Maria Jaakkola - UTU Tutkimustietojärjestelmä - UTU Tutkimustietojärjestelmä

Maria Jaakkola

- tutkijatohtori,
PET-keskus (erilliset laitokset)

makija@utu.fi

+358 29 450 3794

Tykistökatu 6

Turku

Julkaisut

Comparison of Automatic Segmentation and Preprocessing Approaches for Dynamic Total-Body 3D Pet Images with Different Pet Tracers (2025)
- Journal of Imaging Informatics in Medicine
Jaakkola, Maria K.; Rivera Pineda, Marcela Xiomara; Diaz, Rafael; Rantala, Maria; Jalo, Anna; Karpijoki, Henri; Saari, Teemu; Maaniitty, Teemu; Keller, Thomas; Louhi, Heli; Wahlroos, Saara; Haaparanta-Solin, Merja; Solin, Olof; Hentila, Jaakko; Helin, Jatta S.; Nissinen, Tuuli A.; Eskola, Olli; Rajander, Johan; Knuuti, Juhani; Virtanen, Kirsi A.; Hannukainen, Jarna C.; Lopez-Picon, Francisco; Klen, Riku
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)
- Scientific Reports
Jaakkola, Maria K.; Kukkonen-Macchi, Anu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Quantitative evaluation of unsupervised clustering algorithms for dynamic total-body PET image analysis (2025)
- Journal of Medical Engineering and Technology
Rainio, Oona; Jaakkola, Maria K.; Klén, Riku
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Analysis of sleep apnea research with a special focus on the use of positron emission tomography as a study tool (2024)
- Sleep Medicine Reviews
Li, Anting; Jaakkola, Maria; Saaresranta, Tarja; Klén, Riku; Li, Xiang-Guo
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression (2023)
- EBioMedicine
Suomi Tomi, Starskaia Inna, Kalim Ubaid Ullah, Rasool Omid, Jaakkola Maria K., Grönroos Toni, Välikangas Tommi, Brorsson Caroline, Mazzoni Gianluca, Bruggraber Sylvaine, Overbergh Lut, Dunger David, Peakman Mark, Chmura Piotr, Brunak Søren, Schulte Anke M., Mathieu Chantal, Knip Mikael, Lahesmaa Riitta, Elo Laura L. ;INNODIA Consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Quantitative Perfusion Imaging with Total-Body PET (2023)
- Journal of Nuclear Medicine
Knuuti Juhani, Tuisku Jouni, Kärpijoki Henri, Iida Hidehiro, Maaniitty Teemu, Latva-Rasku Aino, Oikonen Vesa, Nesterov Sergey V., Teuho Jarmo, Jaakkola Maria K., Klén Riku, Louhi Heli, Saunavaara Virva, Nuutila Pirjo, Saraste Antti, Rinne Juha, Nummenmaa Lauri
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Segmentation of Dynamic Total-Body [18F]-FDG PET Images Using Unsupervised Clustering (2023)
- International Journal of Biomedical Imaging
Jaakkola Maria K., Rantala Maria, Jalo Anna, Saari Teemu, Hentilä Jaakko, Helin Jatta S., Nissinen Tuuli A., Eskola Olli, Rajander Johan, Virtanen Kirsi A., Hannukainen Jarna C., López-Picón Francisco, Klén Riku
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Estimating cell type-specific differential expression using deconvolution (2022)
- Briefings in Bioinformatics
Jaakkola Maria K., Elo Laura L.
(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)
Extracting information from high-throughput gene expression data with pathway analysis and deconvolution (2022) Jaakkola Maria
(G5 Artikkeliväitöskirja)
Pancreas Whole Tissue Transcriptomics Highlights the Role of the Exocrine Pancreas in Patients With Recently Diagnosed Type 1 Diabetes (2022)
- Frontiers in Endocrinology
Välikangas Tommi, Lietzén Niina, Jaakkola Maria K, Krogvold Lars, Eike Morten C, Kallionpää Henna, Tuomela Soile, Mathews Clayton, Gerling Ivan C, Oikarinen Sami, Hyöty Heikki, Dahl-Jorgensen Knut, Elo Laura L, Lahesmaa Riitta
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Computational deconvolution to estimate cell type-specific gene expression from bulk data (2021)
- NAR Genomics and Bioinformatics: Nucleic Acids Research Genomics and Bioinformatics
Jaakkola Maria K., Elo Laura L.
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Crowdsourcing digital health measures to predict Parkinson's disease severity: the Parkinson's Disease Digital Biomarker DREAM Challenge (2021)
- npj Digital Medicine
Sieberts SolveigK, Schaff Jennifer, Duda Marlena, Pataki Bálint Ármin, Sun Ming, Snyder Phil, Daneault Jean-Francois, Parisi Federico, Costante Gianluca, Rubin Udi, Banda Peter, Chae Yoree, Neto Elias Chaibub, Dorsey E Ray, Aydin Zafer, Chen Aipeng, Elo Laura L, Espino Carlos, Glaab Enrico, Goan Ethan, Golabchi Fatemeh Noushin, Görmez Yasin, Jaakkola Maria K, Jonnagaddala Jitendra, Klén Riku, Li Dongmei, McDaniel Christian, Perrin Dimitri, Perumal Thanneer M, Rad Nastaran Mohammadian, Rainaldi Erin, Sapienza Stefano, Schwab Patrick, Shokhirev Nikolai, Venäläinen Mikko S, Vergara-Diaz Gloria, Zhang Yuqian, Wang Yuanjian, Guan Yuanfang, Brunner Daniela, Bonato Paolo, Mangravite Lara M, Omberg Larsson; the Parkinson's Disease Digital Biomarker Challenge Consortium
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
A crowdsourced analysis to identify ab initio molecular signatures predictive of susceptibility to viral infection (2018)
- Nature Communications
Slim Fourati, Aarthi Talla, Mehrad Mahmoudian, Joshua G. Burkhart, Riku Klén, Ricardo Henao, Thomas Yu, Zafer Aydın, Ka Yee Yeung, Mehmet Eren Ahsen, Reem Almugbel, Samad Jahandideh, Xiao Liang, Torbjörn E.M. Nordling, Motoki Shiga, Ana Stanescu, Robert Vogel, The Respiratory Viral DREAM Challenge Consortium, Gaurav Pandey, Christopher Chiu, Micah T. McClain, Christopher W. Woods, Geoffrey S. Ginsburg, Laura L. Elo, Ephraim L. Tsalik, Lara M. Mangravite, Solveig K. Sieberts
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Enterovirus-associated changes in blood transcriptomic profiles of children with genetic susceptibility to type 1 diabetes (2018)
- Diabetologia
Niina Lietzen, Le T. T. An, Maria K. Jaakkola, Henna Kallionpää, Sami Oikarinen, Juha Mykkänen, Mikael Knip, Riitta Veijola, Jorma Ilonen, Jorma Toppari, Heikki Hyöty, Riitta Lahesmaa, Laura L. Elo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
PASI: A novel pathway method to identify delicate group effects (2018)
- PLoS ONE
Maria K. Jaakkola, Aidan J. McGlinchey, Riku Klen, Laura L. Elo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Comparison of methods to detect differentially expressed genes between single-cell populations (2017)
- Briefings in Bioinformatics
Maria K. Jaakkola, Fatemeh Seyednasrollah, Arfa Mehmood, Laura L. Elo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
ROTS: An R package for reproducibility-optimized statistical testing (2017)
- PLoS Computational Biology
Tomi Suomi, Fatemeh Seyednasrollah, Maria K. Jaakkola, Thomas Faux,
Laura L. Elo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Empirical comparison of structure-based pathway methods (2016)
- Briefings in Bioinformatics
Maria K. Jaakkola, Laura L. Elo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )