Leo Lahti
 Professor


leo.lahti@utu.fi

+358 29 450 2390

+358 50 436 4626

Vesilinnantie 5

Turku

Työhuone452E


ORCID-tunnistehttps://orcid.org/0000-0001-5537-637X

Research homepage




Asiantuntijuusalueet
Data science; AI; Machine Learning; Applied statistics; Statistical programming; Probabilistic models; Complex natural and social systems; Microbial ecology; Computational humanities; Open knowledge

Biografia

Leo Lahti is professor in Data Science in University of Turku, Finland. His research team focuses on computational analysis and modeling of complex natural and social systems. Lahti obtained doctoral degree (DSc) from Aalto University in Finland (2010), developing probabilistic machine learning methods for high-throughput life science data integration. This was followed by subsequent postdoctoral research at EBI/Hinxton (UK), Wageningen University (NL), and VIB/KU Leuven (BE). Lahti has coordinated international networks in data science methods and applications and organizes international data science training events on a regular basis. He is vice chair for the national coordination on open science Finland, executive committee member for the International Science Council Committee on Data (2023-2025), member of the global Bioconductor Community Advisory Board, and founder of the open science work group of Open Knowledge Finland ry. For more information, see the research homepage iki.fi/Leo.Lahti



Tutkimus

Computational scientist focusing on change in complex natural and social systems, and how they can be understood through a computational lens.



Opetus

Computational and data science, statistical and probabilistic programming, machine learning, AI, applied statistics, ecological models, open science



Julkaisut
  
null
  
null
  
1/8
  
null
  
null
  

  • Assessing the safety of microbiome perturbationsAssociations of alcohol with the human gut microbiome and prospective health outcomes in the FINRISK 2002 cohort  (2025)  
    • Microbial genomics
     Metris, Aline; Walker, Alan W.; Showering, Alicia; Doolan, Andrea; McBain, Andrew J.; Ampatzoglou, Antonis; Murphy, Barry; O'Neill, Catherine; Shortt, Colette; Darby, Elizabeth M.; Aldis, Gary; Hillebrand, Greg G.; Brown, Helen L.; Browne, Hilary P.; Tiesman, Jay P.; Leng, Joy; Lahti, Leo; Jakubovics, Nicholas S.; Hasselwander, Oliver; Finn, Robert D.; Klamert, Silvia; Korcsmaros, Tamas; Hall, Lindsay J.
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  • Association of leisure time physical activity with gut microbiota composition in early adulthood  (2025)  
    • Scientific Reports
     Boelius, Hanna-Mari; Aatsinki, Anna-Katariina; Heiskanen, Marja A.; Haapala, Eero A.; Munukka, Eveliina; Mykkänen, Juha; Kartiosuo, Noora; Lahti, Leo; Keskitalo, Anniina; Huovinen, Pentti; Niinikoski, Harri; Viikari, Jorma; Rönnemaa, Tapani; Lagström, Hanna; Jula, Antti; Rovio, Suvi P.; Raitakari, Olli T.; Pahkala, Katja
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Associations between gut microbiome and circulating cytokines: a cross-sectional analysis in the FINRISK 2002 population cohort  (2025)  
    • Gut Pathogens
     Diab, Hassan; Langén, Ville; Yeo, Li-Fang; Salomaa, Veikko; Havulinna, Aki; Lahti, Leo; Pärnänen, Katariina; Knight, Rob; Jalkanen, Sirpa; Salmi, Marko; Niiranen, Teemu; Palmu, Joonatan
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • 2025
    • European Journal of Nutrition
     Koponen, Kari; McDonald, Daniel; Jousilahti, Pekka; Meric, Guillaume; Inouye, Michael; Lahti, Leo; Niiranen, Teemu; Männistö, Satu; Havulinna, Aki; Knight, Rob; Salomaa, Veikko
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Breast Milk Proteome: Changes in the Different Stages of Lactation and Impacts of Gestational Diabetes Mellitus and Body Mass Index  (2025)  
    • Molecular Nutrition and Food Research
     Seitz, Timo; Viitaharju, Jenni; Benchraka, Chouaib; Merilahti, Johannes; Kalliomäki, Marko; Polari, Lauri; Toivola, Diana; Lahti, Leo; Kauko, Otto; Laitinen, Kirsi
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Chronological age estimation from human microbiomes with transformer-based Robust Principal Component Analysis  (2025)  
    • Communications Biology
     Myers, Tyler; Song, Se Jin; Chen, Yang; De Pessemier, Britta; Khatib, Lora; Mcdonald, Daniel; Huang, Shi; Gallo, Richard; Callewaert, Chris; Havulinna, Aki S.; Lahti, Leo; Roeselers, Guus; Laiola, Manolo; Shetty, Sudarshan A.; Kelley, Scott T.; Knight, Rob; Bartko, Andrew
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2025)  
    • NAR Genomics and Bioinformatics: Nucleic Acids Research Genomics and Bioinformatics
     Särkkä, Mikko; Myöhänen, Sami; Marinov, Kaloyan; Saarinen, Inka; Lahti, Leo; Fortino, Vittorio; Paananen, Jussi
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Elementary methods provide more replicable results in microbial differential abundance analysisFermented foods affect the seasonal stability of gut bacteria in an Indian rural population  (2025)  
    • Briefings in Bioinformatics
     Pelto, Juho; Auranen, Kari; Kujala, Janne V.; Lahti, Leo
    (
    A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


  •   (2025)  
    • Nature Communications
     Jeyaram, Kumaraswamy; Lahti, Leo; Tims, Sebastian; Heilig, Hans G. H. J.; van Gelder, Antonie H.; de Vos, Willem M.; Smidt, Hauke; Zoetendal, Erwin G.
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Fractional modelling of COVID-19 transmission incorporating asymptomatic and super-spreader individuals  (2025)  
    • Mathematical BiosciencesJournal of Advanced Research
     Khalighi, Moein; Lahti, Leo; Ndaïrou, Faïçal; Rashkov, Peter; Torres, Delfim F. M.
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2025)  
    • npj biofilms and microbiomesMSystems
     Salehi, Mahkameh; Laitinen, Ville; Bhanushali, Shivang; Bengtsson-Palme, Johan; Collignon, Peter; Beggs, John J.; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gut Microbiome as a Risk Factor for Future CKDiSEEtree: interactive explorer for hierarchical data2025
    • Kidney International ReportsBioinformatics Advances
     Hellman, Tapio; Yeo, Li-Fang; Palmu, Joonatan; Havulinna, Aki; Jousilahti, Pekka; Laitinen, Ville; Pärnänen, Katariina; Salomaa, Veikko; Lahti, Leo; Knight, Rob; Niiranen, Teemu
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • Gut microbiome-derived bacterial extracellular vesicles in patients with solid tumours  (2025)  
       Mishra, Surbhi; Tejesvi, Mysore Vishakantegowda; Hekkala, Jenni; Turunen, Jenni; Kandikanti, Niyati; Kaisanlahti, Anna; Suokas, Marko; Leppä, Sirpa; Vihinen, Pia; Kuitunen, Hanne; Sunela, Kaisa; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Kalashnikov, Ilja; Auvinen, Päivi; Kääriäinen, Okko-Sakari; Peñate Medina, T.; Peñate Medina, O.; Saarnio, Juha; Meriläinen, Sanna; Rautio, Tero; Aro, Raila; Häivälä, Reetta; Suojanen, Juho; Laine, Mikael; Erawijattari, Pande; Lahti, Leo; Karihtala, Peeter; Ruuska, Terhi S.; Reunanen, Justus
      (
      A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


    • 2025
         Kaisanlahti, Anna; Turunen, Jenni; Hekkala, Jenni; Mishra, Surbhi; Karikka, Sonja; Amatya, Sajeen Bahadur; Paalanne, Niko; Kruger, Johanna; Portaankorva, Anne M.; Koivunen, Jussi; Jukkola, Arja; Vihinen, Pia; Auvinen, Päivi; Leppä, Sirpa; Karihtala, Peeter; Koivukangas, Vesa; Hukkanen, Janne; Vainio, Seppo; Samoylenko, Anatoliy; Bart, Genevieve; Lahti, Leo; Reunanen, Justus; Tejesvi, Mysore V.; Ruuska-Loewald, Terhi
        (
        A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


      •   (2025)  
           Benedetti, Giulio; Seraidarian, Ely; Pralas, Theotime; Jeba, Akewak; Borman, Tuomas; Lahti, Leo
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        •   (2025)  
          • PLoS Computational BiologyPsychoneuroendocrinology
           Drnevich, Jenny; Tan, Frederick J.; Almeida-Silva, Fabricio; Castelo, Robert; Culhane, Aedin C.; Davis, Sean; Doyle, Maria A.; Geistlinger, Ludwig; Ghazi, Andrew R.; Holmes, Susan; Lahti, Leo; Mahmoud, Alexandru; Nishida, Kozo; Ramos, Marcel; Rue-Albrecht, Kevin; Shih, David J. H.; Gatto, Laurent; Soneson, Charlotte
          (
          A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


        •   (2025)  
          • BioinformaticsBriefings in Bioinformatics
           Anwara, Ali Mostafa; Jeba, Akewak; Lahti, Leo; Coffey, Eleanor
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • Links between gut microbiota with specific serum metabolite groups in pregnant women with overweight or obesity  (2025)  
          • Nutrition, Metabolism and Cardiovascular Diseases
           Lotankar, Mrunalini; Houttu, Noora; Benchraka, Chouaib; Lahti, Leo; Laitinen, Kirsi
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • Maternal pre- and postnatal stress and maternal and infant gut microbiota features  (2025)  
             Eckermann, Henrik; Lustermans, Hellen; Pärnänen, Katariina; Lahti, Leo; de Weerth, Carolina
            (
            A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


          • Multi-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic review  (2025)  
               Sherwani, Moiz Khan; Ruuskanen, Matti O.; Feldner-Busztin, Dylan; Nisantzis Firbas, Panos; Boza, Gergely; Móréh, Ágnes; Borman, Tuomas; Putu Erawijantari, Pande; Scheuring, István; Gopalakrishnan, Shyam; Lahti, Leo
              (
              A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )



            Last updated on 2024-24-09 at 08:08