Nykymuotoisen murtovesiekologian kenttäkurssin historia alkaa vuodesta 2003. Tuolloin silloiseen Turun yliopiston Ympäristöntutkimuskeskukseen (TYYK) kuulunut Saaristomeren tutkimuslaitos otti veto- ja järjestelyvastuun Biologian laitoksen ekologian osaston Akvaattisen ekologian kenttäkurssin murtovesiosiosta.