Ulla Pentikäinen
FT, Dos
ulla.pentikainen@utu.fi +358 50 501 2574 Tykistökatu 6 Turku Työhuone: 5090 ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-6547-1282 |
Rakennebiologia; Röntgensädekristallografia; SAXS; proteiini-NMR; laskennallinen biofysiikka
Olen rakennebiologian tutkija, jolla laaja tausta kemiasta, biokemiasta,proteiinikemiasta ja erilaisista rakennebiologian menetelmistä sekä laskennallisesta bofysiikasta. Monipuolisen kokemuksen olen saanut toimimalla tutkijana eri tutkimusryhmissä sekä Suomessa (Turun yliopisto, entinen Kuopion yliopisto ja Jyväskylän yliopisto) että ulkomailla (Bristolin yliopisto, Iso-Briannia, ja Illinoisin Yliopisto, USA). Sitä mitä en vielä osaa, voin opetella. Olen kiinnostunut sairauksien syntymekanisemista molekyylitasolla, mikä elimistössä menee atomi-, molekyyli- ja proteiinitasolla vikaan niin, että sairastumme. Tutkimus edesauttaa uusien hoitomuotojen kehittämisen tutkimuksen kohteena oleviin sairauksiin, esimerkiksi erilaisiin syöpäsairauksiin.
Why diseases are developed? What goes wrong at molecular level in our body so that we get sick? The aim of my group is to learn to understand the molecular and structural level the underlying mechanisms behind different human diseases. Currently, we are focused on 1) mitral valve disease caused by the mutations in a cytoskeletal protein Filamin, and 2) cancer types developed due to the inhibition of protein phosphates 2A by different proteins. In addition, we are interested in how mechanical forces are mediated and propagated in cells, crucial for tissue development and having important implications for various diseases such valvular diseases, osteoporosis, and cancer.
In our research, we employ various structural biology methods, such as X-ray crystallography, protein NMR-spectroscopy, SAXS, as well as different theoretical biophysical simulations including MD and SMD simulations.
- Laaja opetuskokemus biokemiasta ja kemiasta
- Vastuuopettaja useilla luonto- ja laboratoriokursseilla Jyväskylän ja Turun yliopistoissa
- Opinto- ja tutkintokokonaisuus vastuuta
- Opettajan pedagoginen pätevyys
- Yliopisto-opettajan pedagoginen pätevyys
- Determination of binding site residues responsible for the subunit selectivity of novel marine-derived compounds on kainate receptors (2006)
- Molecular Pharmacology
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Subtype selectivity and flexibility of ionotropic glutamate receptors upon antagonist ligand binding (2006)
- Organic and Biomolecular Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Vascular amine oxidases are needed for leukocyte extravasation into inflamed joints in vivo (2006)
- Arthritis and Rheumatism
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Preparation of azacrown-functionalized 2 '-O-methyl oligoribonucleotides, potential artificial RNases (2004)
- Bioconjugate Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Stabilisation of the transition state of phosphodiester bond cleavage within linear single-stranded oligoribonucleotides (2004)
- Organic and Biomolecular Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The base sequence dependent flexibility of linear single-stranded oligoribonucleotides correlates with the reactivity of the phosphodiester bond (2003)
- Organic and Biomolecular Chemistry
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Azacrown tethered oligonucleotides: Potential artificial RNases (2002)
- Collection Symposium Series
(B1 Vertaisarvioimaton kirjoitus tieteellisessä lehdessä ) - The cleavage of RNA phosphodiester bonds by metal ions (2002)
- Collection Symposium Series
(A4 Vertaisarvioitu artikkeli konferenssijulkaisussa) - The reactivity of phosphodiester bonds within linear single-stranded oligoribonucleotides is strongly dependent on the base sequence (2002)
- Nucleic Acids Research
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The cleavage of phosphodiester bonds within small RNA bulges in the presence and absence of metal ion catalysts (2001)
- Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions 2
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - The effect of secondary structure on cleavage of the phosphodiester bonds of RNA (2001)
- Cell Biochemistry and Biophysics
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Allopurinol does not increase free radical scavenging capacity during reperfusion in coronary artery bypass graft patients (2000) Tarkka MR, Kaukinen S, Holm P, Kaukinen U, Sisto T, Kataja J, Huang WQ
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Effect of allopurinol on myocardial oxygen free radical production in coronary bypass surgery (2000) Tarkka MR, Vuolle M, Kaukinen S, Holm P, Eloranta J, Kaukinen U, Sisto T, Kataja J
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä ) - Age-related changes in the peroxyl radical scavenging capacity of human plasma. (1997)
- Free Radical Biology and Medicine
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )