Högholmenin saarella on keskiaikana sijainnut linnaksi tulkitun puurakennuksen paikka ja saaren rannassa sen käyttöaikaan liittyviä puurakenteita, joiden nykyisin veden alla säilyneet osat ovat ainutlaatuinen muinaisjäännöskohde Suomessa. Högholmenia tutkittiin vuonna 2023 kolme eri kertaa:

1. Saari kuvattiin dronella huhtikuussa ja kuvista tehtiin fotogrammetrisesti 3D-malli.
2. Kesällä Högholmenin ja Hiittisten välistä salmea ilmakuvattiin matalan veden aikaan.
3. Marraskuussa salmi ja Högholmenin lähiympäristö vielä kokonaisuudessaan viistokaikuluodattiin.

Tutkimusten tuloksena tehdystä tarkasta 3D-mallista pystyttiin nyt havaitsemaan pienetkin pohjan muodot, kalliot, kivet, uppopuut, hirret ja rakenteet, mikä myös varmisti, ettei esimerkiksi jo aiemmin tunnettujen kiviarkkujen jäännöksiä ollut enempää ja hirsirakenteiden jäännöksiä on säilynyt vain niiden neljän kiviarkun ympärillä.

Vedaholmenilta Högholmenille merenpohjassa kulkee parijonossa kivirivi, joka katkeaa salmen syvimmässä, ruopatussa kohdassa. Kivirivit todennäköisesti kuuluvat Hiitisten ja Högholmenin yhdistävään siltarakenteeseen, mutta myös kalastusrakenne tai salmen sulkeva puolustusrakenne ovat mahdollisuuden rajoissa. Salmen keskellä olevan kallionlaen ympäriltä ei löytynyt hirsirakenteita, eikä se olisi hieman yllättäen näyttänytkään kuuluvan siltarakenteeseen, vaikka näin on esitetty.

Högholmenin lounaispuolella olevien kiviarkkujen koko on noin 6 x 6 m. Arkut ovat sijoitettu tasaisesti noin 20 m etäisydelle toisistaan ja jokainen arkku on noin 30–40 m päässä saaren rannasta. Rannansiirtymisen huomioon ottaen meren syvyys kiviarkkujen kohdalla oli 1300-luvulla noin 6 metriä.

Aiemmin on ajateltu, että kiviarkut ovat liittynyt osaksi jonkinlaista Högholmenin linnoituksen puolustusvarustusta, jossa arkkujen välinen rakenne olisi sulkenut tien mereltä saarelle. Puolustusvarustuksena tämä olisi kuitenkin ollut täysin riittämätön, koska mäen laen rakennuksille olisi ollut pääsy kaikkialta muualta päin.

Korkeusmallin perusteella Högholmenin lounaisrannan pohjan muoto ja kivettömyys, sekä keskiajan suurille kauppa-aluksille riittävä syvyys, noin 6 m, tekevät lounaisrannasta soveltuvan suurten alusten satamapaikaksi. Hirsiarkkurakenne on perinteinen pistolaiturin päätyrakenne. Meressä säilyneitä puurakenteita on vain saaren luoteisen laiturin ja näiden neljän lounaisen kiviarkun ympärillä. Havaintojen myötä arkut voisivat kuulua ennemminkin pistolaiturirakenteisiin kuin puolustusvarustuksiin.

Högholmenin käyttö keskiajalla näyttäisi sittenkin enemmän olleen ulkomaankauppasatama kuin puolustuslinnoitus. Ulkosaariston vartioasemaksikin saari on matala ja lähellä on huomattavasti parempia, korkeita tähystyspaikkoja. Niin tuontitavarat kuin paikallisten kalansaaliit olisivat jatkaneet matkaa Högholmenilta ja Hiittisistä paikallisena sisäsaaristokuljetuksena mantereelle, kesällä veneillä ja talvella reellä.

Sataman laiturien suuri koko ja riittävä veden syvyys olisivat mahdollistaneet suurten alusten ankkuroinnin ja lastin purun. Lasti on voitu purkaa saaren rakennuksiin ja toisaalta se on voitu myös kuljettaa ranta-aittoihin Hiitisiin siltaa pitkin. Myös laivojen miehistöt ovat voineet käydä maissa, ruokailla ja yöpyä Hiittisissä siltaa pitkin kulkien.

Näin Högholmenin toiminnan keskus siirtyisi linnoituksesta saaren laelta satamaan ja levittäytyisi myös pääsaarelle Hiittisiin. Ajateltu linnoitus saattaisi olla ennemminkin jonkinlainen kruunun tavaran vastaanottokeskus, tulli ja ryöstäjiä vastaan varustettu tavaravarasto kuin valtiollinen puolustuslinna. Högholmenin kaivausten löytöaineisto, rahat, nopat, sinettileimasin, ruokailuvälineet, pikarit, ruukut ja runsas luuaineisto kertovat kaupankäynnistä, ruoanvalmistuksesta, ruokailusta ja pelaamisesta, mitkä kaikki voivat liittyä paitsi linnan toimintaan, myös sataman kaupankäyntiin ja ulkomaalaisen laivanväen vierailuihin.

Tehdyt uudet löydöt saattavat syrjäyttää linnoitustulkinnan, vaikka ei ole lainkaan mahdotonta, että paikalla on saattanut olla linnoitus ja kauppasatama. Högholmenin lounaispuolen ulkomaankauppalaiturit yhdessä luoteisen paikallissataman ja sillan kanssa ovat saattaneet muodostaa Hiittisiin 1300-luvun jälkipuoliskolla yhden suurimmista ja tärkeimmistä Suomen ulkomaankaupan solmukohdista. Puusta tehtyjen rakennusten ja rakennelmien täydellinen häviäminen vaikeuttaa tutkimusta ja tulkintaa kuitenkin merkittävästi.