Tapio Lönnberg
 PhD

Turku Bioscience Centre

taplon@utu.fi

Tykistökatu 6

Turku


ORCID-tunniste: https://orcid.org/orcid.org/0000-0003-4484-5657

Lab website

Asiantuntijuusalueet
Single-cell genomics, immunology

Tutkimusyhteisö tai tutkimusaihe
Single-cell immunogenomics research group at Turku Bioscience Centre; InFLAMES Flagship

Biografia
  • Phd 2012, University of Turku, supervised by Prof. Riitta Lahesmaa and Prof. Matej Orešič
  • Postdoc 2023-2016, Teichmann lab, EMBL-EBI and Wellcome Trust Sanger Institute, UK
  • Academy of Finland postdoc 2017-2020, Turku Bioscience Centre, University of Turku
  • 2021- Group Leader at InFLAMES Flagship
  • Secretary of the Finnish Society for Immunology





Tutkimus

Our research aims at gaining deeper understanding of cell fate decisions in the immune system. We leverage single-cell and spatial omics to explore phenotypic heterogeneity beyond the immune cell subsets defined by the expression of cell surface markers. Our current research encompasses arthritic, autoimmune and cardiovascular diseases, aiming to identify core gene modules that are associated with disease state and can be exploited for more efficient diagnosis, patient stratification, and therapies.



Opetus
  • Modern biotechnologies and bioinformatics
  • Medical biotechnology
  • Advanced Immunology




Julkaisut
  
null
  
null
  
4/6
  
null
  
null
  
  • Microanatomy of the Human Atherosclerotic Plaque by Single-Cell Transcriptomics  (2020)  
    • Circulation Research
     Marie A.C. Depuydt, Koen H.M. Prange, Lotte Slenders, Tiit Örd, Danny Elbersen, Arjan Boltjes, Saskia C.A. de Jager, Folkert W. Asselbergs, Gert J. de Borst, Einari Aavik, Tapio Lönnberg, Esther Lutgens, Christopher K. Glass, Hester M. den Ruijter, Minna U. Kaikkonen, Ilze Bot, Bram Slütter, Sander W. van der Laan, Seppo Yla-Herttuala, Michal Mokry, Johan Kuiper, Menno P.J. de Winther, Gerard Pasterkamp
    (    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activitiesSingle-cell immune profiling reveals new insights into colorectal cancer  (2020)  
    • Genome Medicine
     Juha Mehtonen, Susanna Teppo, Mari Lahnalampi, Aleksi Kokko, Riina Kaukonen, Laura Oksa, Maria Bouvy-Liivrand, Alena Malyukova, Artturi Mäkinen, Saara Laukkanen, Petri I. Mäkinen, Samuli Rounioja, Pekka Ruusuvuori, Olle Sangfelt, Riikka Lund, Tapio Lönnberg, Olli Lohi, Merja Heinäniemi
    (    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Somatic mTOR mutation in clonally expanded T lymphocytes associated with chronic graft versus host disease  (2020)  
    • Nature Communications
     Daehong Kim, Giljun Park, Jani Huuhtanen, Sofie Lundgren, Rajiv K. Khajuria, Ana M. Hurtado, Cecilia Muñoz-Calleja, Laura Cardeñoso, Valle Gómez-García de Soria, Tzu Hua Chen-Liang, Samuli Eldfors, Pekka Ellonen, Sari Hannula, Matti Kankainen, Oscar Bruck, Anna Kreutzman, Urpu Salmenniemi, Tapio Lönnberg, Andrés Jerez, Maija Itälä-Remes, Mikko Myllymäki, Mikko A. I. Keränen, Satu Mustjoki
    (    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2020)  Immunometabolism: Methods and protocols Iivari Kleino, Eliisa Kekäläinen, Tapio Lönnberg
    (    A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)


  • Transcriptome dynamics of CD4(+) T cells during malaria maps gradual transit from effector to memory  (2020)  
    • Nature Immunology
     Megan S. F. Soon, Hyun Jae Lee, Jessica A. Engel, Jasmin Straube, Bryce S. Thomas, Clara P. S. Pernold, Lachlan S. Clarke, Pawat Laohamonthonkul, Rohit N. Haldar, Cameron G. Williams, Lianne I. M. Lansink, Marcela L. Moreira, Michael Bramhall, Lambros T. Koufariotis, Scott Wood, Xi Chen, Kylie R. James, Tapio Lönnberg, Steven W. Lane, Gabrielle T. Belz, Christian R. Engwerda, David S. Khoury, Miles P. Davenport, Valentine Svensson, Sarah A. Teichmann, Ashraful Haque
    (    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2019)  
    • DiabetesBriefings in Functional Genomics
     Henna Kallionpää, Juhi Somani, Soile Tuomela, Ubaid Ullah, Rafael de Albuquerque, Tapio Lönnberg, Elina Komsi, Heli Siljander, Jarno Honkanen, Taina Härkönen, Aleksandr Peet, Vallo Tillmann, Vikash Chandra, Mahesh Kumar Anagandula, Gun Frisk, Timo Otonkoski, Omid Rasool, Riikka Lund, Harri Lähdesmäki, Mikael Knip, Riitta LahesmaaA1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä


  • Peripheral blood DNA methylation differences in twin pairs discordant for Alzheimer's disease  (2019)  
    • Clinical Epigenetics
     Konki Mikko, Malonzo Maja, Karlsson Ida K, Lindgren Noora, Ghimire Bishwa, Smolander Johannes, Scheinin Noora M, Ollikainen Miina, Laiho Asta, Elo Laura L, Lönnberg Tapio, Röyttä Matias, Pedersen Nancy L, Kaprio Jaakko, Lähdesmäki Harri, Rinne Juha O, Lund Riikka J
    (    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2019)  
    • Immunology and Cell BiologyImmunity
     Lönnberg T., Stubbington M.J.T.
    (    B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä )


  • Single-Cell Survey of Human Lymphatics Unveils Marked Endothelial Cell Heterogeneity and Mechanisms of Homing for Neutrophils  (2019)  
       Takeda A, Hollmén M, Dermadi D, Pan J, Brulois KF, Kaukonen R, Lönnberg T, Boström P, Koskivuo I, Irjala H, Miyasaka M, Salmi M, Butcher EC, Jalkanen S
      (      A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


    • Global and targeted approaches to single-cell transcriptome characterization  (2018)  
         Aleksandra A. Kolodziejczyk, Tapio Lönnberg
        (        A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)



      Last updated on