El entorno microbiano temprano tiene un rol crucial, afectando el riesgo de padecer enfermedades crónicas. El trasfondo genético, el entorno, el medio nutricional temprano, el uso de antibióticos y otros medicamentos, afectan tanto la arquitectura intestinal de la microbiota, como su composición individual y su actividad. Evidencias recientes relacionan fuertemente la composición de la microbiota también tanto con el sobrepeso y la obesidad, como con la malnutrición; datos crecientes sugieren que un gran número de otros estados patológicos también estarían vinculados con la composición de la microbiota. En este capítulo se realiza una revisión del establecimiento y desarrollo de la microbiota intestinal humana y se describen ejemplos de desviaciones y el rol de la disbiosis como un factor promotor de aberraciones de la microbiota.