Tero Aittokallio
 PhD


teanai@utu.fi

Tykistökatu 6 A

Turku


ORCID-tunnistehttps://orcid.org/orcid.org/0000-0002-0886-9769





Biografia

Tero Aittokallio received his PhD in Applied Mathematics from the University of Turku in 2001, under the supervision of Prof. Mats Gyllenberg. He then did his post-doctoral training in the Systems Biology Lab at the Institut Pasteur (2006-2007), with Dr. Benno Schwikowski, where he focused on network biology applications using high-throughput experimental assays and network analysis tools such as Cytoscape. In 2007, Dr. Aittokallio launched his independent career as a principal investigator in the Turku Biomathematics Research Group, where he received a five-year appointment as an Academy of Finland Research Fellow (2007-2012). Tero Aittokallio joined Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM) as EMBL Group Leader in the fall of 2011, and was selected as Professor of Statistics and Applied Mathematics at University of Turku in 2015.



Tutkimus

Aittokallio's research group focuses on developing and applying integrated computational-experimental approaches to tackle biomedical questions, such as how genes function as interaction networks to carry out and regulate cellular processes, how alterations in these networks contribute to complex traits, such as human diseases, and where and how in the disease network one should target to optimally inhibit the disease phenotypes, such as tumor growth.



Opetus

Computational statistics.

Scientific computing.



Julkaisut
  
null
  
null
  
3/9
  
null
  
null
  

  • Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions2018
    • American Journal of Pathology
     Knuuttila M, Mehmood A, Huhtaniemi R, Yatkin E, Häkkinen MR, Oksala R, Laajala TD, Ryberg H, Handelsman DJ, Aittokallio T, Auriola S, Ohlsson C, Laiho A, Elo LL, Sipilä P, Mäkelä SI, Poutanen M
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2018)  
    • Leukemia
     E I Andersson, S Pützer, B Yadav, O Dufva, S Khan, L He, L Sellner, A Schrader, G Crispatzu, M Oleś, H Zhang, S Adnan-Awad, S Lagström, D Bellanger, J P Mpindi, S Eldfors, T Pemovska, P Pietarinen, A Lauhio, K Tomska, C Cuesta-Mateos, E Faber, S Koschmieder, T H Brümmendorf, S Kytölä, E-R Savolainen, T Siitonen, P Ellonen, O Kallioniemi, K Wennerberg, W Ding, M-H Stern, W Huber, S Anders, J Tang, T Aittokallio, T Zenz, M Herling, S Mustjoki
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2018)  
    • Molecular Cancer TherapeuticsLeukemia
     Tatiana Lepikhova, Piia-Riitta Karhemo, Riku Louhimo, Bhagwan Yadav, Astrid Murumägi, Evgeny Kulesskiy, Mikko Kivento, Harri Sihto, Reidar Grénman, Stina M. Syrjänen, Olli Kallioniemi, Tero Aittokallio, Krister Wennerberg, Heikki Joensuu, Outi Monni
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • ePCR: an R-package for survival and time-to-event prediction in advanced prostate cancer, applied to real-world patient cohorts2018
    • Database: The Journal of Biological Databases and Curation
     Ziaur Rehman Tanoli, Zaid Alam, Markus Vähä-Koskela, Balaguru Ravikumar, Alina Malyutina, Alok Jaiswal, Jing Tang, Krister Wennerberg, Tero Aittokallio
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  • 2018
    • Cell Chemical BiologyNucleic Acids Research
     Jing Tang, Zia-ur-Rehman, Balaguru Raviku, Zaid Alam, Anni Rebane, Markus Vähä-Koskela, Gopal Peddinti, Arjan J. van drichem, Janica Wakkinen, Alok Jaiswal, Ella Karjalainen, Prson Gautam, Liye He, Elina Parri, Suleiman Khan, Abhishekh Gupta, Mehreen Ali, Laxman Yetukuri, Anna-Lena Gustavsson, Brinton Seashore-Ludlow, Anne Hersey, Andrew R. Leach, John P. Overington, Gretchen Repasky, Krister Wennerberg, Tero Aittokallio
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2018)  
    • Bioinformatics
     Laajala TD, Murtojärvi M, Virkki A, Aittokallio T
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2018)  
    • Bioinformatics
     Mehreen Ali, Suleiman A. Khan, Krister Wennerberg, Tero Aittokallio
    (
    A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


  •   (2018)  
       Oscar Brück, Sami Blom, Olli Dufva, Riku Turkki, Himanshu Chheda, Antonio Ribeiro, Panu Kovanen, Tero Aittokallio, Perttu Koskenvesa, Olli Kallioniemi, Kimmo Porkka, Teijo Pellinen, Satu Mustjoki
      (
      A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


    • Improving the efficacy-safety balance of polypharmacology in multi-target drug discovery  (2018)  
      • Expert Opinion on Drug DiscoveryHuman ReproductionCell Systems
       Ravikumar B., Aittokallio T.
      (
      A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)


    •   (2018)  
      • BioinformaticsAntiviral Research
       Cichonska A, Pahikkala T, Szedmak S, Julkunen H, Airola A, Heinonen M, Aittokallio T, Rousu J
      (
      A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


    • Methods for high-throughput drug combination screening and synergy scoring  (2018)  Cancer Systems Biology Liye He, Evgeny Kulesskiy, Jani Saarela, Laura Turunen, Krister Wennerberg, Tero Aittokallio, Jing Tang
      (
      A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)


    • Novel activities of safe-in-human broad-spectrum antiviral agents  (2018)  
         Aleksandr Ianevski, Eva Zusinaite, Suvi Kuivanen, Mårten Strand, Hilde Lysvand, Mona Teppor, Laura Kakkola, Henrik Paavilainen, Mira Laajala, Hannimari Kallio-Kokko, Miia Valkonen, Anu Kantele, Kaidi Telling, Irja Lutsar, Pille Letjuka, Natalja Metelitsa, Valentyn Oksenych, Magnar Bjørås, Svein Arne Nordbø, Uga Dumpis, Astra Vitkauskiene, Christina Öhrmalm, Kåre Bondeson, Anders Bergqvist, Tero Aittokallio, Rebecca J. Cox, Magnus Evander, Veijo Hukkanen, Varpu Marjomaki, Ilkka Julkunen, Olli Vapalahti, Tanel Tenson, Andres Merits, Denis Kainov
        (
        A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


      • Patient-Customized Drug Combination Prediction and Testing for T-cell Prolymphocytic Leukemia Patients  (2018)  
        • Cancer Research
         He LY, Tang J, Andersson EI, Timonen S, Koschmieder S, Wennerberg K, Mustjoki S, Aittokallio T
        (
        A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


      • PP2A inhibition is a druggable MEK inhibitor resistance mechanism in KRAS-mutant lung cancer cells  (2018)  
        • Science Translational Medicine
         Otto Kauko, Caitlin M. O’Connor, Evgeny Kulesskiy, Jaya Sangodkar, Anna Aakula, Sudeh Izadmehr, Laxman Yetukuri, Bhagwan Yadav, Artur Padzik, Teemu Daniel Laajala, Pekka Haapaniemi, Majid Momeny, Taru Varila, Michael Ohlmeyer, Tero Aittokallio, Krister Wennerberg, Goutham Narla, Jukka WestermarckA1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä


      • Secreted frizzled-related protein 2 (SFRP2) expression promotes lesion proliferation via canonical WNT signaling and indicates lesion borders in extraovarian endometriosis2018
           Heinosalo T, Gabriel M, Kallio L, Adhikari P, Huhtinen K, Laajala TD, Kaikkonen E, Mehmood A, Suvitie P, Kujari H, Aittokallio T, Perheentupa A, Poutanen M
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        •   (2018)  
          • European Heart JournalPLoS Computational Biology
           Ruuth M, Nguyen SD, Vihervaara T, Hilvo M, Laajala TD, Kondadi PK, Gistera A, Lahteenmaki H, Kittila T, Huusko J, Uusitupa M, Schwab U, Savolainen MJ, Sinisalo J, Lokki ML, Nieminen MS, Jula A, Perola M, Yla-Herttula S, Rudel L, Oorni A, Baumann M, Baruch A, Laaksonen R, Ketelhuth DFJ, Aittokallio T, Jauhiainen M, Kakela R, Boren J, Williams KJ, Kovanen PT, Oorni K
          (
          A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


        • A community challenge for inferring genetic predictors of gene essentialities through analysis of a functional screen of cancer cell lines  (2017)  
             Gönen M, Weir Ba, Cowley GS, Vazquez F, Guan Y, Jaiswal A, Karasuyama M, Uzunangelov V, Wang T, Tsherniak A, Howell S, Marbach D, Hoff B, Norman TC, Airola A, Bivol A, Bunte K, Carlin D, Chopra S, Deran A, Ellrott K, Gopalacharyulu P, Graim K, Kaski S, Khan SA, Newton Y, Ng S, Pahikkala T, Paull E, Sokolov A, Tang H, Tang J, Wennerberg K, Xie Y, Zhan X, Zhu F, Aittokallio T, Mamitsuka H, Stuart JM, Boehm JS, Root DE, Xiao G, Stolovitzky G, Hahn WC, Margolin AA
            (
            A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


          • Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors  (2017)  
               Cichonska A, Ravikumar B, Parri E, Timonen S, Pahikkala T, Airola A, Wennerberg K, Rousu J, Aittokallio T
              (
              A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


            • C-SPADE: a web-tool for interactive analysis and visualization of drug screening experiments through compound-specific bioactivity dendrograms  (2017)  
                 Belaguru Ravikumar, Zaid Alam, Gopal Peddinti, Tero Aittokallio
                (
                A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )


              • Early metabolic markers identify potential targets for the prevention of type 2 diabetes  (2017)  
                • Diabetologia
                 Peddinti G, Cobb J, Yengo L, Froguel P, Kravic J, Balkau B, Tuomi T, Aittokallio T, Groop L
                (
                A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )



              Last updated on