Laboratoriokokein varmistettu kliininen hypotyreoosi hoidetaan aina. Subkliininen hypotyreoosi on myös hoidon aihe etenkin silloin, kun TSH-pitoisuus on yli 10 mU/l. Tätä lievemmän hypotyreoosin hoito on tapauskohtaista. Tyroksiini on ensisijainen korvaushoidon valinta. Se voidaan aloittaa nuorella ja hyväkuntoisella aikuisella suoraan ylläpitoannoksella. Keskimääräinen ylläpitoannos hypotyreoosin hoidossa on 1,5-1,8 µg/kg/vrk. Subkliinisessä hypotyreoosissa, iäkkäillä tai oireisessa sepelvaltimotaudissa hoitoannos on usein vain 25-75 µg/vrk. TSH on kilpirauhasalkuisen hypotyreoosin hoidon tärkein seurantaparametri. Sen pitoisuuden tulisi olla nuorilla aikuisilla 1-2,5 mU/l, mutta voi olla tätä suurempi keski-ikäisillä ja iäkkäillä potilailla.