Ulla Pentikäinen
FT, Dos
ulla.pentikainen@utu.fi +358 50 501 2574 Tykistökatu 6 Turku Työhuone: 5090 ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-6547-1282 |
Rakennebiologia; Röntgensädekristallografia; SAXS; proteiini-NMR; laskennallinen biofysiikka
Olen rakennebiologian tutkija, jolla laaja tausta kemiasta, biokemiasta,proteiinikemiasta ja erilaisista rakennebiologian menetelmistä sekä laskennallisesta bofysiikasta. Monipuolisen kokemuksen olen saanut toimimalla tutkijana eri tutkimusryhmissä sekä Suomessa (Turun yliopisto, entinen Kuopion yliopisto ja Jyväskylän yliopisto) että ulkomailla (Bristolin yliopisto, Iso-Briannia, ja Illinoisin Yliopisto, USA). Sitä mitä en vielä osaa, voin opetella. Olen kiinnostunut sairauksien syntymekanisemista molekyylitasolla, mikä elimistössä menee atomi-, molekyyli- ja proteiinitasolla vikaan niin, että sairastumme. Tutkimus edesauttaa uusien hoitomuotojen kehittämisen tutkimuksen kohteena oleviin sairauksiin, esimerkiksi erilaisiin syöpäsairauksiin.
Why diseases are developed? What goes wrong at molecular level in our body so that we get sick? The aim of my group is to learn to understand the molecular and structural level the underlying mechanisms behind different human diseases. Currently, we are focused on 1) mitral valve disease caused by the mutations in a cytoskeletal protein Filamin, and 2) cancer types developed due to the inhibition of protein phosphates 2A by different proteins. In addition, we are interested in how mechanical forces are mediated and propagated in cells, crucial for tissue development and having important implications for various diseases such valvular diseases, osteoporosis, and cancer.
In our research, we employ various structural biology methods, such as X-ray crystallography, protein NMR-spectroscopy, SAXS, as well as different theoretical biophysical simulations including MD and SMD simulations.
- Laaja opetuskokemus biokemiasta ja kemiasta
- Vastuuopettaja useilla luonto- ja laboratoriokursseilla Jyväskylän ja Turun yliopistoissa
- Opinto- ja tutkintokokonaisuus vastuuta
- Opettajan pedagoginen pätevyys
- Yliopisto-opettajan pedagoginen pätevyys
- SHANK3 depletion leads to ERK signalling overdose and cell death in KRAS-mutant cancers (2024)
- Nature Communications
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Interaction mechanism of endogenous PP2A inhibitor protein ENSA with PP2A (2022)
- FEBS Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The Interaction Mechanism of Intrinsically Disordered PP2A Inhibitor Proteins ARPP-16 and ARPP-19 With PP2A (2021)
- Frontiers in Molecular Biosciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - 1H, 13C and 15N NMR chemical shift assignments of cAMP-regulated phosphoprotein-19 and -16 (ARPP-19 and ARPP-16) (2020)
- Biomolecular NMR Assignments
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Critical Structural Defects Explain Filamin A Mutations Causing Mitral Valve Dysplasia (2019)
- Biophysical Journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Non-syndromic Mitral Valve Dysplasia Mutation Changes the Force Resilience and Interaction of Human Filamin A. (2019)
- Structure
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Structural and Functional Insights Into Lysostaphin-Substrate Interaction (2018)
- Frontiers in Molecular Biosciences
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Skeletal Dysplasia Mutations Effect on Human Filamins' Structure and Mechanosensing (2017) Seppala J, Bernardi RC, Haataja TJK, Hellman M, Pentikainen OT, Schulten K, Permi P, Ylanne J, Pentikainen U
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Flexible Structure of Peptide-Bound Filamin A Mechanosensor Domain Pair 20-21 (2015) Seppala J, Tossavainen H, Rodic N, Permi P, Pentikainen U, Ylanne J
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - A Novel Structural Unit in the N-terminal Region of Filamins (2014)
- Journal of Biological Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Molecular mechanism of T-cell protein tyrosine phosphatase (TCPTP) activation by mitoxantrone (2013)
- BBA - Biochimica et Biophysica Acta
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Filamin's Force Sensing Mechanism Revealed by Optical Tweezers (2012)
- Biophysical Journal
(A4 Vertaisarvioitu artikkeli konferenssijulkaisussa) - The C-terminal rod 2 fragment of filamin A forms a compact structure that can be extended (2012) Ruskamo S, Gilbert R, Hofmann G, Jiang PJ, Campbell ID, Ylanne J, Pentikainen U
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Assembly of a Filamin Four-domain Fragment and the Influence of Splicing Variant-1 on the Structure (2011)
- Journal of Biological Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Novel Hydrazine Molecules as Tools To Understand the Flexibility of Vascular Adhesion Protein-1 Ligand-Binding Site: Toward More Selective Inhibitors (2011)
- Journal of Medicinal Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Synthesis, in Vitro Activity, and Three-Dimensional Quantitative Structure-Activity Relationship of Novel Hydrazine Inhibitors of Human Vascular Adhesion Protein-1 (2010)
- Journal of Medicinal Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Lennard-Jones Parameters for B3LYP/CHARMM27 QM/MM Modeling of Nucleic Acid Bases (2009)
- Journal of Chemical Theory and Computation
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The Regulation Mechanism for the Auto-Inhibition of Binding of Human Filamin A to Integrin (2009)
- Journal of Molecular Biology
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Cooperative symmetric to asymmetric conformational transition of the apo-form of scavenger decapping enzyme revealed by simulations (2008)
- Proteins
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Comment on "Molecular dynamics DFT : B3LYP study of guanosinetriphosphate conversion into guanosinemonophosphate upon Mg2+ chelation of alpha and beta phosphate oxygens of the triphosphate tail'' by Alexander A. Tulub, Phys. Chem. Chem. Phys., 2006, 8, 2187 (2006)
- Physical Chemistry Chemical Physics
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)