PhD Pekka Rappu - UTU Tutkimustietojärjestelmä - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Pekka Rappu
PhD

- yliopisto-opettaja,
biokemia (bioteknologian laitos)
- dosentti,
bioteknologian laitos (teknillinen tiedekunta)

pekrappu@utu.fi

+358 29 450 4785

Tykistökatu 6

Turku

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0002-5068-2842

Research group: Structure and Function of Collagen Receptor Integrins

Tutkimus

Soluväliaine
Proteomiikka
Integriinit

Opetus

Solu ja biomolekyylit - käytäntö
Molekyylibiologia - käytäntö

Julkaisut

1/2

Expression of C1q by Macrophages and Fibroblasts in Tumor Microenvironment Is Associated with Progression and Metastasis of Cutaneous Squamous Cell Carcinoma (2025)
- Journal of Investigative Dermatology
Viiklepp, Kristina; Knuutila, Jaakko S.; Nissinen, Liisa; Siljamäki, Elina; Rappu, Pekka; Suwal, Ujjwal; Pellinen, Teijo; Kallajoki, Markku; Meri, Seppo; Heino, Jyrki; Kähäri, Veli-Matti; Riihilä, Pilvi
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids (2025)
- Nature Protocols
Blondeel, Eva; Ernst, Sam; De Vuyst, Felix; Diosdi, Akos; Pinheiro, Claudio; Estevao, Diogo; Rappu, Pekka; Boiy, Robin; Dedeyne, Sandor; Craciun, Ligia; Goossens, Vera; Dehairs, Jonas; Cruz, Tania; Audenaert, Dominique; Ceelen, Wim; Linnebacher, Michael; Boterberg, Tom; Vandesompele, Jo; Mestdagh, Pieter; Swinnen, Johan; Heino, Jyrki; Horvath, Peter; Oliveira, Maria Jose; Hendrix, An; De Metter, Pieter; De Wever, Olivier
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Cancer-associated fibroblasts mediate resistance to neoadjuvant therapy in breast cancer (2024)
- Clinical and translational medicine
Xia, Zihan; Vermeulen, Stephanie; Suwal, Ujjwal; Rappu, Pekka; Heino, Jyrki; De Vuyst, Felix; Dedeyne, Sandor; Hendrix, An; Denys, Hannelore; De Wever, Olivier
(B1 Vertaisarvioitu muu artikkeli (esim. pääkirjoitus, letter, comment) tieteellisessä lehdessä)
Collagen prolyl 4-hydroxylase isoenzymes I and II have sequence specificity towards different X-Pro-Gly triplets (2024)
- Matrix Biology
Salo Antti M., Rappu Pekka, Koski M．Kristian, Karjalainen Emma, Izzi Valerio, Drushinin Kati, Miinalainen Ilkka, Käpylä Jarmo, Heino Jyrki, Myllyharju Johanna
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Dual-ligand PROTACS mediate superior target protein degradation in vitro and therapeutic efficacy in vivo (2024)
- Chemical Science
Chen, Yong; Xia, Zihan; Suwal, Ujjwal; Rappu, Pekka; Heino, Jyrki; De Wever, Olivier; De Geest, Bruno G.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Embigin deficiency leads to delayed embryonic lung development and high neonatal mortality in mice (2024)
- iScience
Talvi Salli, Jokinen Johanna, Sipilä Kalle, Rappu Pekka, Zhang Fu-Ping, Poutanen Matti, Rantakari Pia, Heino Jyrki
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Pelophen B is a non-taxoid binding microtubule-stabilizing agent with promising preclinical anticancer properties (2024)
- Scientific Reports
Vermeulen, Stephanie; Ernst, Sam; Blondeel, Eva; Xia, Zihan; Rappu, Pekka; Heino, Jyrki; Dedeyne, Sándor; Denys, Hannelore; Sys, Gwen; Gijsels, Stefanie; Depypere, Herman; Tummers, Philippe; Ceelen, Wim; Craciun, Ligia; Demetter, Pieter; Raes, Olivier; Hendrix, An; Van der Eycken, Johan; De Wever, Olivier
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics (2023)
- Journal of Extracellular Vesicles
Dhondt Bert, Pinheiro Cláudio, Geeurickx Edward, Tulkens Joeri, Vergauwen Glenn, Van Der Pol Edwin, Nieuwland Rienk, Decock Anneleen, Miinalainen Ilkka, Rappu Pekka, Schroth Gary, Kuersten Scott, Vandesompele Jo, Mestdagh Pieter, Lumen Nicolaas, De Wever Olivier, Hendrix An
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Inhibition of TGF-β signaling, invasion, and growth of cutaneous squamous cell carcinoma by PLX8394 (2023)
- Oncogene
Siljamäki Elina, Riihilä Pilvi, Suwal Ujjwal, Nissinen Liisa, Rappu Pekka, Kallajoki Markku, Kähäri Veli-Matti, Heino Jyrki
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Integrating automated liquid handling in the separation workflow of extracellular vesicles enhances specificity and reproducibility (2023)
- Journal of Nanobiotechnology
Van Dorpe Sofie, Lippens Lien, Boiy Robin, Pinheiro Cláudio, Vergauwen Glenn, Rappu Pekka, Miinalainen Ilkka, Tummers Philippe, Denys Hannelore, De Wever Olivier, Hendrix An
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Inflammation-related citrullination of matrisome proteins in human cancer (2022)
- Frontiers in Oncology
Rappu Pekka, Suwal Ujjwal, Siljamäki Elina, Heino Jyrki
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Recombinant extracellular vesicles as biological reference material for method development, data normalization and assessment of (pre-)analytical variables (2021)
- Nature Protocols
Geeurickx Edward, Lippens Lien, Rappu Pekka, De Geest Bruno G, De Wever Olivier, Hendrix An
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Feasibility of Mechanical Extrusion to Coat Nanoparticles with Extracellular Vesicle Membranes (2020)
- Cells
Van Deun J, Roux Q, Deville S, Van Acker T, Rappu P, Miinalainen I, Heino J, Vanhaecke F, De Geest BG, De Wever O, Hendrix A
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
H-Ras activation and fibroblast-induced TGF-β signaling promote laminin-332 accumulation and invasion in cutaneous squamous cell carcinoma (2020)
- Matrix Biology
Siljamäki E, Rappu P, Riihilä P, Nissinen L, Kähäri VM, Heino J.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Increased levels of systemic LPS-positive bacterial extracellular vesicles in patients with intestinal barrier dysfunction (2020)
- Gut
Tulkens Joeri, Vergauwen Glenn, Van Deun Jan, Geeurickx Edward, Dhondt Bert, Lippens Lien, De Scheerder Marie-Angelique, Miinalainen Ilkka, Rappu Pekka, De Geest Bruno G, Vandecasteele Katrien, Laukens Debby, Vandekerckhove Linos, Denys Hannelore, Vandesompele Jo, De Wever Olivier, Hendrix An
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Integration of Matrisome Omics: Towards System Biology of the Tumor Matrisome (2020) Extracellular Matrix Omics Valerio Izzi, Jarkko Koivunen, Pekka Rappu, Jyrki Heino, Taina Pihlajaniemi
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
Interaction between prostate cancer cells and prostate fibroblasts promotes accumulation and proteolytic processing of basement membrane proteins (2020)
- Prostate
Ojalill M, Virtanen N, Rappu P, Siljamäki E, Taimen P, Heino J
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Unravelling the proteomic landscape of extracellular vesicles in prostate cancer by density-based fractionation of urine (2020)
- Journal of Extracellular Vesicles
Dhondt B, Geeurickx E, Tulkens J, Van Deun J, Vergauwen G, Lippens L, Miinalainen I, Rappu P, Heino J, Ost P, Lumen N, De Wever O, Hendrix A
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
FAK activity sustains intrinsic and acquired ovarian cancer resistance to platinum chemotherapy (2019)
- eLife
Osterman CJD, Ozmadenci D, Kleinschmidt EG, Taylor KN, Barrie AM, Jiang SL, Bean LM, Sulzmaier FJ, Jean C, Tancioni I, Anderson K, Uryu S, Cordasco EA, Li J, Chen XL, Fu G, Ojalill M, Rappu P, Heino J, Mark AM, Xu GR, Fisch KM, Kolev VN, Weaver DT, Pachter JA, Gyorffy B, McHale MT, Connolly DC, Molinolo A, Stupack DG, Schlaepfer DD, Schlaepfer DD
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Role of prolyl hydroxylation in the molecular interactions of collagens (2019)
- Essays in Biochemistry
Rappu P., Salo A., Myllyharju J., Heino J.
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)