Pieni osa vastasyntyneistä tarvitsee kirurgista hoitoa syntymänsä jälkeen. Taustalla on usein ruuansulatuskanavan tai vatsanpeitteiden synnynnäinen rakennepoikkeavuus taikka akuutti suolen puhkeama. Sairauksien varhainen diagnosointi ja leikkaukseen liittyvä tiivis moniammatillinen yhteistyö perioperatiivisesti ovat hoidon onnistumisen kannalta keskeisiä. Raskaudenaikainen kaikukuvausdiagnosointi helpottaa hoidon suunnittelua ja hoidon keskittämistä lastenkirurgisiin päivystysyksiköihin. Suurimmassa osassa tapauksista ennuste on nykyhoidolla hyvä, mutta etenkin pienten keskosten nekrotisoivaan enterokoliittiin, synnynnäiseen palleatyrään, sydämen rakennepoikkeavuuksiin ja kromosomihäiriöihin liittyy merkittävää kuolleisuutta. Osa sairauksista vaatii seurantaa yliopistosairaaloissa alkuvaiheen kirurgisen hoidon jälkeen koko kasvukauden ajan ja mahdollisesti vielä aikuisiälläkin.