PhD, Docent Manu Tamminen - UTU Research Portal

Manu Tamminen
PhD, Docent

- akatemiatutkija,
fysiologia ja genetiikka (biologian laitos)
- dosentti,
biologian laitos (matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta)

manu.tamminen@utu.fi

Työhuone: 312

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-5891-7653

Research pages

Researchgate

Google Scholar

Asiantuntijuusalueet

Molekyylibiologia, Bioinformatiikka, Mikrobigenetiikka, Mikrobiekologia

Biografia

FM, Turun yliopisto, 2002
FT, Helsingin yliopisto, 2011
Tutkijatohtori, MIT, 2011-2013
Tutkijatohtori, ETH Zürich, 2014-2017
Dosentti, Turun yliopisto, 2017
Yliopistonlehtori, Turun yliopisto, 2017-

Tutkimus

Bakteereiden ja pienten eukaryoottien yksisolugenomiikka
Antibioottiresistenssigeenien horisontaalinen siirtyminen
NGS:n kvantitatiiviset sovellukset

Opetus

SOMO1021 - Genetiikan jatkoluennot (2018)
FYGE2242 - Mikrobigenetiikan laboratoriotyöt (2018)
BIOL1301 - Genetiikan perusteet (2018)
FYGE 4031 - Genetiikan menetelmäopinnot II (2018)
BIOL3050 - Bioinformatiikkaa biologeille (2019)
BIOL3200 - Kandidaattiseminaarit (2019)
BIOL1301 - Genetiikan perusteet (2019)
FYGE 4031 - Genetiikan menetelmäopinnot II (2019)

Julkaisut

1/2

Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate (2025)
- ISME JournalPhytobiomes journal
Jeevannavar, Aditya; Florenza, Javier; Divne, Anna-Maria; Tamminen, Manu; Bertilsson, Stefan
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Evaluation of Bridge Capture technology for mutation profiling in liquid biopsies of metastatic colorectal cancer patientsThe role of early life factors and green living environment in the development of gut microbiota in infancy : Population-based cohort study (2025)
- Scientific ReportsEnvironment International
Ganesan, Aparna; Korkiakoski, Anttoni; Adamusová, Simona; Musku, Anna; Rantasalo, Tuula; Laine, Nea; Andersson, Emma; Osterlund, Emerik; Ovissi, Ali; Halonen, Päivi; Hirvonen, Tatu; Kim, Jorma; Laine, Jukka; Silvoniemi, Antti; Minn, Heikki; Blomster, Juuso; Anttonen, Anna-Kaisa; Kytölä, Soili; Osterlund, Pia; Pursiheimo, Juha-Pekka; Nummela, Pirjo; Tamminen, Manu; Ristimäki, Ari
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Glyphosate and phosphate treatments in soil differentially affect crop microbiomes depending on species, tissue and growth stageGlyphosate and a glyphosate-based herbicide affect bumblebee gut microbiota (2025)
- Scientific Reports
Smolander, Niina; Fuchs, Benjamin; Helander, Marjo; Puigbo, Pere; Tamminen, Manu; Saikkonen, Kari; Mathew, Suni Anie
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
High-Throughput Multiplex Detection of Antibiotic-Resistant Genes and Virulence Factors in Escherichia coli Using Digital Multiplex Ligation Assay (2025)
- Journal of Molecular Diagnostics
Conforti, Sheena; Orts, Pablo Rossi; Tamminen, Manu; Julian, Timothy R.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Polyacrylamide bead split-pool method for microbial community analysis (2025)
- bioRxivMicrobial Ecology
Smolander, Niina; Talvitie, Jasmin; Tamminen, Manu
(O2 Muu julkaisu )
Complete genome sequences of 30 bacterial species from a synthetic community (2024)
- Microbiology resource announcementsPLoS ONE
Hogle, Shane L; Tamminen, Manu; Hiltunen, Teppo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Foundation species stabilize an alternative eutrophic state in nutrient disturbed ponds via selection on microbial communityInfluence of Microplastics on Microbial Structure, Function, and Mechanical Properties of Stream Periphyton (2024)
- Frontiers in microbiologyFrontiers in Environmental Science
Jeevannavar Aditya, Narwani Anita J., Matthews Blake, Spaak Piet, Brantschen jeanine, Mächler Elvira, Altermatt Florian, Tamminen Manu V.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Glyphosate residues in soil and phosphate fertilizer affect foliar endophytic microbial community composition and phytohormone levels in potato (2024)
Mathew, Suni Anie; Jeevannavar, Aditya; Helander, Marjo; Tamminen, Manu; Puigbò, Pere; Rainio, Miia; Saikkonen, Kari; Fuchs, Benjamin
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2024)
Ovaska, Minka; Tamminen, Manu; Lahdenperä, Mirkka; Vahtera, Jussi; Rautava, Samuli; Gonzales-Inca, Carlos; Heiskanen, Marja A.; Lagström, Hanna
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2023)
- FEMS Microbiology Ecology
Helander Marjo, Jeevannavar Aditya, Kaakinen Kimmo, Mathew Suni A., Saikkonen Kari, Fuchs Benjamin, Puigbò Pere, Loukola Olli J., Tamminen Manu
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Molecular Characterisation of Faecal Bacterial Assemblages Among Four Species of Syntopic Odonates (2023)
Morrill Andre, Forbes Mark, Vesterinen Eero, Tamminen Manu, Sääksjärvi Ilari, Kaunisto Kari
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Portable BLAST-like algorithm library and its implementations for command line, Python, and R (2023)
Schmid Steven, Jeevannavar Aditya, Julian Timothy R., Tamminen Manu
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
(2022)
Merbt Stephanie N, Kroll Alexandra, Tamminen Manu, Rühs Patrick A, Wagner Bettina, Sgier Linn, Sembalova Olga, Abel Bernd, Tlili Ahmed, Schirmer Kristin, Behra Renata
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Prider: multiplexed primer design using linearly scaling approximation of set coverage (2022)
- BMC Bioinformatics
Smolander Niina, Julian Timothy R, Tamminen Manu
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Quantitative online survey of self-perceived knowledge and knowledge gaps of medicines research and development among Finnish general public (2022)
- BMJ Open
Tran Minh Mirjami, Tamminen Manu, Tamminen-Sirkiä Jenni, Majumder Mamun Majumder, Tabassum Rubina, Lahti Tuuli
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Wastewater constituents impact biofilm microbial community in receiving streams (2022)
- Science of the Total Environment
Tamminen Manu, Spaak Jenny, Tlili Ahmed, Eggen Rik, Stamm Christian, Räsänen Katja
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Digital multiplex ligation assay for highly multiplexed screening of beta-lactamase-encoding genes in bacterial isolates (2020)
- Communications Biology
Tamminen M, Spaak J, Caduff L, Schiff H, Lang R, Schmid S, Montealegre MC, Julian TR
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Perinnöllinen sairastumisalttius kiinnostaa kansalaisia (2020)
- Duodecim
Mirjami Tran Minh, Manu Tamminen, Jenni Tamminen-Sirkiä, Muntasir Mamun Majumder, Rubina Tabassum, Minna Anttonen, Tuuli Lahti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Stream microbial communities and ecosystem functioning show complex responses to multiple stressors in wastewater (2020)
- Global Change Biology
Burdon FJ, Bai YH, Reyes M, Tamminen M, Staudacher P, Mangold S, Singer H, Räsänen K, Joss A, Tiegs SD, Jokela J, Eggen RIL, Stamm C
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
The evolution of competitive ability for essential resources (2020)
- Philosophical Transactions B: Biological Sciences
Joey R. Bernhardt, Pavel Kratina, Aaron Louis Pereira, Manu Tamminen, Mridul K. Thomas and Anita Narwani
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )