Eeva-Liisa Eskelinen
PhD


eeva-liisa.eskelinen@utu.fi

+358 29 450 3996

+358 50 511 5631



Office: C341

Kiinamyllynkatu 10, 20520 Turku, Finland
Medisiina C341

ORCID identifier: https://orcid.org/0000-0003-0006-7785


Research Gate

Full list of publications


Areas of expertise
Cell biology, autophagy, lysosomes, RAB24, electron microscopy, cell imaging

Biography

Eeva-Liisa Eskelinen has a long track record in autophagy field, in particular, in  elucidating the fine structure and membrane dynamics of autophagosome biogenesis using electron microscopy. She completed her PhD in 1993 at the University of Jyväskylä, Finland. After that, she worked as postdoctoral researcher in Göttingen, Germany and Helsinki, Finland. Then she moved to Dundee, Scotland, where she worked as an independent investigator (1999-2002). From Scotland she moved to Kiel, Germany and worked as a group leader at the department headed by professor Paul Saftig (2002-2005). In August 2005 she moved back to Finland and worked as a University Lecturer at the Department of Biosciences, University of Helsinki, until 2017. 1st of November 2017 she started as a Professor of medical cell biology at the Institute of Biomedicine, University of Turku, Finland.



Research

Membrane dynamics in autophagy

Autophagy is a lysosomal degradation pathway for cytoplasmic material and organelles that maintains cellular homeostasis during nutrient deprivation and stress. Autophagy also contributes to the clearance of damaged organelles and aggregate-prone proteins, protection against metabolic stress and DNA damage, and even to longevity of the organism. Defective autophagy has been connected to many human diseases including cancer, myopathies, metabolic diseases, and neurodegenerative diseases.

We and others showed that autophagosomes form in a subcompartment of the endoplasmic reticulum. A flat membrane cistern called the phagophore emerges first, which then elongates and forms a double-membrane bound autophagosome. Autophagosomes acquire hydrolytic capacity by fusing with endosomes and lysosomes. The origin of autophagosome membranes is one of the longest lasting open questions in the field. We address this question using three-dimensional electron microscopy, live-cell imaging and correlative light-electron microscopy.


In addition, we study the molecular mechanisms of RAB24, a GTPase that we showed to function in the late phase of the macroautophagic pathway. Mutation in RAB24 causes hereditary ataxia in dogs. In addition, RAB24 was shown to be overexpressed in hepatocellular carcinoma, and the overexpression was further shown to facilitate the malignant phenotype of the cancer cells. RAB24 is also overexpressed in non-alcoholic fatty liver disease. We use cell biological and biochemical approaches in order to clarify the molecular mechanisms that mediate the cellular functions of RAB24.



Teaching

Eeva-Liisa Eskelinen is the responsible teacher of the course Cell Biology and Histology, aimed for first year students in medicine, dentistry and biomedicine. She is also teaching electron microscopy methods on the course Electron Microscopy in Biomedical Sciences, aimed for MSc students on Biomedical Imaging, and for PhD students interested in the topic.



Publications
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  • Autophagy inhibition by targeting PIKfyve potentiates response to immune checkpoint blockade in prostate cancer (2021)
    • Nature Cancer
    Qiao YY, Choi JE, Tien JC, Simko SA, Rajendiran T, Vo JN, Delekta AD, Wang LS, Xiao LB, Hodge NB, Desai P, Mendoza S, Juckette K, Xu AL, Soni T, Su FY, Wang R, Cao XH, Yu JL, Kryczek I, Wang XM, Wang XJ, Siddiqui J, Wang Z, Bernard A, Fernandez-Salas E, Navone NM, Ellison SJ, Ding K, Eskelinen EL, Heath EI, Klionsky DJ, Zou WP, Chinnaiyan AM
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • Autophagy in major human diseases (2021)
    • EMBO Journal
    Klionsky DJ, Petroni G, Amaravadi RK, Baehrecke EH, Ballabio A, Boya P, Bravo-San Pedro JM, Cadwell K, Cecconi F, Choi AMK, Choi ME, Chu CT, Codogno P, Colombo MI, Cuervo AM, Deretic V, Dikic I, Elazar Z, Eskelinen EL, Fimia GM, Gewirtz DA, Green DR, Hansen M, Jäättelä M, Johansen T, Juhász G, Karantza V, Kraft C, Kroemer G, Ktistakis NT, Kumar S, Lopez-Otin C, Macleod KF, Madeo F, Martinez J, Meléndez A, Mizushima N, Münz C, Penninger JM, Perera RM, Piacentini M, Reggiori F, Rubinsztein DC, Ryan KM, Sadoshima J, Santambrogio L, Scorrano L, Simon HU, Simon AK, Simonsen A, Stolz A, Tavernarakis N, Tooze SA, Yoshimori T, Yuan J, Yue Z, Zhong Q, Galluzzi L, Pietrocola F
    (
    A2 Review article in a scientific journal)


  • Glycans in autophagy, endocytosis and lysosomal functions (2021)
    • Glycoconjugate Journal
    Reggiori Fulvio, Gabius Hans Joachim, Aureli Massimo, Romer Winfried, Sonnino Sandro, Eskelinen Eeva-Liisa
    (
    A2 Review article in a scientific journal)


  • Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition) (2021)
    • Autophagy
    Klionsky D.J., Abdel-Aziz A.K., Abdelfatah S., Abdellatif M., Abdoli A., Abel S., Abeliovich H., Abildgaard M.H., Abudu Y.P., Acevedo-Arozena A., Adamopoulos I.E., Adeli K., Adolph T.E., Adornetto A., Aflaki E., Agam G., Agarwal A., Aggarwal B.B., Agnello M., Agostinis P., Agrewala J.N., Agrotis A., Aguilar P.V., Ahmad S.T., Ahmed Z.M., Ahumada-Castro U., Aits S., Aizawa S., Akkoc Y., Akoumianaki T., Akpinar H.A., Al-Abd A.M., Al-Akra L., Al-Gharaibeh A., Alaoui-Jamali M.A., Alberti S., Alcocer-Gómez E., Alessandri C., Ali M., Alim Al-Bari M.A., Aliwaini S., Alizadeh J., Almacellas E., Almasan A., Alonso A., Alonso G.D., Altan-Bonnet N., Altieri D.C., Álvarez É.M.C., Alves S., Alves da Costa C., Alzaharna M.M., Amadio M., Amantini C., Amaral C., Ambrosio S., Amer A.O., Ammanathan V., An Z., Andersen S.U., Andrabi S.A., Andrade-Silva M., Andres A.M., Angelini S., Ann D., Anozie U.C., Ansari M.Y., Antas P., Antebi A., Antón Z., Anwar T., Apetoh L., Apostolova N., Araki T., Araki Y., Arasaki K., Araújo W.L., Araya J., Arden C., Arévalo M.-A., Arguelles S., Arias E., Arikkath J., Arimoto H., Ariosa A.R., Armstrong-James D., Arnauné-Pelloquin L., Aroca A., Arroyo D.S., Arsov I., Artero R., Asaro D.M.L., Aschner M., Ashrafizadeh M., Ashur-Fabian O., Atanasov A.G., Au A.K., Auberger P., Auner H.W., Aurelian L., Autelli R., Avagliano L., Ávalos Y., Aveic S., Aveleira C.A., Avin-Wittenberg T., Aydin Y., Ayton S., Ayyadevara S., Azzopardi M., Baba M., Backer J.M., Backues S.K., Bae D.-H., Bae O.-N., Bae S.H., Baehrecke E.H., Baek A., Baek S.-H., Baek S.H., Bagetta G., Bagniewska-Zadworna A., Bai H., Bai J., Bai X., Bai Y., Bairagi N., Baksi S., Balbi T., Baldari C.T., Balduini W., Ballabio A., Ballester M., Balazadeh S., Balzan R., Bandopadhyay R., Banerjee S., Banerjee S., Bánréti Á., Bao Y., Baptista M.S., Baracca A., Barbati C., Bargiela A., Barilà D., Barlow P.G., Barmada S.J., Barreiro E., Barreto G.E., Bartek J., Bartel B., Bartolome A., Barve G.R., Basagoudanavar 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Martinez-Vicente M., Martins D.O., Martins J.O., Martins W.K., Martins-Marques T., Marzetti E., Masaldan S., Masclaux-Daubresse C., Mashek D.G., Massa V., Massieu L., Masson G.R., Masuelli L., Masyuk A.I., Masyuk T.V., Matarrese P., Matheu A., Matoba S., Matsuzaki S., Mattar P., Matte A., Mattoscio D., Mauriz J.L., Mauthe M., Mauvezin C., Maverakis E., Maycotte P., Mayer J., Mazzoccoli G., Mazzoni C., Mazzulli J.R., McCarty N., McDonald C., McGill M.R., McKenna S.L., McLaughlin B., McLoughlin F., McNiven M.A., McWilliams T.G., Mechta-Grigoriou F., Medeiros T.C., Medina D.L., Megeney L.A., Megyeri K., Mehrpour M., Mehta J.L., Meijer A.J., Meijer A.H., Mejlvang J., Meléndez A., Melk A., Memisoglu G., Mendes A.F., Meng D., Meng F., Meng T., Menna-Barreto R., Menon M.B., Mercer C., Mercier A.E., Mergny J.-L., Merighi A., Merkley S.D., Merla G., Meske V., Mestre A.C., Metur S.P., Meyer C., Meyer H., Mi W., Mialet-Perez J., Miao J., Micale L., Miki Y., Milan E., Milczarek M., Miller D.L., 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Nussbaum-Krammer C., Nylandsted J., O’Donovan T.R., O’Leary S.M., O’Rourke E.J., O’Sullivan M.P., O’Sullivan T.E., Oddo S., Oehme I., Ogawa M., Ogier-Denis E., Ogmundsdottir M.H., Ogretmen B., Oh G.T., Oh S.-H., Oh Y.J., Ohama T., Ohashi Y., Ohmuraya M., Oikonomou V., Ojha R., Okamoto K., Okazawa H., Oku M., Oliván S., Oliveira J.M.A., Ollmann M., Olzmann J.A., Omari S., Omary M.B., Önal G., Ondrej M., Ong S.-B., Ong S.-G., Onnis A., Orellana J.A., Orellana-Muñoz S., Ortega-Villaizan M.D.M., Ortiz-Gonzalez X.R., Ortona E., Osiewacz H.D., Osman A.-H.K., Osta R., Otegui M.S., Otsu K., Ott C., Ottobrini L., Ou J.-H.J., Outeiro T.F., Oynebraten I., Ozturk M., Pagès G., Pahari S., Pajares M., Pajvani U.B., Pal R., Paladino S., Pallet N., Palmieri M., Palmisano G., Palumbo C., Pampaloni F., Pan L., Pan Q., Pan W., Pan X., Panasyuk G., Pandey R., Pandey U.B., Pandya V., Paneni F., Pang S.Y., Panzarini E., Papademetrio D.L., Papaleo E., Papinski D., Papp D., Park E.C., Park H.T., Park J.-M., 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Pluta R., Pocock R., Pöggeler S., Pohl C., Poirot M., Poletti A., Ponpuak M., Popelka H., Popova B., Porta H., Porte Alcon S., Portilla-Fernandez E., Post M., Potts M.B., Poulton J., Powers T., Prahlad V., Prajsnar T.K., Praticò D., Prencipe R., Priault M., Proikas-Cezanne T., Promponas V.J., Proud C.G., Puertollano R., Puglielli L., Pulinilkunnil T., Puri D., Puri R., Puyal J., Qi X., Qi Y., Qian W., Qiang L., Qiu Y., Quadrilatero J., Quarleri J., Raben N., Rabinowich H., Ragona D., Ragusa M.J., Rahimi N., Rahmati M., Raia V., Raimundo N., Rajasekaran N.-S., Ramachandra Rao S., Rami A., Ramírez-Pardo I., Ramsden D.B., Randow F., Rangarajan P.N., Ranieri D., Rao H., Rao L., Rao R., Rathore S., Ratnayaka J.A., Ratovitski E.A., Ravanan P., Ravegnini G., Ray S.K., Razani B., Rebecca V., Reggiori F., Régnier-Vigouroux A., Reichert A.S., Reigada D., Reiling J.H., Rein T., Reipert S., Rekha R.S., Ren H., Ren J., Ren W., Renault T., Renga G., Reue K., Rewitz K., Ribeiro de Andrade Ramos B., 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J., Sun K., Sun M.-X., Sun Q., Sun Y., Sun Z., Sunahara K.K.S., Sundberg E., Susztak K., Sutovsky P., Suzuki H., Sweeney G., Symons J.D., Sze S.C.W., Szewczyk N.J., Tabęcka-Łonczynska A., Tabolacci C., Tacke F., Taegtmeyer H., Tafani M., Tagaya M., Tai H., Tait S.W.G., Takahashi Y., Takats S., Talwar P., Tam C., Tam S.Y., Tampellini D., Tamura A., Tan C.T., Tan E.-K., Tan Y.-Q., Tanaka M., Tanaka M., Tang D., Tang J., Tang T.-S., Tanida I., Tao Z., Taouis M., Tatenhorst L., Tavernarakis N., Taylor A., Taylor G.A., Taylor J.M., Tchetina E., Tee A.R., Tegeder I., Teis D., Teixeira N., Teixeira-Clerc F., Tekirdag K.A., Tencomnao T., Tenreiro S., Tepikin A.V., Testillano P.S., Tettamanti G., Tharaux P.-L., Thedieck K., Thekkinghat A.A., Thellung S., Thinwa J.W., Thirumalaikumar V.P., Thomas S.M., Thomes P.G., Thorburn A., Thukral L., Thum T., Thumm M., Tian L., Tichy A., Till A., Timmerman V., Titorenko V.I., Todi S.V., Todorova K., Toivonen J.M., Tomaipitinca L., Tomar D., Tomas-Zapico 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Zhuang H., Zhuang X., Zientara-Rytter K., Zimmermann C.M., Ziviani E., Zoladek T., Zong W.-X., Zorov D.B., Zorzano A., Zou W., Zou Z., Zou Z., Zuryn S., Zwerschke W., Brand-Saberi B., Dong X.C., Kenchappa C.S., Li Z., Lin Y., Oshima S., Rong Y., Sluimer J.C., Stallings C.L., Tong C.-K.
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    A2 Review article in a scientific journal)


  • Mammalian hybrid pre-autophagosomal structure HyPAS generates autophagosomes (2021)
    • Cell
    Kumar S, Javed R, Mudd M, Pallikkuth S, Lidke KA, Jain A, Tangavelou K, Gudmundsson SR, Ye CY, Rusten TE, Anonsen JH, Lystad AH, Claude-Taupin A, Simonsen A, Salemi M, Phinney B, Li J, Guo LW, Bradfute SB, Timmins GS, Eskelinen EL, Deretic V
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • New tricks for the old autophagy protein Atg8 (2021)
    • Nature Structural and Molecular Biology
    Eskelinen Eeva-Liisa
    (
    B1 Journal article)


  • p62/SQSTM1-droplet serves as a platform for autophagosome formation and anti-oxidative stress response (2021)
    • Nature Communications
    Kageyama S, Gudmundsson SR, Sou YS, Ichimura Y, Tamura N, Kazuno S, Ueno T, Miura Y, Noshiro D, Abe M, Mizushima T, Miura N, Okuda S, Motohashi H, Lee JA, Ohe T, Sakimura K, Waguri S, Noda NN, Komatsu M, Eskelinen EL
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • p62/SQSTM1 droplets initiate autophagosome biogenesis and oxidative stress control (2021)
    • Molecular & Cellular Oncology
    Eskelinen Eeva-Liisa, Kageyama Shun, Komatsu Masaaki
    (
    B1 Journal article)


  • RNA, a new member in the glycan-club that gets exposed at the cell surface (2021)
    • Traffic
    Chevet Eric, De Matteis Maria Antoinetta, Eskelinen Eeva-Liisa, Farhan Hesso
    (
    B1 Journal article)


  • Synergistic combination of cytotoxic chemotherapy and cyclin-dependent kinase 4/6 inhibitors in biliary tract cancers (2021)
    • Hepatology
    Arora M, Bogenberger JM, Abdelrahman AM, Yonkus J, Alva-Ruiz R, Leiting JL, Chen X, Serrano Uson Junior PL, Dumbauld CR, Baker AT, Gamb SI, Egan JB, Zhou Y, Nagalo BM, Meurice N, Eskelinen EL, Salomao MA, Kosiorek HE, Braggio E, Barrett MT, Buetow KH, Sonbol MB, Mansfield AS, Roberts LR, Bekaii-Saab TS, Ahn DH, Truty MJ, Borad MJ
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • The spectrum of neurodevelopmental, neuromuscular and neurodegenerative disorders due to defective autophagy (2021)
    • Autophagy
    Deneubourg C, Ramm M, Smith LJ, Baron O, Singh K, Byrne SC, Duchen MR, Gautel M, Eskelinen EL, Fanto M, Jungbluth H
    (
    A2 Review article in a scientific journal)


  • Traffic: A new board, a new journey (2021)
    • Traffic
    Chever Eric, De Matteis Antonella, Eskelinen Eeva-Liisa, Farhan Hesso
    (
    B1 Journal article)


  • Alteration of the late endocytic pathway in Charcot-Marie-Tooth type 2B disease (2020)
    • Cellular and Molecular Life Sciences
    Romano R, Rivellini C, De Luca M, Tonlorenzi R, Beli R, Manganelli F, Nolano M, Santoro L, Eskelinen EL, Previtali SC, Bucci C
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • Altered Basal Autophagy Affects Extracellular Vesicle Release in Cells of Lagotto Romagnolo Dogs With a Variant ATG4D (2020)
    • Veterinary Pathology
    Syrjä P, Palviainen M, Jokinen T, Kyostila K, Lohi H, Roosje P, Anderegg L, Leeb T, Sukura A, Eskelinen EL
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • A Computer-Vision-Guided Robot Arm for Automatically Placing Grids in Pioloform Film Preparation (2019)
    • Methods and Protocols
    Peurla Markus, Hänninen Pekka, Eskelinen Eeva-Liisa
    (
    A1 Journal article – refereed)


  • Autophagy, Inflammation, and Metabolism (AIM) Center in its second year (2019)
    • Autophagy
    Deretic V, Prossnitz E, Burge M, Campen MJ, Cannon J, Liu KJ, Hall P, Sklar LA, Allers L, Mariscal L, Garcia SA, Baehrecke EH, Behrends C, Cecconi F, Codogno P, Elazar Z, Chen GC, Fourie B, Eskelinen EL, Hong W, Gozuacik D, Johansen T, Jo EK, Kimchi A, Juhász G, Kroemer G, Ktistakis N, Münz C, Mizushima N, Rubinsztein D, Reggiori F, Shen HM, Simonsen A, Ryan K, Schroder K, Yoshimori T, Yu L, Tooze SA, Vaccaro M, Zhang H, Klionsky DJ
    (
    B1 Journal article)


  • Autophagy: supporting cellular and organismal homeostasis by self-eating (2019)
    • International Journal of Biochemistry and Cell Biology
    Eskelinen EL
    (
    A2 Review article in a scientific journal)


  • Correlative Light and Electron Microscopy of Autophagosomes (2019) Autophagy: Methods and Protocols Gudmundsson S, Kahlhofer J, Baylac N, Kallio K, Eskelinen E-L
    (
    B2 Book chapter)


  • Driving next-generation autophagy researchers towards translation (DRIVE), an international PhD training program on autophagy (2019)
    • Autophagy
    Claudine Kraft, Patricia Boya, Patrice Codogno, Zvulun Elazar, Eeva-Liisa Eskelinen, Judith Farrés, Vladimir Kirkin, Heinz Jungbluth, Ana Martinez, Ole Pless, Charlotte Primard, Tassula Proikas-Cezanne, Anne Simonsen, Fulvio Reggiori
    (
    B1 Journal article)


  • ER-Targeted Beclin 1 Supports Autophagosome Biogenesis in the Absence of ULK1 and ULK2 Kinases (2019)
    • Cells
    Anwar Tahira, Liu Xiaonan, Suntio Taina, Marjamäki Annika, Biazik Joanna, Chan Edmond Y. W., Varjosalo Markku, Eskelinen Eeva-Liisa
    (
    A1 Journal article – refereed)



Last updated on 2021-14-12 at 11:12