Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)

A competitive precision CRISPR method to identify the fitness effects of transcription factor binding sites



Julkaisun tekijät: Pihlajamaa Päivi, Kauko Otto, Sahu Biswajyoti, Kivioja Teemu, Taipale Jussi

Kustantaja: Nature Portfolio

Julkaisuvuosi: 2023

Journal: Nature Biotechnology

Tietokannassa oleva lehden nimi: NATURE BIOTECHNOLOGY

Lehden akronyymi: NAT BIOTECHNOL

Volyymi: 41

Aloitussivu: 197

Lopetussivun numero: 203

Sivujen määrä: 26

ISSN: 1087-0156

eISSN: 1546-1696

DOI: http://dx.doi.org/10.1038/s41587-022-01444-6

Verkko-osoite: https://www.nature.com/articles/s41587-022-01444-6

Rinnakkaistallenteen osoite: https://research.utu.fi/converis/portal/detail/Publication/177252758


Tiivistelmä

Here we describe a competitive genome editing method that measures the effect of mutations on molecular functions, based on precision CRISPR editing using template libraries with either the original or altered sequence, and a sequence tag, enabling direct comparison between original and mutated cells. Using the example of the MYC oncogene, we identify important transcriptional targets and show that E-box mutations at MYC target gene promoters reduce cellular fitness. A competitive CRISPR method discovers targets and phenotypic effects of the MYC oncogene.


Ladattava julkaisu

This is an electronic reprint of the original article.
This reprint may differ from the original in pagination and typographic detail. Please cite the original version.

Last updated on 2023-02-06 at 13:09