Leo Lahti
 Professor


leo.lahti@utu.fi

+358 29 450 2390

+358 50 436 4626

Vesilinnantie 5

Turku

Työhuone452E


ORCID-tunnistehttps://orcid.org/0000-0001-5537-637X

Research homepage




Asiantuntijuusalueet
Data science; AI; Machine Learning; Applied statistics; Statistical programming; Probabilistic models; Complex natural and social systems; Microbial ecology; Computational humanities; Open knowledge

Biografia

Leo Lahti is professor in Data Science in University of Turku, Finland. His research team focuses on computational analysis and modeling of complex natural and social systems. Lahti obtained doctoral degree (DSc) from Aalto University in Finland (2010), developing probabilistic machine learning methods for high-throughput life science data integration. This was followed by subsequent postdoctoral research at EBI/Hinxton (UK), Wageningen University (NL), and VIB/KU Leuven (BE). Lahti has coordinated international networks in data science methods and applications and organizes international data science training events on a regular basis. He is vice chair for the national coordination on open science Finland, executive committee member for the International Science Council Committee on Data (2023-2025), member of the global Bioconductor Community Advisory Board, and founder of the open science work group of Open Knowledge Finland ry. For more information, see the research homepage iki.fi/Leo.Lahti



Tutkimus

Computational scientist focusing on change in complex natural and social systems, and how they can be understood through a computational lens.



Opetus

Computational and data science, statistical and probabilistic programming, machine learning, AI, applied statistics, ecological models, open science



Julkaisut
  
null
  
null
  
1/7
  
null
  
null
  

  •   (2025)  
    • Microbial genomics
     Metris, Aline; Walker, Alan W.; Showering, Alicia; Doolan, Andrea; McBain, Andrew J.; Ampatzoglou, Antonis; Murphy, Barry; O'Neill, Catherine; Shortt, Colette; Darby, Elizabeth M.; Aldis, Gary; Hillebrand, Greg G.; Brown, Helen L.; Browne, Hilary P.; Tiesman, Jay P.; Leng, Joy; Lahti, Leo; Jakubovics, Nicholas S.; Hasselwander, Oliver; Finn, Robert D.; Klamert, Silvia; Korcsmaros, Tamas; Hall, Lindsay J.
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  • Association of leisure time physical activity with gut microbiota composition in early adulthood  (2025)  
    • Scientific Reports
     Boelius, Hanna-Mari; Aatsinki, Anna-Katariina; Heiskanen, Marja A.; Haapala, Eero A.; Munukka, Eveliina; Mykkänen, Juha; Kartiosuo, Noora; Lahti, Leo; Keskitalo, Anniina; Huovinen, Pentti; Niinikoski, Harri; Viikari, Jorma; Rönnemaa, Tapani; Lagström, Hanna; Jula, Antti; Rovio, Suvi P.; Raitakari, Olli T.; Pahkala, Katja
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Associations between gut microbiome and circulating cytokines: a cross-sectional analysis in the FINRISK 2002 population cohortFermented foods affect the seasonal stability of gut bacteria in an Indian rural population2025
    • Gut PathogensNature Communications
     Diab, Hassan; Langén, Ville; Yeo, Li-Fang; Salomaa, Veikko; Havulinna, Aki; Lahti, Leo; Pärnänen, Katariina; Knight, Rob; Jalkanen, Sirpa; Salmi, Marko; Niiranen, Teemu; Palmu, Joonatan
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Associations of alcohol with the human gut microbiome and prospective health outcomes in the FINRISK 2002 cohort  (2025)  
    • European Journal of NutritionMathematical Biosciences
     Koponen, Kari; McDonald, Daniel; Jousilahti, Pekka; Meric, Guillaume; Inouye, Michael; Lahti, Leo; Niiranen, Teemu; Männistö, Satu; Havulinna, Aki; Knight, Rob; Salomaa, Veikko
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2025)  
    • Briefings in Bioinformaticsnpj biofilms and microbiomes
     Pelto, Juho; Auranen, Kari; Kujala, Janne V.; Lahti, Leo
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  •   (2025)  
       Jeyaram, Kumaraswamy; Lahti, Leo; Tims, Sebastian; Heilig, Hans G. H. J.; van Gelder, Antonie H.; de Vos, Willem M.; Smidt, Hauke; Zoetendal, Erwin G.
      (
      A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


    • Fractional modelling of COVID-19 transmission incorporating asymptomatic and super-spreader individuals  (2025)  
         Khalighi, Moein; Lahti, Leo; Ndaïrou, Faïçal; Rashkov, Peter; Torres, Delfim F. M.
        (
        A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


      • Gender differences in global antimicrobial resistanceMaternal pre- and postnatal stress and maternal and infant gut microbiota features  (2025)  
           Salehi, Mahkameh; Laitinen, Ville; Bhanushali, Shivang; Bengtsson-Palme, Johan; Collignon, Peter; Beggs, John J.; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • Gut Microbiome as a Risk Factor for Future CKD  (2025)  
          • Kidney International ReportsPeerJ
           Hellman, Tapio; Yeo, Li-Fang; Palmu, Joonatan; Havulinna, Aki; Jousilahti, Pekka; Laitinen, Ville; Pärnänen, Katariina; Salomaa, Veikko; Lahti, Leo; Knight, Rob; Niiranen, Teemu
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • Gut microbiome-derived bacterial extracellular vesicles in patients with solid tumours  (2025)  
          • Journal of Advanced ResearchPLoS Computational Biology
           Mishra, Surbhi; Tejesvi, Mysore Vishakantegowda; Hekkala, Jenni; Turunen, Jenni; Kandikanti, Niyati; Kaisanlahti, Anna; Suokas, Marko; Leppä, Sirpa; Vihinen, Pia; Kuitunen, Hanne; Sunela, Kaisa; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Kalashnikov, Ilja; Auvinen, Päivi; Kääriäinen, Okko-Sakari; Peñate Medina, T.; Peñate Medina, O.; Saarnio, Juha; Meriläinen, Sanna; Rautio, Tero; Aro, Raila; Häivälä, Reetta; Suojanen, Juho; Laine, Mikael; Erawijattari, Pande; Lahti, Leo; Karihtala, Peeter; Ruuska, Terhi S.; Reunanen, Justus
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • Gut microbiota-derived extracellular vesicles form a distinct entity from gut microbiotaSkin microbiota variation in Indian families  (2025)  
          • MSystems
           Kaisanlahti, Anna; Turunen, Jenni; Hekkala, Jenni; Mishra, Surbhi; Karikka, Sonja; Amatya, Sajeen Bahadur; Paalanne, Niko; Kruger, Johanna; Portaankorva, Anne M.; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Vihinen, Pia; Auvinen, Päivi; Leppä, Sirpa; Karihtala, Peeter; Koivukangas, Vesa; Hukkanen, Janne; Vainio, Seppo; Samoylenko, Anatoliy; Bart, Genevieve; Lahti, Leo; Reunanen, Justus; Tejesvi, Mysore V.; Ruuska-Loewald, Terhi
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        •   (2025)  
          • Bioinformatics Advances
           Benedetti, Giulio; Seraidarian, Ely; Pralas, Theotime; Jeba, Akewak; Borman, Tuomas; Lahti, Leo
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        •   (2025)  
             Drnevich, Jenny; Tan, Frederick J.; Almeida-Silva, Fabricio; Castelo, Robert; Culhane, Aedin C.; Davis, Sean; Doyle, Maria A.; Geistlinger, Ludwig; Ghazi, Andrew R.; Holmes, Susan; Lahti, Leo; Mahmoud, Alexandru; Nishida, Kozo; Ramos, Marcel; Rue-Albrecht, Kevin; Shih, David J. H.; Gatto, Laurent; Soneson, Charlotte
            (
            A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


          • Links between gut microbiota with specific serum metabolite groups in pregnant women with overweight or obesity  (2025)  
            • Nutrition, Metabolism and Cardiovascular DiseasesGut Microbes
             Lotankar, Mrunalini; Houttu, Noora; Benchraka, Chouaib; Lahti, Leo; Laitinen, Kirsi
            (
            A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


          •   (2025)  
            • Psychoneuroendocrinology
             Eckermann, Henrik; Lustermans, Hellen; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo; de Weerth, Carolina
            (
            A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


          • Perinatal depressive and anxiety symptoms are associated with gut microbiota in pregnant women with overweight and obesity  (2025)  
            • Brain, Behavior, & Immunity - Health
             Hieta, Janina; Benchraka, Chouaib; Pärnänen, Katariina; Houttu, Noora; Mokkala, Kati; Lotankar, Mrunalini; Kataja, Eeva-Leena; Lahti, Leo; Laitinen, Kirsi
            (
            A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


          •   (2025)  
               Potbhare, Renuka; RaviKumar, Ameeta; Munukka, Eveliina; Lahti, Leo; Ashma, Richa
              (
              A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


            • Variation and prognostic potential of the gut antibiotic resistome in the FINRISK 2002 cohort  (2025)  
              • Nature Communications
               Pärnänen, Katariina; Ruuskanen, Matti O.; Sommeria-Klein, Guilhem; Laitinen, Ville; Kantanen, Pyry; Méric, Guillaume; Gazolla Volpiano, Camila; Inouye, Michael; Knight, Rob; Salomaa, Veikko; Havulinna, Aki S.; Niiranen, Teemu; Lahti, Leo
              (
              A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


            • A cohort study in family triads : impact of gut microbiota composition and early life exposures on intestinal resistome during the first two years of life  (2024)  
                 Jokela, Roosa; Pärnänen, Katariina MM; Ponsero, Alise J; Lahti, Leo; Kolho, Kaija-Leena; de Vos, Willem M; Salonen, Anne
                (
                A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


              • A concept for international societally relevant microbiology education and microbiology knowledge promulgation in society  (2024)  
                • Microbial Biotechnology
                 Timmis, Kenneth; Hallsworth, John E.; McGenity, Terry J.; Armstrong, Rachel; Colom, María Francisca; Karahan, Zeynep Ceren; Chavarría, Max; Bernal, Patricia; Boyd, Eric S.; Ramos, Juan Luis; Kaltenpoth, Martin; Pruzzo, Carla; Clarke, Gerard; López-Garcia, Purificación; Yakimov, Michail M.; Perlmutter, Jessamyn; Greening, Chris; Eloe-Fadrosh, Emiley; Verstraete, Willy; Nunes, Olga C.; Kotsyurbenko, Oleg; Nikel, Pablo Iván; Scavone, Paola; Häggblom, Max M.; Lavigne, Rob; Le Roux, Frédérique; Timmis, James K.; Parro, Victor; Michán, Carmen; García, José Luis; Casadevall, Arturo; Payne, Shelley M.; Frey, Joachim; Koren, Omry; Prosser, James I.; Lahti, Leo; Lal, Rup; Anand, Shailly; Sood, Utkarsh; Offre, Pierre; Bryce, Casey C.; Mswaka, Allen Y.; Jores, Jörg; Kaçar, Betül; Blank, Lars Mathias; Maaßen, Nicole; Pope, Phillip B.; Banciu, Horia L.; Armitage, Judith; Lee, Sang Yup; Wang, Fengping; Makhalanyane, Thulani P.; Gilbert, Jack A.; Wood, Thomas K.; Vasiljevic, Branka; Soberón, Mario; Udaondo, Zulema; Rojo, Fernando; Tamang, Jyoti Prakash; Giraud, Tatiana; Ropars, Jeanne; Ezeji, Thaddeus; Müller, Volker; Danbara, Hirofume; Averhoff, Beate; Sessitsch, Angela; Partida-Martínez, Laila Pamela; Huang, Wei; Molin, Søren; Junier, Pilar; Amils, Ricardo; Wu, Xiao-Lei; Ron, Eliora; Erten, Huseyin; de Martinis, Elaine Cristina Pereira; Rapoport, Alexander; Öpik, Maarja; Pokatong, W. Donald R.; Stairs, Courtney; Amoozegar, Mohammad Ali; Serna, Jéssica Gil
                (
                B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä )



              Last updated on 2024-24-09 at 08:08