Vaikean tai sairaalloisen lihavuuden hoidossa käytettävä lihavuuskirurgia tehdään laparoskooppisesti. Yleisimmät leikkausmenetelmät ovat mahalaukun kavennusleikkaus (sleeve gastrectomy) ja mahalaukun ohitusleikkaus (gastric bypass). Lihavuuskirurgian systemaattisen luonteen ja määrän vuoksi leikkaustoiminta on vakioitavissa. Ohitusleikkauksessa mahalaukun yläosasta muotoillaan pieni mahalaukkusäiliö ja tehdään Roux-en-Y-rekonstruktio. Normaalissa ohitusleikkauksessa biliopankreaattisen haaran pituus on 60-80 cm ja alimentaarisen haaran 120-150 cm. Mahalaukun kavennusleikkauksessa mahalaukusta poistetaan noin 70-80 %, ja ruuan kulkureitti jää ennalleen. Suurin osa potilaista on kotiutuskuntoisia ensimmäisenä leikkauksenjälkeisenä päivänä. Kaikki lihavuusleikatut potilaat tarvitsevat pysyvästi vitamiini- ja hivenainekorvauksen ja alkuun mahahapon eritystä vähentävän lääkityksen. Tulehduskipulääkkeitä kannattaa välttää. Kolmen sairaslomaviikon aikana potilaat siirtyvät vaiheittain normaaliin ruokavalioon niin, että ateriakoot ovat pieniä, ateriavälit tasaisia ja syömisrytmi rauhallinen.