Kalle Rytkönen
Senior Research Fellow, InFLAMES Flagship, Institute of Biomedicine / Turku Bioscience Centre
katury@utu.fi Tykistökatu 6 Turku ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0002-5138-0889 |
Naisen lisääntyminen; lisääntymis-immunologia; kohdun limakalvo; endometrioosi; pre-eklampsia; happiriippuvainen säätely; geenien säätely; yksisolu-transkriptomiikka
2011, FT, University of Turku
2012-2015 Post Doc, Prof. Gunter Wagnerin ryhmä, Yale Systems Biology Institute, Yale University
2016-2018 Marie Curie Fellow- tutkija, Biolääketieteen laitos / Turun Biotekniikan keskus
2019- Tutkija, yhteistyöryhminä Prof. Laura Elo and Prof. Matti Poutanen ryhmät, Biotiedekeskus / Biolääketieteen laitos
2022- Dosentti, Biolääketieteen laitos
Tutkimukseni keskittyy kohdun limakalvon geenisäätelyyn ja siihen liittyviin häiriöihin kuten endometrioosiin, pre-eklampsiaan ja runsaisiin kuukautisvuotoihin. Kohdun solujen toiminnan ymmärtämiseksi tutkin kohdun hormoonisäätelyä ja geenien ilmentymistä sekä laboratoriokokeilla että laskennallisilla menetelmillä. Erityisesti yksisolusekvensointi mahdollistaa kohdun eri solutyyppien tarkan solutyyppispesifisen analyysin.
Luentoja kursseilla: Modern biotechnologies and bioinformatics; Systems biology; Bioinformatics in Drug Discovery.
- Histone H3K4me3 breadth in hypoxia reveals endometrial core functions and stress adaptation linked to endometriosisOverexpression of Human Estrogen Biosynthetic Enzyme Hydroxysteroid (17beta) Dehydrogenase Type 1 Induces Adenomyosis-like Phenotype in Transgenic Mice (2022)
- iScienceInternational Journal of Molecular Sciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - 2022
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - (2021)
- Computational and Structural Biotechnology Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Differential ATAC-seq and ChIP-seq peak detection using ROTS (2021)
- NAR Genomics and Bioinformatics: Nucleic Acids Research Genomics and Bioinformatics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - A relational database to identify differentially expressed genes in the endometrium and endometriosis lesions (2020)
- Scientific Data
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Transcriptomic responses to hypoxia in endometrial and decidual stromal cells (2020)
- ReproductionBMC Research Notes
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Decidualization of Human Endometrial Stromal Fibroblasts is a Multiphasic Process Involving Distinct Transcriptional ProgramsKeskenmeno on ihmisellä sääntö eikä poikkeus – kohtu valikoi tarkkaan, kenet se ottaa vastaan (2019)
- Reproductive SciencesHelsingin Sanomat
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - RepViz: A replicate-driven R tool for visualizing genomic regions (2019)
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Evolution: Oxygen and early animals (2018)
- eLife
(B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä ) - (2018)
(E1 Yleistajuinen artikkeli lehdessä)
