Kalle Rytkönen
Senior Research Fellow, InFLAMES Flagship, Institute of Biomedicine / Turku Bioscience Centre
katury@utu.fi Tykistökatu 6 Turku ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0002-5138-0889 |
Asiantuntijuusalueet
Naisen lisääntyminen; lisääntymis-immunologia; kohdun limakalvo; endometrioosi; pre-eklampsia; happiriippuvainen säätely; geenien säätely; yksisolu-transkriptomiikka
Naisen lisääntyminen; lisääntymis-immunologia; kohdun limakalvo; endometrioosi; pre-eklampsia; happiriippuvainen säätely; geenien säätely; yksisolu-transkriptomiikka
Biografia
2011, FT, University of Turku
2012-2015 Post Doc, Prof. Gunter Wagnerin ryhmä, Yale Systems Biology Institute, Yale University
2016-2018 Marie Curie Fellow- tutkija, Biolääketieteen laitos / Turun Biotekniikan keskus
2019- Tutkija, yhteistyöryhminä Prof. Laura Elo and Prof. Matti Poutanen ryhmät, Biotiedekeskus / Biolääketieteen laitos
2022- Dosentti, Biolääketieteen laitos
Tutkimus
Tutkimukseni keskittyy kohdun limakalvon geenisäätelyyn ja siihen liittyviin häiriöihin kuten endometrioosiin, pre-eklampsiaan ja runsaisiin kuukautisvuotoihin. Kohdun solujen toiminnan ymmärtämiseksi tutkin kohdun hormoonisäätelyä ja geenien ilmentymistä sekä laboratoriokokeilla että laskennallisilla menetelmillä. Erityisesti yksisolusekvensointi mahdollistaa kohdun eri solutyyppien tarkan solutyyppispesifisen analyysin.
Opetus
Luentoja kursseilla: Modern biotechnologies and bioinformatics; Systems biology; Bioinformatics in Drug Discovery.
Julkaisut 
1/2
- Disruption of HSD17B12 in mouse hepatocytes leads to reduced body weight and defect in the lipid droplet expansion associated with microvesicular steatosis (2024)
- FASEB Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells (2024)
- Reproductive Sciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Integrative analysis of endometriosis and adenomyosis through single-cell transcriptomics (2024)
- Human Reproduction
(Abstrakti) - Serum Hydroxysteroid (17beta) dehydrogenase 1 concentration in pregnant women correlates with pregnancy-associated plasma protein a but does not serve as an independent marker for preeclampsia (2024)
- Biology of Reproduction
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Cell type markers indicate distinct contributions of decidual stromal cells and natural killer cells in preeclampsia (2022)
- Reproduction
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - COVID-19-specific transcriptomic signature detectable in blood across multiple cohorts (2022)
- Frontiers in Genetics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Dirichlet process mixture models for single-cell RNA-seq clustering (2022)
- Biology Open
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Glycolysis and Heavy Menstrual Bleeding (2022)
- Reproductive Sciences
(B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä ) - Histone H3K4me3 breadth in hypoxia reveals endometrial core functions and stress adaptation linked to endometriosis (2022)
- iScience
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Overexpression of Human Estrogen Biosynthetic Enzyme Hydroxysteroid (17beta) Dehydrogenase Type 1 Induces Adenomyosis-like Phenotype in Transgenic Mice (2022)
- International Journal of Molecular Sciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Computational strategies for single-cell multi-omics integration (2021)
- Computational and Structural Biotechnology Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Differential ATAC-seq and ChIP-seq peak detection using ROTS (2021)
- NAR Genomics and Bioinformatics: Nucleic Acids Research Genomics and Bioinformatics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - A relational database to identify differentially expressed genes in the endometrium and endometriosis lesions (2020)
- Scientific Data
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Transcriptomic responses to hypoxia in endometrial and decidual stromal cells (2020)
- Reproduction
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Decidualization of Human Endometrial Stromal Fibroblasts is a Multiphasic Process Involving Distinct Transcriptional Programs (2019)
- Reproductive Sciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - RepViz: A replicate-driven R tool for visualizing genomic regions (2019)
- BMC Research Notes
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Evolution: Oxygen and early animals (2018)
- eLife
(B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä ) - Keskenmeno on ihmisellä sääntö eikä poikkeus – kohtu valikoi tarkkaan, kenet se ottaa vastaan (2018)
- Helsingin Sanomat
(E1 Yleistajuinen artikkeli lehdessä) - The evolution of early cellular systems viewed through the lens of biological interactions. (2015)
- Frontiers in Microbiology
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä) - From genomes to functions in aquatic biology (2012)
- Marine Genomics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Turun yliopiston Tutkimustietojärjestelmän portaali