Antikoagulaatiohoitoa käytetään joskus myös muista syistä kuin eteisvärinästä johtuvissa aivoverenkiertohäiriöissä. Tällaisia erityistilanteita ovat esim. sinustromboosi, kallonpohjavaltimon tukos ja kaulavaltimon dissektoituma. Tutkimustietoa niistä on vähän. Ensisijaisia lääkkeitä ovat pienimolekyyliset hepariinit ja varfariini. Suorien antikoagulanttien käyttö lisääntynee tutkimustiedon karttuessa. Suurin osa aivoverenvuodon saaneista eteisvärinäpotilaista näyttää hyötyvän antikoagulantin aloittamisesta uudelleen muutaman kuukauden kuluttua vuodosta. Rutiininomaisen käytön hyödystä tromboosiprofylaksiassa ei ole näyttöä. Hyödyt ja riskit punnitaan potilaskohtaisesti.