Vaihdevuosioireiden diagnosointi on yleensä helppoa, mutta vastaavia oireita esiintyy myös erilaisten sairauksien oireina.
Tärkeimmät erotusdiagnostiikassa huomioitavat sairaudet ovat uniapnea ja kilpirauhasen toimintahäiriö.
Jos oirekuvaan sisältyy vasomotorisia oireita, voidaan tyypillisessä vaihdevuosi-iässä esiintyviä vaihdevuosi­­oireiksi sopivia oireita pitää ensisijaisesti vaihdevuosiin liittyvinä, eikä erotusdiagnostisia lisätutkimuksia tarvita.
Mikäli potilaan ikä tai oirekuva ovat epätyypilliset, korostuu huolellisen anamneesin ja potilaan tutkimisen merkitys.