Ph.D. Anssi Malinen - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Anssi Malinen
Ph.D.

- dosentti,
bioteknologian laitos (teknillinen tiedekunta)
- yliopistonlehtori,
biokemia (bioteknologian laitos)

ansmal@utu.fi

+358 29 450 4784

Tykistökatu 6

Turku

Työhuone: 6128

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-2987-2649

Group web page

https://malinenlab.utu.fi/

Asiantuntijuusalueet

Biokemia; entsyymi- ja proteiinikemia; entsyymikinetiikka; entsyymi-inhibiittorit; molekyylibiologia; geeniluenta; transkriptio; RNA-polymeraasi; biofysiikka; pyrofosfataasit; yliopisto-opettaja

Biografia

Yliopistonlehtori 9/2022-

Akatemiatutkija, tutkimusryhmänjohtaja 9/2017-8/2022 (viisivuotiskausi).
Tutkimusaihe: Geeniluennan säätely eukaryooteissa.

Tutkija / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2016-2017.
Tutkimusaihe: Geeniluennan mekanismit & Membraanipyrofosfataasien molekyylievoluutio.

Tutkijatohtori. Oxfordin yliopisto, Fysiikan laitos, 2014-2016.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription aloituksen biofysiikka yksittäisten molekyylien tasolla.

Tutkijatohtori / yliopisto-opettaja. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2009-2014.
Tutkimusaihe: Bakteerien transkription pidentymisvaiheen mekanismit & Membraanipyrofosfataasien toimintamekanismi.

Tohtorikoulutettava. Turun yliopisto, Biokemian laitos, 2002-2009.
Tutkimusaihe: Membraanipyrofosfataasien rakenne ja toiminta.

Tutkimus

Geneettinen informaatio muodostaa eliön rakenteen ja toiminnan perustan. Informaatio on varastoituna DNA:han, mistä solu sitä valikoivasti hyödyntää. RNA-polymeraasi nimisellä proteiinilla on ratkaiseva rooli geeniluennan ensimmäisessä vaiheessa. Se muodostaa geeneistä RNA-kopioita, jotka toimivat proteiinien valmistusohjeena, säätelytehtävissä tai proteiineja valmistavien ribosomien rakennusosina. Nykyisen tutkimukseni tavoitteena on selvittää, miten ribosomien rakennusosien valmistamiseen erikoistunut RNA-polymeraasi I aloittaa RNA:n tuottamisen. Tämän monimutkaisen molekyylitason tapahtumasarjan ymmärtämiseksi käytämme biokemiaan ja yksittäisten molekyylien fluoresenssikuvantamiseen perustuvia tutkimusmenetelmiä. Motiivinamme on ymmärtää, miten geeniluentakoneisto reagoi ympäristön signaaleihin. RNA polymeraasi I:n toiminta on yliaktiivista monissa syöpäsoluissa, joten tutkimuksemme voi avata uusia mahdollisuuksia RNA polymeraasi I:n toimintaa hillitsevien syöpälääkkeiden kehittämisessä.

Opetus

Opetusalat:
Bioprosessitekniikka, nisäkässolut solutehtaina, entsyymi- ja proteiinikemia, geeniluenta (transkriptio), geenien säätely, biologiset membraanit.

Julkaisut

2/3

Good-Practice Non-Radioactive Assays of Inorganic Pyrophosphatase Activities (2021)
- Molecules
Baykov Alexander A, Anashkin Viktor A, Malinen Anssi M
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
A Single-Molecule View on Cellular and Viral RNA Synthesis (2019) Biophysics of RNA-Protein Interactions: A Mechanistic View Ostrofet Eugen, Stal Papini Flavia, Malinen Anssi M, Dulin David
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
Oxazinomycin arrests RNA polymerase at the polythymidine sequences (2019)
- Nucleic Acids Research
Prajapati R.K., Rosenqvist P., Palmu K., Mäkinen J.J., Malinen A.M., Virta P., Metsä-Ketelä M., Belogurov G.A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Pausing controls branching between productive and non-productive pathways during initial transcription in bacteria (2018)
- Nature Communications
David Dulin, David L. V. Bauer, Anssi M. Malinen, Jacob J. W. Bakermans, Martin Kaller, Zakia Morichaud, Ivan Petushkov, Martin Depken, Konstantin Brodolin, Andrey Kulbachinskiy, Achillefs N. Kapanidis
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Role of the potassium/lysine cationic center in catalysis and functional asymmetry in membrane-bound pyrophosphatases (2018)
- Biochemical Journal
Artukka E, Luoto HH, Baykov AA, Lahti R, Malinen AM
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Two independent evolutionary routes to Na+/H+ cotransport function in membrane pyrophosphatases. (2016)
- Biochemical Journal
Erika Nordbo, Heidi H. Luoto, Alexander A. Baykov, Reijo Lahti, Anssi M. Malinen
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Cytochrome cbb3 of Thioalkalivibrio is a Na+-pumping cytochrome oxidase (2015)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Muntyan MS, Cherepanov DA, Malinen AM, Bloch DA, Sorokin DY, Severina II, Ivashina TV, Lahti R, Muyzer G, Skulachev VP
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Evolutionarily divergent, Na+-regulated H+-transporting membrane-bound pyrophosphatases (2015)
- Biochemical Journal
Heidi H. Luoto, Erika Nordbo, Anssi M. Malinen, Alexander A. Baykov, Reijo Lahti
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Monitoring translocation of multisubunit RNA polymerase along the DNA with fluorescent base analogues (2015) Bacterial Transcriptional Control Malinen Anssi M., Turtola Matti, Belogurov Georgiy A.
(A3 Vertaisarvioitu kirjan tai muun kokoomateoksen osa)
CBR antimicrobials alter coupling between the bridge helix and the β subunit in RNA polymerase (2014)
- Nature Communications
Malinen AM, Nandymazumdar M, Turtola M, Malmi H, Grocholski T, Artsimovitch I, Belogurov GA.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )