Pekka Kääpä syntyi Helsingissä 23.7.1947. Hän kävi koulunsa Varkaudessa ja opiskeli lääketiedettä Sveitsissä, valmistui Bernin yliopistosta vuonna 1975. Lääketieteen ja kirurgian tohtoriksi hän väitteli Oulun yliopistossa vuonna 1983. Pekka Kääpä oli neonatologian dosentti (OY) ja kehitysfysiologian dosentti (TY). Erityispätevyyden Kääpä hankki ilmailulääketieteestä, hallinnosta ja lääkärikouluttajana. Hän toimi vuosia Turun yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa opettajatehtävissä, kuten Sydäntutkimus-aseman apulaisopettajan virassa ja ma. fysiologian professorina. Vuonna 2006 Pekka Kääpä nimitettiin lastentautiopin määräaikaiseen professuuriin. Eläkkeelle hän jäi professuurista vuonna 2013.