PhD, Docent Matti Ruuskanen - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Matti Ruuskanen
PhD, Docent

- yliopistonlehtori,
bioteknologian laitos (teknillinen tiedekunta)

matti.ruuskanen@utu.fi

ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-4221-2880

Asiantuntijuusalueet

Mikrobiomit; bioinformatiikka; mikrobiologia; datatiede

Tutkimusyhteisö tai tutkimusaihe

Mikrobiomit ja terveys, mikrobiomien datatiede

Biografia

Suoritin kandidaatin ja maisterinopintoni mikrobiologiassa Helsingin yliopistossa 2008-2014. Väitöskirjatutkimukseni tein Ottawan yliopistossa (Kanada) vuosina 2015-2019, jossa perehdyin arktisten järvisedimenttien mikrobiyhteisöihin ja niiden toimintaan. Vuosina 2019-2025 toimin Turun yliopistossa tutkijatohtorina Teemu Niirasen ja Leo Lahden ryhmissä. Projekteissani keskityin kroonisten sairauksien ja suolistomikrobiston yhteyksiin, sekä mikrobiomien datatieteen menetelmäkehitykseen. Olen saanut rahoitusta tutkimukseeni mm. Suomen Akatemialta, sekä Kulttuurirahastolta.

Tutkimus

Opetus

Olen aikaisemmin toiminut apuopettajana useilla laboratorio- ja luentokursseilla Helsingin yliopistossa ja Ottawan yliopistossa (Kanada). Turun yliopistolla opetin Machine Learning and Algorithmics (TKO_3121) kurssia vuosina 2021-2024.

Opetan tällä hetkellä kursseilla Solu ja Biomolekyylit -teoria (BKEM5030), Elintarvikelainsäädäntö ja elintarvikevalvonta (ETEK0003), sekä Mikrobiologia (BKEM5013).

Olen ohjannut 3 kandidaatintyötä, 3 gradutyötä, ja toimin kahden väitöskirjatutkijan toisena ohjaajana.

Minulla on dosenttisopimus Helsingin yliopistossa, ja olen suorittanut opettajan pedagogiset opinnot (60op) yliopistopedagogiikassa.

Julkaisut

Variation and prognostic potential of the gut antibiotic resistome in the FINRISK 2002 cohort (2025)
- Nature Communications
Pärnänen, Katariina; Ruuskanen, Matti O.; Sommeria-Klein, Guilhem; Laitinen, Ville; Kantanen, Pyry; Méric, Guillaume; Gazolla Volpiano, Camila; Inouye, Michael; Knight, Rob; Salomaa, Veikko; Havulinna, Aki S.; Niiranen, Teemu; Lahti, Leo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Integration of polygenic and gut metagenomic risk prediction for common diseases (2024)
- Nature Aging
Liu Yang, Ritchie Scott C., Teo Shu Mei, Ruuskanen Matti O., Kambur Oleg, Zhu Qiyun, Sanders Jon, Vázquez-Baeza Yoshiki, Verspoor Karin, Jousilahti Pekka, Lahti Leo, Niiranen Teemu, Salomaa Veikko, Havulinna Aki S., Knight Rob, Méric Guillaume, Inouye Michael
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Role of Gut Microbiota in Statin-Associated New-Onset Diabetes—a Cross-Sectional and Prospective Analysis of the FINRISK 2002 Cohort (2024)
- Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology
Koponen Kari, Kambur Oleg, Joseph Bijoy, Ruuskanen Matti O, Jousilahti Pekka, Salido Rodolfo, Brennan Caitriona, Jain Mohit, Meric Guillaume, Inouye Michael, Lahti Leo, Niiranen Teemu, Havulinna Aki S, Knight Rob, Salomaa Veikko
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Comprehensive biomarker profiling of hypertension in 36 985 Finnish individuals (2022)
- Journal of Hypertension
Palmu Joonatan, Tikkanen Emmi, Havulinna Aki S, Vartiainen Erkki, Lundqvist Annamari, Ruuskanen Matti O, Perola Markus, Ala-Korpela Mika, Jousilahti Pekka, Würtz Peter, Salomaa Veikko, Lahti Leo, Niiranen Teemu
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
COMPREHENSIVE BIOMARKER PROFILING OF HYPERTENSION IN 36,985 FINNISH INDIVIDUALS (2022)
- Journal of Hypertension
Palmu Joonatan, Tikkanen Emmi, Havulinna Aki S., Vartiainen Erkki, Lundqvist Annamari, Ruuskanen Matti O., Perola Markus, Ala-Korpela Mika, Jousilahti Pekka, Würtz Peter, Salomaa Veikko, Lahti Leo, Niiranen Teemu
(O2 Muu julkaisu )
Early prediction of incident liver disease using conventional risk factors and gut-microbiome-augmented gradient boosting (2022)
- Cell Metabolism
Liu Yang, Méric Guillaume, Havulinna Aki S, Teo Shu Mei, Åberg Fredrik, Ruuskanen Matti, Sanders Jon, Zhu Qiyun, Tripathi Anupriya, Verspoor Karin, Cheng Susan, Jain Mohit, Jousilahti Pekka, Vázquez-Baeza Yoshiki, Loomba Rohit, Lahti Leo, Niiranen Teemu, Salomaa Veikko, Knight Rob, Inouye Michael
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Gut Microbiome Composition Is Predictive of Incident Type 2 Diabetes in a Population Cohort of 5,572 Finnish Adults (2022)
- Diabetes Care
Ruuskanen Matti O., Erawijantari Pande P., Havulinna Aki S.,Liu Yang, Méric Guillaume, Tuomilehto Jaakko, Inouye Michael, Jousilahti Pekka, Salomaa Veikko, Jain Mohit, Knight Rob, Lahti Leo, Niiranen Teemu J.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Suomalaisten suolistomikrobiston koostumus on yhteydessä tyypin 2 diabeteksen riskiin (2022)
- Diabetes ja lääkäri
Ruuskanen Matti, Niiranen Teemu
(D1 Artikkeli ammattilehdessä)
Towards standardized and reproducible research in skin microbiomes (2022)
- Environmental Microbiology
Ruuskanen Matti O., Vats Deepti, Potbhare Renuka, RaviKumar Ameeta, Munukka Eveliina, Ashma Richa, Lahti Leo
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Associations of healthy food choices with gut microbiota profiles (2021)
- American Journal of Clinical Nutrition
Koponen Kari K, Salosensaari Aaro, Ruuskanen Matti O., Havulinna Aki S., Männistö Satu, Jousilahti Pekka, Palmu Joonatan, Salido Rodolfo, Sanders Karenina, Brennan Caitriona, Humphrey Gregory C., Sanders Jon G, Meric Guillaume, Cheng Susan, Inouye Michael, Jain Mohit, Niiranen Teemu J., Valsta Liisa M., Knight Rob, Salomaa Veikko V.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Links between gut microbiome composition and fatty liver disease in a large population sample (2021)
- Gut Microbes
Ruuskanen Matti O, Åberg Fredrik, Männistö Ville, Havulinna Aki S, Meric Guillaume, Liu Yang, Loomba Rohit, Vazquez-Baeza Yoshiki, Tripathi Anupriya, Valsta Liisa M, Inouye Michael, Jousilahti Pekka, Salomaa Veikko, Jain Mohit, Knight Rob, Lahti Leo, Niiranen Teemu J
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Modelling spatial patterns in host-associated microbial communities (2021)
- Environmental Microbiology
Ruuskanen Matti O, Sommeria-Klein Guilhem, Havulinna Aki S, Niiranen Teemu J, Lahti Leo
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Microbial genomes retrieved from High Arctic lake sediments encode for adaptation to cold and oligotrophic environments (2020)
- Limnology and Oceanography
Ruuskanen M., Colby G., St.Pierre K., St.Louis V., Aris-Brosou S., Poulain A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Swift evolutionary response of microbes to a rise in anthropogenic mercury in the Northern Hemisphere (2020)
- ISME Journal
Ruuskanen M., Aris-Brosou S., Poulain A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Warming climate is reducing the diversity of dominant microbes in the largest High Arctic lake (2020)
- Frontiers in Microbiology
Graham A Colby, Matti O Ruuskanen, Kyra A St. Pierre, Vincent L St. Louis, Alexandre J Poulain, Stéphane Aris-Brosou
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Physicochemical drivers of microbial community structure in sediments of Lake Hazen, Nunavut, Canada (2018)
- Frontiers in Microbiology
Ruuskanen M., St. Pierre K., St. Louis V., Aris-Brosou S., Poulain A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Ionic Strength Differentially Affects the Bioavailability of Neutral and Negatively Charged Inorganic Hg Complexes (2017)
- Environmental Science and Technology
Stenzler B., Hinz A., Ruuskanen M., Poulain A.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Fertilizing with animal manure disseminates antibiotic resistance genes to the farm environment (2016)
- Journal of Environmental Quality
Ruuskanen M., Muurinen J., Meierjohan A., Pärnänen K., Tamminen M., Lyra C., Kronberg L., Virta M.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )