Tomi Suomi - UTU Tutkimustietojärjestelmä - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Tomi Suomi

- dosentti,
lääketieteellinen tiedekunta (Turun yliopisto)
- tutkijatohtori,
Turun biotiedekeskus (erilliset laitokset)

Medical Bioinformatics Centre

tomi.suomi@utu.fi

+358 29 450 3803

Tykistökatu 6

Turku

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-3639-979X

Medical Bioinformatics Centre

Turku Bioscience

Julkaisut

3/5

The Proteomics Standards Initiative Standardized Formats for Spectral Libraries and Fragment Ion Peak Annotations: mzSpecLib and mzPAF (2024)
- Analytical Chemistry
Klein, Joshua; Lam, Henry; Mak, Tytus D.; Bittremieux, Wout; Perez-Riverol, Yasset; Gabriels, Ralf; Shofstahl, Jim; Hecht, Helge; Binz, Pierre-Alain; Kawano, Shin; Van Den Bossche, Tim; Carver, Jeremy; Neely, Benjamin A.; Mendoza, Luis; Suomi, Tomi; Claeys, Tine; Payne, Thomas; Schulte, Douwe; Sun, Zhi; Hoffmann, Nils; Zhu, Yunping; Neumann, Steffen; Jones, Andrew R.; Bandeira, Nuno; Vizcaíno, Juan Antonio; Deutsch, Eric W.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression (2023)
- EBioMedicine
Suomi Tomi, Starskaia Inna, Kalim Ubaid Ullah, Rasool Omid, Jaakkola Maria K., Grönroos Toni, Välikangas Tommi, Brorsson Caroline, Mazzoni Gianluca, Bruggraber Sylvaine, Overbergh Lut, Dunger David, Peakman Mark, Chmura Piotr, Brunak Søren, Schulte Anke M., Mathieu Chantal, Knip Mikael, Lahesmaa Riitta, Elo Laura L. ;INNODIA Consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Profiling of peripheral blood B-cell transcriptome in children who developed coeliac disease in a prospective study (2023)
- Heliyon
Oras Astrid, Kallionpää Henna, Suomi Tomi, Koskinen Satu, Laiho Asta, Elo Laura, Knip Mikael, Lahesmaa Riitta, Aints Alar, Uibo Raivo; DIABIMMUNE Study Group
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory (2023)
- Diabetologia
Moulder Robert, Välikangas Tommi, Hirvonen M. Karoliina, Suomi Tomi A., Brorsson Caroline A., Lietzén Niina, Bruggraber Sylvaine F. A., Overbergh Lut, Dunger David B., Peakman Mark, Chmura Piotr J., Brunak Soren, Schulte Anke M., Mathieu Chantal, Knip Mikael, Elo Laura L., Lahesmaa, Riitta; on behalf of the INNODIA consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Benchmarking tools for detecting longitudinal differential expression in proteomics data allows establishing a robust reproducibility optimization regression approach (2022)
- Nature Communications
Välikangas Tommi, Suomi Tomi, Chandler Courtney E., Scott Alison J., Tran Bao Q., Ernst Robert K., Goodlett David R., Elo Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Computational solutions for spatial transcriptomics (2022)
- Computational and Structural Biotechnology Journal
Kleino Iivari, Frolovaitė Paulina, Suomi Tomi, Elo Laura L
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
COVID-19-specific transcriptomic signature detectable in blood across multiple cohorts (2022)
- Frontiers in Genetics
Välikangas Tommi, Junttila Sini, Rytkönen Kalle T, Kukkonen-Macchi Anu, Suomi Tomi, Elo Laura L
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Improved risk prediction of chemotherapy-induced neutropenia-model development and validation with real-world data (2022)
- Cancer Medicine
Venäläinen Mikko S., Heervä Eetu, Hirvonen Outi, Saraei Sohrab, Suomi Tomi, Mikkola Toni, Bärlund Maarit, Jyrkkiö Sirkku, Laitinen Tarja, Elo Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Introducing untargeted data-independent acquisition for metaproteomics of complex microbial samples (2022)
- ISME Communications
Pietilä Sami, Suomi Tomi, Elo L. Laura
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
PhosPiR: an automated phosphoproteomic pipeline in R (2022)
- Briefings in Bioinformatics
Hong Ye, Flinkman Dani, Suomi Tomi, Pietilä Sami, James Peter, Coffey Eleanor, Elo Laura L
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )