Merta suojellessa käytettävissä on oltava riittävän tehokkaat välineet, joilla suojelutoimenpiteiden vaikutuksia meren tilaan voidaan arvioida ja meren tilassa tapahtuvaa yleistä kehitystä seurata. Tähän tarkoitukseen tehokkaimpia työkaluja ovat erilaiset seurantaohjelmat, joista Turun yliopiston Saaristomeren tutkimuslaitoksella on pisimmät perinteet koko pohjoisen Itämeren alueella.