Vilja Siitonen
PhD (FT)
vksiit@utu.fi Tykistökatu 6 Turku Työhuone: 6108 ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0002-1444-2622 |
Molekyylibiologia; Proteiinibiologia; Bioaktiiviset pienyhdisteet; Mikrobiologia, Biotransformaatio, HPLC, MS, NMR, GC
Työskentelen tutkijana Photomicrobes-tutkimusryhmässä, jota johtaa professori Yagut Allahverdiyeva-Rinne (www.utu.fi/photo-microbes). Keskityn muunneltujen Chlamydomonas reinhardtii and Synechocystis sp. PCC 6803 tuottamiin yhdisteisiin tai kantojen käyttämiseen fotosynteettisinä solutehtaina. Aiemmassa postdoc-tutkimuksessani tutkin bioaktiivisia sekundaarimetaboliitteja, etenkin keskittyen niiden rakennetutkimukseen NMR:n avulla. Valmistuin tohtoriksi vuonna 2016 ja väitöskirjatutkimukseni keskittyi streptomykeettien sekundaarimetaboliaan, etenkin antrasykliiniantibiootti nogalamysiinin biosynteesiin. Maisteriksi valmistuin 2010, Pro gradu -tutkielmani keskittyi streptomykeettien rasva-aineenvaihduntaan. Ennen valmistumistani vietin vaihtovuoden 2005-2006 Itävallassa, Salzburgissa.
Tutkin viherleviä ja syanobakteereja. Niiden tuottamia yhdisteitä ja niiden tekemiä biotransformaatioita. Aiemmin olen tutkinut streptomykeettien tuottamia yhdisteitä.
Olen opettanut vedyntuotantoa ja sen mittausta sekä biotransformaatiota käyttäen mikroleviä osana fotosynteesikurssia (2022).
Olen opettanut biotransformaatio-kurssin osana fotosynteesilaboratoriokurssia (2022).
Olen pitänyt HPLC-kurssin pigmenttien tutkimiseen osana osana fotosynteesilaboratoriokurssia (2021).
Olen opettanut molekyylibiologian kurssin koskien streptomykeettien geneettistä muokkausta ja yhdisteiden erottamista (2011).
Lisäksi ohjaan yhtä maisterintutkielmaa ja olen ohjannut 2 maisterivaiheen erikoistyötä ja gradun, 3 luonnontieteen kandidaatin tutkielmaa ja olen suunnitellut ja ohjannut 12 projektityöntekijän laboratoriatyötä (1-6 kuukautta).
- Photosynthetically produced sucrose by immobilized Synechocystis sp. PCC 6803 drives biotransformation in E. coli (2022)
- Biotechnology for Biofuels and Bioproducts
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Single cell mutant selection for metabolic engineering of actinomycetes (2022)
- Metabolic Engineering
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Biosynthesis of Diverse Type II Polyketide Core Structures in Streptomyces coelicolor M1152 (2021)
- ACS Synthetic Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Differential regulation of undecylprodigiosin biosynthesis in the yeast-scavenging Streptomyces strain MBK6 (2021)
- FEMS Microbiology Letters
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Evolution‐Guided Engineering of Non‐Heme Iron Enzymes Involved in Nogalamycin Biosynthesis (2020)
- FEBS Journal
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Genotyping-Guided Discovery of Persiamycin A From Sponge-Associated Halophilic Streptomonospora sp. PA3 (2020)
- Frontiers in Microbiology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Structural characterization of three noncanonical NTF2-like superfamily proteins: implications for polyketide biosynthesis (2020)
- Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The Rieske Oxygenase SnoT Catalyzes 2''-Hydroxylation of L-Rhodosamine in Nogalamycin Biosynthesis (2020)
- ChemBioChem
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Enzymatic Synthesis of the C-glycosidic Moiety of Nogalamycin R (2018)
- ACS Chemical Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of the Showdomycin Gene Cluster from Streptomyces showdoensis ATCC 15227 Yields Insight into the Biosynthetic Logic of C-Nucleoside Antibiotics (2017)
- ACS Chemical Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Divergent non-heme iron enzymes in the nogalamycin biosynthetic pathway (2016)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Glycosylation and Glycodiversification in Polyketide Antibiotics: Unraveling Biosynthetic Steps in Nogalamycin Formation (2016) Siitonen Vilja
(Artikkeliväitöskirja (G5)) - Laboratory course on Streptomyces genetics and secondary metabolism (2016)
- Biochemistry and Molecular Biology Education
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Crystal structure of the glycosyltransferase SnogD from the biosynthetic pathway of nogalamycin in Streptomyces nogalater (2012)
- FEBS Journal
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of a Two-Component Monooxygenase SnoaW/SnoaL2 Involved in Nogalamycin Biosynthesis (2012)
- Chemistry and Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Identification of Late-Stage Glycosylation Steps in the Biosynthetic Pathway of the Anthracycline Nogalamycin (2012)
- ChemBioChem
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
