Jarkko Koivunen
Docent
jarkko.koivunen@utu.fi +358 29 450 4927 +358 50 449 4932 Tykistökatu 6 Turku ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-8060-555X |
yritysten ja tutkimusorganisaatioiden yhteistyö, tutkimusrahoitus, lääkekehitys
Valmistuin orgaanisen kemian maisteriksi vuonna 2007 ja solu- ja molekyylibiologian tohtoriksi vuonna 2011 Jyväskylän yliopistosta. Väiteltyäni muutin Ouluun, jossa työskentelin tutkijana yli kymmenen vuotta. Olen toiminut InFLAMES-lippulaivan tutkimuspäällikkönä tammikuusta 2022 lähtien.
Minulla on laajat verkostot ympäri maailmaa, kaikkea lääkeaineiden tehoseulonnasta syöpätutkimukseen, yliopistoista yrityksiin. Olen valmistellut ja kirjoittanut isoja kansainvälisiä hakemuksia, etsinyt uusia kumppaneita, kommentoinut hakutekstejä ja osallistunut muihin rahoitushakemusten laatimiseen liittyviin tehtäviin. Osaamiseeni kuuluvat tärkeimmät suomalaiset ja kansainväliset säätiöt, MSCA, Horisontti Eurooppaa, Business Finland ja Suomen Akatemia.
Olen orgaanisen kemian maisteri ja tohtorintutkintoni tein solu- ja molekyylibiologiasta yhteistyössä Biotie Therapies Oyj:n kanssa. Väitöskirjassani kehitin integriineihin kohdistettuja lääkeaihioita ja käytin useita eri menetelmiä molekyylimallinnuksesta solukokeisiin.
Viimeiset kymmenen vuotta tutkimukseni on keskittynyt sidekudosbiologiaan, erityisesti kudosten homeostaasiin, fibroosiin ja syöpään. Menetelmäosaamiseeni kuuluvat hiirityöt, mukaan lukien luuytimensiirrot, konfokaali- ja elektronimikroskopia, Crispr/Cas9, lentivirustyöt, syöpäbiologia, organ-on-a-chip ja kudosviljelmät. Sidekudosbiologian lisäksi olen ollut mukana monissa uusiin syöpälääkkeisiin tähtäävissä tutkimushankkeissa.
Olen opettanut biokemistejä sekä lääketieteenopiskelijoita yli vuosikymmenen ajan. Opetustehtäviini on kuulunut laboratoriokurssija sekä luentoja aiheista kuten aineenvaihdunta, sidekudosbiologia, rakennebiologia ja solubiologia. Lisäksi olen ollut mukana valmistelemassa ja arvostelemassa biokemian pääsykokeita sekä kehittämässä laboratoriokursseja ja datahallinnan kurssia.
Olen ohjannut kolme tohtorinväitöskirjaa loppuun saakka ja olen kahden väitöskirjatutkijan ohjaaja. Lisäksi olen ohjannut kuusi pro gradua, kolme kandidaatintutkielmaa ja useita harjoittelijoita.
- Temporally and spatially regulated collagen XVIII isoforms are involved in ureteric tree development via the TSP1-like domain (2023)
- Matrix Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Analysis of extracellular matrix network dynamics in cancer using the MatriNet database (2022)
- Matrix Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Identification of suitable reference genes for normalization of reverse transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR) in the fibrotic phase of the bleomycin mouse model of pulmonary fibrosis. (2022)
- PLoS ONE
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The CMS19 disease model specifies a pivotal role for collagen XIII in bone homeostasis (2022)
- Scientific Reports
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Upregulated integrin α11 in the stroma of cutaneous squamous cell carcinoma promotes skin carcinogenesis (2022)
- Frontiers in Oncology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Integrin alpha 11 beta 1 is a receptor for collagen XIII (2021)
- Cell and Tissue Research
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The Burden of Post-Translational Modification (PTM)-Disrupting Mutations in the Tumor Matrisome (2021)
- Cancers
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Exploring the roles of MACIT and multiplexin collagens in stem cells and cancer (2020)
- Seminars in Cancer Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Lack of collagen XVIII leads to lipodystrophy and perturbs hepatic glucose and lipid homeostasis (2020)
- Journal of Physiology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Machine Learning Identifies Robust Matrisome Markers and Regulatory Mechanisms in Cancer (2020)
- International Journal of Molecular Sciences
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Collagen XIII-derived ectodomain regulates bone angiogenesis and intracortical remodeling (2019)
- Matrix Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - 2-Phenylquinazolinones as dual-activity tankyrase-kinase inhibitors (2018)
- Scientific Reports
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The N-terminal domain of unknown function (DUF959) in collagen XVIII is intrinsically disordered and highly O-glycosylated (2018)
- Biochemical Journal
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Highly Potent and Isoform Selective Dual Site Binding Tankyrase/Wnt Signaling Inhibitors That Increase Cellular Glucose Uptake and Have Antiproliferative Activity (2017)
- Journal of Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Small-Molecule Chemical Probe Rescues Cells from Mono-ADP-Ribosyltransferase ARTD10/PARP10-Induced Apoptosis and Sensitizes Cancer Cells to DNA Damage (2016)
- Cell Chemical Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of potent and selective nonplanar tankyrase inhibiting nicotinamide mimics (2015)
- Bioorganic and Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of Tankyrase Inhibiting Flavones with Increased Potency and Isoenzyme Selectivity (2013)
- Journal of Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - para-Substituted 2-Phenyl-3,4-dihydroquinazolin-4-ones As Potent and Selective Tankyrase Inhibitors (2013)
- ChemMedChem
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Novel alpha 2 beta 1 Integrin Inhibitors Reveal That Integrin Binding to Collagen under Shear Stress Conditions Does Not Require Receptor Preactivation (2012)
- Journal of Biological Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Blockage of collagen binding to integrin alpha 2 beta 1: structure-activity relationship of protein-protein interaction inhibitors (2011)
- MedChemComm
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))