Det som hör till Åbo universitets Skärgårdshavets forskninginstituts kärnverksamhet kommer egentligen fram i namnet - att forska i Skärgårdshavet. Ändå räcker det inte med att forka endast i Skärgårdshavet, eftersom det är del av den större helheten Östernsjön. Alla processer och förändringar som händet i Östernsjön, såsom övergödning eller inkomna saltpulser, speglas förr eller senare också i Skärgårdshavet.