Bakteriologiassa bioinformatiikalla pyritään vastamaan usein hyvin tavanomaisiin kysymyksiin, kuten mikä bakteerilaji on kyseessä, onko tutkittu kanta sukua tunnetuille taudinaiheuttajaklooneille tai onko kannalla resistenssi- ja virulenssitekijöitä. Lisäksi se mahdollistaa vastaamisen monimutkaisempiin kysymyksiin, kuten mikä bakteerin geneettinen muutos on assosioitunut potilaan tautitilaan. Bioinformatiikkaa tarvitaan käytettäessä moderneja sekvensointitekniikoita, jotka tuottavat merkittävästi enemmän dataa kuin yleisesti käytössä olleet tekniikat ja siksi vaativat analyysien tekemiseen yleensä tehokkaita tietokoneita ja kehittyneitä analyysiohjelmia. Näin myös saadaan tarkkoja tuloksia tutkittavista kannoista. Keskitymme tässä katsauksessa bakteerien bioinformaattisiin analyyseihin, mutta osittain samoja työkaluja voidaan käyttää myös muiden domeenien kuten eukaryoottien ja arkkien sekä virusten perimän tutkimiseen.