Teemu Kallonen
PhD, MSc
teemu.kallonen@utu.fi ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-1741-6486 |
Mikrobiologia, bakteerigenomiikka, bioinformatiikka
Mikrobistopankki, Biolääketieteen laitos, Lääketieteellinen tdk, Turun yliopisto ja Kliininen mikrobiologia, Turun yliopistollinen keskussairaala
I did my PhD at the University of Turku and the Pertussis reference laboratory, Finnish institute for health and welfare and defended my thesis in 2011. The topic of my research was the evolution and adaptation of Bordetella pertussis, the causative agent of whooping couch, after the initiation of vaccinations.
I did a postdoc (2012-2013) with Prof. Olli Lassila on B cell and plasma cell differentiation after which I changed bact to studying bacteria. I did a postdocs wiht Prof. Julian Parkhill and Prof. Sharon Peacock at the Wellcome Sanger Institute, UK (2014-2016), and Prof. Jukka Corander at the University of Oslo, Norway (2017-2019), using bioinformatic analyses to study whole-genome sequenced bacteria and antibiotic resistance.
A the moment my reseach is still concentrated on WGS analyses and antibiotic resistance as well as microbiome studies.
Main focus of my research is in bacterial genomics, including bioinformatic analyses of population structure, antibiotic resistance and other factors affecting the success of different clones. Recently I have increasingly been involved with several research project investigating the role of the gut microbiome in human diseases e.g. acute appendicitis and prostate cancer.
- Detection of asymptomatic group A Streptococcus throat carriage and respiratory viruses during pharyngitis outbreaks in two daycare centers (2026)
- Microbiology spectrum
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Effect of COVID‐19 Pandemic on Epidemiology and Antimicrobial Susceptibility of Campylobacter
Species, Salmonella enterica and Yersinia enterocolitica in Southwest Finland 2018–2022 (2026)- APMIS
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Evaluating the performance of Fourier transform infrared spectroscopy for typing and outbreak investigation of methicillin-resistant and -susceptible Staphylococcus aureus (2026)
- Microbiology spectrum
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Uncomplicated and Complicated Acute Appendicitis Induce Different Cytokine Patterns (2026)
- APMIS
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Long-term neutralization capacity of vaccine and breakthrough infection induced SARS-CoV-2 specific antibodies against omicron subvariants BA.2, XBB.1.5, and JN.1 (2025)
- Vaccine
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Nalidixic acid-a good marker of fluoroquinolone resistance mechanisms in Escherichia coli (2025)
- Microbiology spectrum
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Altered oral microbiome, but normal human papilloma virus prevalence in cartilage-hair hypoplasia patients (2024)
- Orphanet Journal of Rare Diseases
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Bioinformatiikka bakteriologiassa - lupauksia ja haasteita (2024)
- Duodecim
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä) - Comparative Metabolomics and Microbiome Analysis of Ethanol versus OMNImet/gene•GUT Fecal Stabilization (2024)
- Analytical Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Deep sequencing of Escherichia coli exposes colonisation diversity and impact of antibiotics in Punjab, Pakistan (2024)
- Nature Communications
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )



