Leo Lahti
 Professor


leo.lahti@utu.fi

+358 29 450 2390

+358 50 436 4626

Vesilinnantie 5

Turku

Työhuone452E


ORCID-tunnistehttps://orcid.org/0000-0001-5537-637X

Research homepage




Asiantuntijuusalueet
Data science; AI; Machine Learning; Applied statistics; Statistical programming; Probabilistic models; Complex natural and social systems; Microbial ecology; Computational humanities; Open knowledge

Biografia

Leo Lahti is professor in Data Science in University of Turku, Finland. His research team focuses on computational analysis and modeling of complex natural and social systems. Lahti obtained doctoral degree (DSc) from Aalto University in Finland (2010), developing probabilistic machine learning methods for high-throughput life science data integration. This was followed by subsequent postdoctoral research at EBI/Hinxton (UK), Wageningen University (NL), and VIB/KU Leuven (BE). Lahti has coordinated international networks in data science methods and applications and organizes international data science training events on a regular basis. He is vice chair for the national coordination on open science Finland, executive committee member for the International Science Council Committee on Data (2023-2025), member of the global Bioconductor Community Advisory Board, and founder of the open science work group of Open Knowledge Finland ry. For more information, see the research homepage iki.fi/Leo.Lahti



Tutkimus

Computational scientist focusing on change in complex natural and social systems, and how they can be understood through a computational lens.



Opetus

Computational and data science, statistical and probabilistic programming, machine learning, AI, applied statistics, ecological models, open science



Julkaisut
  
null
  
null
  
1/7
  
null
  
null
  

  • Assessing the safety of microbiome perturbations  (2025)  
    • Microbial genomics
     Metris, Aline; Walker, Alan W.; Showering, Alicia; Doolan, Andrea; McBain, Andrew J.; Ampatzoglou, Antonis; Murphy, Barry; O'Neill, Catherine; Shortt, Colette; Darby, Elizabeth M.; Aldis, Gary; Hillebrand, Greg G.; Brown, Helen L.; Browne, Hilary P.; Tiesman, Jay P.; Leng, Joy; Lahti, Leo; Jakubovics, Nicholas S.; Hasselwander, Oliver; Finn, Robert D.; Klamert, Silvia; Korcsmaros, Tamas; Hall, Lindsay J.
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  • Association of leisure time physical activity with gut microbiota composition in early adulthood  (2025)  
    • Scientific Reports
     Boelius, Hanna-Mari; Aatsinki, Anna-Katariina; Heiskanen, Marja A.; Haapala, Eero A.; Munukka, Eveliina; Mykkänen, Juha; Kartiosuo, Noora; Lahti, Leo; Keskitalo, Anniina; Huovinen, Pentti; Niinikoski, Harri; Viikari, Jorma; Rönnemaa, Tapani; Lagström, Hanna; Jula, Antti; Rovio, Suvi P.; Raitakari, Olli T.; Pahkala, Katja
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Associations of alcohol with the human gut microbiome and prospective health outcomes in the FINRISK 2002 cohort  (2025)  
    • European Journal of Nutrition
     Koponen, Kari; McDonald, Daniel; Jousilahti, Pekka; Meric, Guillaume; Inouye, Michael; Lahti, Leo; Niiranen, Teemu; Männistö, Satu; Havulinna, Aki; Knight, Rob; Salomaa, Veikko
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Elementary methods provide more replicable results in microbial differential abundance analysis  (2025)  
    • Briefings in Bioinformatics
     Pelto, Juho; Auranen, Kari; Kujala, Janne V.; Lahti, Leo
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  • Fermented foods affect the seasonal stability of gut bacteria in an Indian rural population  (2025)  
    • Nature Communications
     Jeyaram, Kumaraswamy; Lahti, Leo; Tims, Sebastian; Heilig, Hans G. H. J.; van Gelder, Antonie H.; de Vos, Willem M.; Smidt, Hauke; Zoetendal, Erwin G.
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Fractional modelling of COVID-19 transmission incorporating asymptomatic and super-spreader individuals  (2025)  
    • Mathematical Biosciences
     Khalighi, Moein; Lahti, Leo; Ndaïrou, Faïçal; Rashkov, Peter; Torres, Delfim F. M.
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gender differences in global antimicrobial resistance  (2025)  
    • npj biofilms and microbiomes
     Salehi, Mahkameh; Laitinen, Ville; Bhanushali, Shivang; Bengtsson-Palme, Johan; Collignon, Peter; Beggs, John J.; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gut Microbiome as a Risk Factor for Future CKD  (2025)  
    • Kidney International Reports
     Hellman, Tapio; Yeo, Li-Fang; Palmu, Joonatan; Havulinna, Aki; Jousilahti, Pekka; Laitinen, Ville; Pärnänen, Katariina; Salomaa, Veikko; Lahti, Leo; Knight, Rob; Niiranen, Teemu
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gut microbiome-derived bacterial extracellular vesicles in patients with solid tumours  (2025)  
    • Journal of Advanced Research
     Mishra, Surbhi; Tejesvi, Mysore Vishakantegowda; Hekkala, Jenni; Turunen, Jenni; Kandikanti, Niyati; Kaisanlahti, Anna; Suokas, Marko; Leppä, Sirpa; Vihinen, Pia; Kuitunen, Hanne; Sunela, Kaisa; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Kalashnikov, Ilja; Auvinen, Päivi; Kääriäinen, Okko-Sakari; Peñate Medina, T.; Peñate Medina, O.; Saarnio, Juha; Meriläinen, Sanna; Rautio, Tero; Aro, Raila; Häivälä, Reetta; Suojanen, Juho; Laine, Mikael; Erawijattari, Pande; Lahti, Leo; Karihtala, Peeter; Ruuska, Terhi S.; Reunanen, Justus
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gut microbiota-derived extracellular vesicles form a distinct entity from gut microbiota  (2025)  
    • MSystems
     Kaisanlahti, Anna; Turunen, Jenni; Hekkala, Jenni; Mishra, Surbhi; Karikka, Sonja; Amatya, Sajeen Bahadur; Paalanne, Niko; Kruger, Johanna; Portaankorva, Anne M.; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Vihinen, Pia; Auvinen, Päivi; Leppä, Sirpa; Karihtala, Peeter; Koivukangas, Vesa; Hukkanen, Janne; Vainio, Seppo; Samoylenko, Anatoliy; Bart, Genevieve; Lahti, Leo; Reunanen, Justus; Tejesvi, Mysore V.; Ruuska-Loewald, Terhi
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • iSEEtree: interactive explorer for hierarchical data  (2025)  
    • Bioinformatics Advances
     Benedetti, Giulio; Seraidarian, Ely; Pralas, Theotime; Jeba, Akewak; Borman, Tuomas; Lahti, Leo
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Learning and teaching biological data science in the Bioconductor community  (2025)  
    • PLoS Computational Biology
     Drnevich, Jenny; Tan, Frederick J.; Almeida-Silva, Fabricio; Castelo, Robert; Culhane, Aedin C.; Davis, Sean; Doyle, Maria A.; Geistlinger, Ludwig; Ghazi, Andrew R.; Holmes, Susan; Lahti, Leo; Mahmoud, Alexandru; Nishida, Kozo; Ramos, Marcel; Rue-Albrecht, Kevin; Shih, David J. H.; Gatto, Laurent; Soneson, Charlotte
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  • Links between gut microbiota with specific serum metabolite groups in pregnant women with overweight or obesity  (2025)  
    • Nutrition, Metabolism and Cardiovascular Diseases
     Lotankar, Mrunalini; Houttu, Noora; Benchraka, Chouaib; Lahti, Leo; Laitinen, Kirsi
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Maternal pre- and postnatal stress and maternal and infant gut microbiota features  (2025)  
    • Psychoneuroendocrinology
     Eckermann, Henrik; Lustermans, Hellen; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo; de Weerth, Carolina
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Perinatal depressive and anxiety symptoms are associated with gut microbiota in pregnant women with overweight and obesity  (2025)  
    • Brain, Behavior, & Immunity - Health
     Hieta, Janina; Benchraka, Chouaib; Pärnänen, Katariina; Houttu, Noora; Mokkala, Kati; Lotankar, Mrunalini; Kataja, Eeva-Leena; Lahti, Leo; Laitinen, Kirsi
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Skin microbiota variation in Indian families  (2025)  
    • PeerJ
     Potbhare, Renuka; RaviKumar, Ameeta; Munukka, Eveliina; Lahti, Leo; Ashma, Richa
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Variation and prognostic potential of the gut antibiotic resistome in the FINRISK 2002 cohort  (2025)  
    • Nature Communications
     Pärnänen, Katariina; Ruuskanen, Matti O.; Sommeria-Klein, Guilhem; Laitinen, Ville; Kantanen, Pyry; Méric, Guillaume; Gazolla Volpiano, Camila; Inouye, Michael; Knight, Rob; Salomaa, Veikko; Havulinna, Aki S.; Niiranen, Teemu; Lahti, Leo
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • A cohort study in family triads : impact of gut microbiota composition and early life exposures on intestinal resistome during the first two years of life  (2024)  
    • Gut Microbes
     Jokela, Roosa; Pärnänen, Katariina MM; Ponsero, Alise J; Lahti, Leo; Kolho, Kaija-Leena; de Vos, Willem M; Salonen, Anne
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • A concept for international societally relevant microbiology education and microbiology knowledge promulgation in society  (2024)  
    • Microbial Biotechnology
     Timmis, Kenneth; Hallsworth, John E.; McGenity, Terry J.; Armstrong, Rachel; Colom, María Francisca; Karahan, Zeynep Ceren; Chavarría, Max; Bernal, Patricia; Boyd, Eric S.; Ramos, Juan Luis; Kaltenpoth, Martin; Pruzzo, Carla; Clarke, Gerard; López-Garcia, Purificación; Yakimov, Michail M.; Perlmutter, Jessamyn; Greening, Chris; Eloe-Fadrosh, Emiley; Verstraete, Willy; Nunes, Olga C.; Kotsyurbenko, Oleg; Nikel, Pablo Iván; Scavone, Paola; Häggblom, Max M.; Lavigne, Rob; Le Roux, Frédérique; Timmis, James K.; Parro, Victor; Michán, Carmen; García, José Luis; Casadevall, Arturo; Payne, Shelley M.; Frey, Joachim; Koren, Omry; Prosser, James I.; Lahti, Leo; Lal, Rup; Anand, Shailly; Sood, Utkarsh; Offre, Pierre; Bryce, Casey C.; Mswaka, Allen Y.; Jores, Jörg; Kaçar, Betül; Blank, Lars Mathias; Maaßen, Nicole; Pope, Phillip B.; Banciu, Horia L.; Armitage, Judith; Lee, Sang Yup; Wang, Fengping; Makhalanyane, Thulani P.; Gilbert, Jack A.; Wood, Thomas K.; Vasiljevic, Branka; Soberón, Mario; Udaondo, Zulema; Rojo, Fernando; Tamang, Jyoti Prakash; Giraud, Tatiana; Ropars, Jeanne; Ezeji, Thaddeus; Müller, Volker; Danbara, Hirofume; Averhoff, Beate; Sessitsch, Angela; Partida-Martínez, Laila Pamela; Huang, Wei; Molin, Søren; Junier, Pilar; Amils, Ricardo; Wu, Xiao-Lei; Ron, Eliora; Erten, Huseyin; de Martinis, Elaine Cristina Pereira; Rapoport, Alexander; Öpik, Maarja; Pokatong, W. Donald R.; Stairs, Courtney; Amoozegar, Mohammad Ali; Serna, Jéssica Gil
    (
    B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä )


  • Algorithm 1047: FdeSolver, a Julia Package for Solving Fractional Differential Equations  (2024)  
    • ACM Transactions on Mathematical Software
     Khalighi, Moein; Benedetti, Giulio; Lahti, Leo
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )



Last updated on 2024-24-09 at 08:08