Juha Ylisalo on yliopisto-opettaja (ma.) valtio-opin oppiaineessa. Lisäksi hän on valtio-opin, erityisesti puolue- ja vaalitutkimuksen dosentti Tampereen yliopistossa. Hän on myös Valtiotieteellisen yhdistyksen julkaiseman Politiikka-lehden toimituksen jäsen sekä osallistuu eduskuntavaalien yhteydessä toteutettavista vaalitutkimuksista vastaavan Suomen kansallisen vaalitutkimuskonsortion toimintaan.

Juha Ylisalon tämänhetkinen tutkimus kohdistuu erityisesti puolueiden tavoitteisiin eduskuntavaaleissa: niiden taustoihin ja vaikutuksiin noudatettuun politiikkaan sekä siihen, miten kansalaiset arvioivat puolueiden tavoitteiden saavuttamista. Hän on tutkinut myös hallitusten kokoonpanon yhteyksiä Euroopan maiden julkiseen talouteen, politiikan aikajännettä, politiikkatoimien hyväksyttävyyttä ja vaalijärjestelmän uudistamishankkeita.

Syyslukukaudella 2025 Juha Ylisalo vastaa APJ1 Poliittiset voimat -luentokurssista sekä P3.2 Politiikan teorian klassikot -kurssista. Hän myös vastaanottaa seuraavat kirjatentit: P1 Johdatus politiikan tutkimukseen (sivuaineopiskelijoiden kirjatentti), P4 Poliittiset järjestelmät, APJ1 Poliittiset voimat ja APJ4 Vertaileva politiikantutkimus. Esimerkiksi puoluepolitiikkaan tai vaaleihin liittyviä opinnäytteitä suunnittelevat tai tekevät opiskelijat ovat tervetulleita ottamaan yhteyttä.