Elo, Laura L.; Nuutila, Pirjo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes affirms markers of disease (2025)
- Diabetologia
Moulder, Robert; Hirvonen, M. Karoliina; Valikangas, Tommi; Suomi, Tomi; Overbergh, Lut; Peakman, Mark; Brunak, Soren; Mathieu, Chantal; Knip, Mikael; Elo, Laura L.; Lahesmaa, Riitta
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Disruption of HSD17B12 in mouse hepatocytes leads to reduced body weight and defect in the lipid droplet expansion associated with microvesicular steatosis (2024)
- FASEB Journal
Heikelä, Hanna; Mairinoja, Laura; Ruohonen, Suvi T.; Rytkönen, Kalle T.; de Brot, Simone; Laiho, Asta; Koskinen, Satu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.; Strauss, Leena; Poutanen, Matti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Distinct cellular immune responses in children en route to type 1 diabetes with different first-appearing autoantibodies (2024)
- Nature Communications
Starskaia Inna, Valta Milla, Pietilä Sami, Suomi Tomi, Pahkuri Sirpa, Kalim Ubaid Ullah, Rasool Omid, Rydgren Emilie, Hyöty Heikki, Knip Mikael, Veijola Riitta, Ilonen Jorma, Toppari Jorma, Lempainen Johanna, Elo Laura L., Lahesmaa Riitta
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
ECCB2024: The 23rd European Conference on Computational Biology (2024)
- Bioinformatics
Kukkonen-Macchi, A; Hautaniemi, S; Heil, KF; Heinäniemi, M; Jensen, LJ; Junttila, S; Käll, L; Laiho, A; Maccallum, P; Nykter, M; Persson, B; Suomi, T; Van Den Bossche, T; Nyrönen, TH; Elo, LL
(B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä )
Multi-omics analysis reveals drivers of loss of β-cell function after newly diagnosed autoimmune type 1 diabetes : An INNODIA multicenter study (2024)
- Diabetes/Metabolism Research and Reviews
Armenteros, Jose Juan Almagro; Brorsson, Caroline; Johansen, Christian Holm; Banasik, Karina; Mazzoni, Gianluca; Moulder, Robert; Hirvonen, Karoliina; Suomi, Tomi; Rasool, Omid; Bruggraber, Sylvaine F. A.; Marcovecchio, M. Loredana; Hendricks, Emile; Al-Sari, Naba; Mattila, Ismo; Legido-Quigley, Cristina; Suvitaival, Tommi; Chmura, Piotr J.; Knip, Mikael; Schulte, Anke M.; Lee, Jeong Heon; Sebastiani, Guido; Grieco, Giuseppina Emanuela; Elo, Laura L.; Kaur, Simranjeet; Pociot, Flemming; Dotta, Francesco; Tree, Tim; Lahesmaa, Riitta; Overbergh, Lut; Mathieu, Chantal; Peakman, Mark; Brunak, Søren; INNODIA investigators
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Phenotypic profiling of human induced regulatory T cells at early differentiation : insights into distinct immunosuppressive potential (2024)
- Cellular and Molecular Life Sciences
Kattelus, Roosa; Starskaia, Inna; Lindén, Markus; Batkulwar, Kedar; Pietilä, Sami; Moulder, Robert; Marson, Alexander; Rasool, Omid; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.; Lahesmaa, Riitta; Buchacher, Tanja
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Serum proteomics of mother-infant dyads carrying HLA-conferred type 1 diabetes risk (2024)
- iScience
Bhosale, Santosh D.; Moulder, Robert; Suomi, Tomi; Ruohtula, Terhi; Honkanen, Jarno; Virtanen, Suvi M.; Ilonen, Jorma; Elo, Laura L.; Knip, Mikael; Lahesmaa, Riitta
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
The Proteomics Standards Initiative Standardized Formats for Spectral Libraries and Fragment Ion Peak Annotations: mzSpecLib and mzPAF (2024)
- Analytical Chemistry
Klein, Joshua; Lam, Henry; Mak, Tytus D.; Bittremieux, Wout; Perez-Riverol, Yasset; Gabriels, Ralf; Shofstahl, Jim; Hecht, Helge; Binz, Pierre-Alain; Kawano, Shin; Van Den Bossche, Tim; Carver, Jeremy; Neely, Benjamin A.; Mendoza, Luis; Suomi, Tomi; Claeys, Tine; Payne, Thomas; Schulte, Douwe; Sun, Zhi; Hoffmann, Nils; Zhu, Yunping; Neumann, Steffen; Jones, Andrew R.; Bandeira, Nuno; Vizcaíno, Juan Antonio; Deutsch, Eric W.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression (2023)
- EBioMedicine
Suomi Tomi, Starskaia Inna, Kalim Ubaid Ullah, Rasool Omid, Jaakkola Maria K., Grönroos Toni, Välikangas Tommi, Brorsson Caroline, Mazzoni Gianluca, Bruggraber Sylvaine, Overbergh Lut, Dunger David, Peakman Mark, Chmura Piotr, Brunak Søren, Schulte Anke M., Mathieu Chantal, Knip Mikael, Lahesmaa Riitta, Elo Laura L. ;INNODIA Consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Profiling of peripheral blood B-cell transcriptome in children who developed coeliac disease in a prospective study (2023)
- Heliyon
Oras Astrid, Kallionpää Henna, Suomi Tomi, Koskinen Satu, Laiho Asta, Elo Laura, Knip Mikael, Lahesmaa Riitta, Aints Alar, Uibo Raivo; DIABIMMUNE Study Group
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory (2023)
- Diabetologia
Moulder Robert, Välikangas Tommi, Hirvonen M. Karoliina, Suomi Tomi A., Brorsson Caroline A., Lietzén Niina, Bruggraber Sylvaine F. A., Overbergh Lut, Dunger David B., Peakman Mark, Chmura Piotr J., Brunak Soren, Schulte Anke M., Mathieu Chantal, Knip Mikael, Elo Laura L., Lahesmaa, Riitta; on behalf of the INNODIA consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Benchmarking tools for detecting longitudinal differential expression in proteomics data allows establishing a robust reproducibility optimization regression approach (2022)
- Nature Communications
Välikangas Tommi, Suomi Tomi, Chandler Courtney E., Scott Alison J., Tran Bao Q., Ernst Robert K., Goodlett David R., Elo Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Computational solutions for spatial transcriptomics (2022)
- Computational and Structural Biotechnology Journal
Kleino Iivari, Frolovaitė Paulina, Suomi Tomi, Elo Laura L
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
COVID-19-specific transcriptomic signature detectable in blood across multiple cohorts (2022)
- Frontiers in Genetics
Välikangas Tommi, Junttila Sini, Rytkönen Kalle T, Kukkonen-Macchi Anu, Suomi Tomi, Elo Laura L
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Improved risk prediction of chemotherapy-induced neutropenia-model development and validation with real-world data (2022)
- Cancer Medicine
Venäläinen Mikko S., Heervä Eetu, Hirvonen Outi, Saraei Sohrab, Suomi Tomi, Mikkola Toni, Bärlund Maarit, Jyrkkiö Sirkku, Laitinen Tarja, Elo Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )