Apteekkien taloutta säätelee regressiivinen lääketaksa sekä progressiivinen, liikevaihtoon sidottu apteekkivero. Näiden järjestelmien yhdistelmä ja apteekkien keskenään hyvin erilaiset myynnin rakenteet ovat johtaneet siihen, että osa apteekeista kärsii lakisääteisen lääkemyynnin tappiollisuudesta. Tämä herättää kysymyksen apteekkiveron mahdollisesta konfiskatorisuudesta sekä sen yhteensopivuudesta perustuslaissa ja Euroopan ihmisoikeussopimuksessa turvattuun omaisuudensuojaan.