Varsinkin vaikea atooppinen ekseema ulottuu paljon pintaa syvemmälle. Atooppista ekseemaa sairastavilla on lisääntynyt riski sairastua masennukseen, ahdistuneisuushäiriöön sekä aktiivisuuden ja tarkkaavuuden häiriöihin. Ihottuman kutina estää hyvän unen, mikä johtaa krooniseen väsymykseen ja saattaa olla osatekijä myös atooppisen ekseeman psykiatrisissa ja neuropsykiatrisissa liitännäissairauksissa. Kutinan tehokas lievittäminen onkin hoidon tärkeä tavoite. Atooppisen ekseeman hyvä kokonaisvaltainen hoito tähtää pitkäkestoiseen oireiden hallintaan, johon voidaan tarvita päivittäisen hoitojakson jälkeen ylläpitohoitoa glukokortikoidivoiteilla tai takrolimuusivoiteella kahdesti viikossa usean kuukauden ajan. Vaikea tauti saattaa edellyttää pitkäaikaista systeemistä lääkitystä.