Matti Ruuskanen
PhD, Docent
matti.ruuskanen@utu.fi ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0003-4221-2880 |
Mikrobiomit; bioinformatiikka; mikrobiologia; datatiede
Mikrobiomit ja terveys, mikrobiomien datatiede
Suoritin kandidaatin ja maisterinopintoni mikrobiologiassa Helsingin yliopistossa 2008-2014, jossa tutkin muun muassa antibioottiresistenssigeenien leviämistä lannan levityksen aikana. Väitöskirjatutkimukseni tein Ottawan yliopistossa (Kanada) vuosina 2015-2019, jossa perehdyin arktisten järvisedimenttien mikrobiyhteisöihin ja niiden toimintaan. Vuosina 2019-2025 toimin Turun yliopistossa tutkijatohtorina Teemu Niirasen ja Leo Lahden ryhmissä. Projekteissani keskityin kroonisten sairauksien ja suolistomikrobiston yhteyksiin, sekä mikrobiomien datatieteen menetelmäkehitykseen. Olen saanut rahoitusta tutkimukseeni mm. Suomen Tiedeakatemialta, Suomen Akatemialta, Kulttuurirahastolta, sekä Sakari Alhopuron säätiöltä. Vuonna 2023 sain mikrobiologian dosentin arvonimen Helsingin yliopistosta. Olen työskennellyt yliopistonlehtorina bioteknologioiden laitoksella toukokuusta 2025 lähtien.
Tällä hetkellä tutkimukseni käsittelee mikrobiomidatatieteen soveltamista ja siihen liittyvää menetelmäkehitykstä. Monet meneillään olevista projekteistani käsittelevät metagenomiikasta saatavaa funktionaalista dataa ja hyödyntävät aikasarjapohjaista multiomiikkaa. Olen erityisen kiinnostunut kuinka suolistomikrobit metaboloivat erilaisia ravintoaineita yhteisötasolla, ja miten tämä yhdistyy ihmisen terveyteen ja kroonisiin sairauksiin.
Olen aikaisemmin toiminut apuopettajana useilla laboratorio- ja luentokursseilla Helsingin yliopistossa ja Ottawan yliopistossa (Kanada). Turun yliopistolla opetin Machine Learning and Algorithmics (TKO_3121) kurssia vuosina 2021-2024.
Opetan tällä hetkellä kursseilla Solu ja Biomolekyylit -teoria (BKEM5030), Elintarvikelainsäädäntö ja elintarvikevalvonta (ETEK0003), sekä Mikrobiologia (BKEM5013).
Olen ohjannut 4 kandidaatintyötä, 6 gradutyötä, ja ohjaan kolmea väitöskirjatutkijaa.
Minulla on dosenttisopimus Helsingin yliopistossa, ja olen suorittanut opettajan pedagogiset opinnot (60op) yliopistopedagogiikassa.
- Lifestyle associates with unique resistome and microbiome signatures in children (2026)
- BMC Microbiology
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Multi-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic review (2025)
- Briefings in Bioinformatics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Shotgun metagenomics reveals distinct skin microbial species in allergen-sensitized individuals (2025)
- Microbial genomics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Value of Multiomics Over Clinical Risk Factors in Hypertension Prediction (2025)
- Hypertension
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Variation and prognostic potential of the gut antibiotic resistome in the FINRISK 2002 cohort (2025)
- Nature Communications
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Integration of polygenic and gut metagenomic risk prediction for common diseases (2024)
- Nature Aging
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Role of Gut Microbiota in Statin-Associated New-Onset Diabetes—a Cross-Sectional and Prospective Analysis of the FINRISK 2002 Cohort (2024)
- Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Comprehensive biomarker profiling of hypertension in 36 985 Finnish individuals (2022)
- Journal of Hypertension
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - COMPREHENSIVE BIOMARKER PROFILING OF HYPERTENSION IN 36,985 FINNISH INDIVIDUALS (2022)
- Journal of Hypertension
(O2 Muu julkaisu ) - Early prediction of incident liver disease using conventional risk factors and gut-microbiome-augmented gradient boosting (2022)
- Cell Metabolism
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )



