Suomessa kansallisiin tietorekistereihin on kerätty koko väestön kattavia henkilötietoja jo yli 70 vuotta. Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Kansaneläkelaitos, Tilastokeskus ja useat muut organisaatiot määrittelevät henkilötietojen käsittelyn perusteen ja toteutuksen rekisterinpitäjän vastuiden mukaisesti. Henkilötietoja on mahdollista hyödyntää niiden ensisijaisen käyttötarkoituksen jälkeen toissijaisesti muun muassa tieteellisessä tutkimuksessa ja innovaatiotoiminnassa sekä iedolla johtamisessa. Eri rekistereihin tallennettuja henkilötietoja on mahdollista yhdistää henkilötunnuksen tai muun tunnuksen perusteella. Henkilötietojen toisiokäyttöä säätelee laki sosiaali- ja terveystietojen toissijaisesta käytöstä (552/2019), ja Findata tietolupaviranomaisena tai rekisterinpitäjät myöntävät tietolupia. 

Rekisteritietojen toisiokäytön suurimpia vahvuuksia ovat mahdollisuus saada käyttöön koko väestön tiedot tietyltä ajanjaksolta, mikä on itse kerätyissä aineistoissa mahdotonta. Suurimmat heikkoudet liittyvät tietojen laatuun, koska rekisteritiedot eivät ole täydellisiä virheellisten ja puuttuvien tietojen vuoksi. Rekisteritietoja hyödynnetään usein havainnollistavissa tutkimuksissa, kuten kohortti- tai tapaus-verrokkitutkimuksissa sekä pitkittäistutkimuksissa, koska yksittäistä henkilöä on mahdollista seurata ajan kuluessa. Kontrolloituihin tutkimuksiin verrattaessa havainnoivien tutkimusten suurimpana haasteena on se, ettei altistumista voida välttämättä määrittää tarkasti. 

Euroopan Unionin (EU:n) alueella on käytössä vuonna 2018 voimaan astunut yleinen tietosuoja-asetus (2016/679), joka säätelee henkilötietojen käsittelyä EU:ssa. Suomessa yksityisyyden suojaa on täydennetty kansallisella tietosuojalailla (2018/1050) ja toisiolailla. Kansallisia säädöksiä on kritisoitu siitä, että ne vaikeuttavat tieteellistä tutkimusta, koska esimerkiksi tietoja ei luovuteta konkreettisesti tutkijoille. Tämä hankaloittaa esimerkiksi pohjoismaisia yhteistutkimuksia, ja monesti joudutaan tietojen yhdistämisen sijaan tekemään meta-analyysejä. Rekisteritutkimuksen tietolupien ja aineistojen käsittelystä aiheutuvat kustannukset ovat myös nousseet rajusti.