Terveystaloustieteen näkökulmasta terveydenhuollon keskeisenä tehtävänä on tuottaa terveyttä. Tuotannon määrää rajoittaa resurssien rajallisuus. Se pakottaa optimointiin, resurssikäytön jakamiseen tarpeiden välillä, valintojen tekemiseen populaation ja yksilöiden osalta. Terveydenhuoltoa leimaa myös vahvasti alenevan rajahyödyn todellisuus. Edellä esitettyjä haasteita yritetään ratkoa erityyppisen sääntelyn ja terveydenhuollon menetelmien arvioinnin avulla. Terveydenhuollon menetelmien  kustannusvaikuttavuusarviointi toteutetaan tyypillisesti populaatiotasolla.

Eräs viime aikoina Suomessa esitetty toimintamalli on tuoda taloudellista tietoa ja kustannusvaikuttavuustietoa lääkehoidoista Käypä hoito –suosituksiin. Tällöin kustannusvaikuttavuusarviointi ja varsinkin sen soveltaminen tuodaan populaatiotasolta lääkäripotilastasolle eli mikrotasolle. Tässä yhteydessä kustannusvaikuttavuuden mittarina käytetään esimerkiksi NNT-lukuun (number needed to treat) perustuvaa hoitovasteen kustannusta. Se tarkoittaa kustannuksia sille, että yksi potilas saa halutun hoitovasteen verrattuna lumehoitoon. Taloudellisen arvioinnin metodologia ja päätöksenteon kriteerit ovat hyvin erilaisia populaatiotason ja
mikrotason taloudellisessa arvioinnissa. Ne johtavat todennäköisesti erilaiseen ja jopa ristiriitaiseen lopputulokseen ja resurssikäytön ratkaisuihin.

Suomessa on tärkeää kehittää terveydenhuollon menetelmien arviointia ja ylipäätään terveydenhuollon sisältöohjausta. Suomessa on käyty lisääntyvässä määrin keskustelua terveydenhuollon menetelmäarvioinnin ja rahoituksen yhdenmukaistamisesta. Tämä on oikea suunta, joka myös oikealla tavalla ohjaa päätöksentekijöitä ja terveydenhuollon ammattilaisia. Ratkaisua tulisi etsiä siitä, että miten jo nykyisellään kustannusvaikuttavuutta korostavissa ja siihen perustuvissa arvioinnissa tehty työ ja sääntely hyödyttäisi terveydenhuollon ammattilaisia parhaalla mahdollisella tavalla ja miten  päätöksenteko olisi konsistenttia makro- ja mikrotasolla. Tätä pyrkimystä voidaan tukea myös arvoperusteisella toiminnalla esimerkiksi lisäämällä vaikuttavuusperusteisia sopimusmenettelyjä ym. hallitun käyttöönoton menetelmiä.

Keskustelu resursseista ja kustannuksista on luonnollisesti tärkeää. Olennainen kysymys on se, että millä tavalla ja millä tasolla kustannukset ja kustannusvaikuttavuus huomioidaan päätöksissä ja miten terveystaloustieteen menetelmiä sovelletaan. Huomiota ja voimavaroja tulisi kiinnittää paljon nykyistä enemmän koko sosiaali- ja terveyspalvelujärjestelmän ja hoitokokonaisuuksien tuloksellisuuteen ja arviointiin.