Jarkko Koivunen
Docent
jarkko.koivunen@utu.fi +358 29 450 4927 +358 50 449 4932 Tykistökatu 6 Turku ORCID-tunniste: https://orcid.org/0000-0001-8060-555X |
yritysten ja tutkimusorganisaatioiden yhteistyö, tutkimusrahoitus, lääkekehitys
I obtained my masters in organic chemistry in 2007 and my PhD in cellular and molecular biology in 2011, both from the University of Jyväskylä. After finishing PhD, I moved to Oulu where I worked as a researcher over ten years.
I have good industrial and academic networks varying from high content screening to cancer research. I have been working in preparation and writing of consortium and other major international applications, seeking new partners, commenting on the application texts and participation in other tasks related to compiling the funding applications.
I did my master’s degree in organic chemistry and my PhD in cellular and molecular biology in collaboration with Biotie Therapies Corporation. My PhD thesis was based on integrin-research using multiple methods from molecular modelling to cellular assays.
For past ten years, my research focus has been in matrix biology, especially in tissue homeostasis, fibrosis and cancer. My methodological know-how includes mouse work including bone marrow transplants, confocal and electron microscopy, Crispr/Cas9, lentiviral transduction, high content imaging, cancer biology, organ-on-a-chip, and organ cultures. In addition to matrix biology, I have been involved in many drug discovery projects targeting different cancers.
- Analysis of extracellular matrix network dynamics in cancer using the MatriNet database (2022)
- Matrix Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Identification of suitable reference genes for normalization of reverse transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR) in the fibrotic phase of the bleomycin mouse model of pulmonary fibrosis. (2022)
- PLoS ONE
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The CMS19 disease model specifies a pivotal role for collagen XIII in bone homeostasis (2022)
- Scientific Reports
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Upregulated integrin α11 in the stroma of cutaneous squamous cell carcinoma promotes skin carcinogenesis (2022)
- Frontiers in Oncology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Integrin alpha 11 beta 1 is a receptor for collagen XIII (2021)
- Cell and Tissue Research
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The Burden of Post-Translational Modification (PTM)-Disrupting Mutations in the Tumor Matrisome (2021)
- Cancers
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Exploring the roles of MACIT and multiplexin collagens in stem cells and cancer (2020)
- Seminars in Cancer Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Lack of collagen XVIII leads to lipodystrophy and perturbs hepatic glucose and lipid homeostasis (2020)
- Journal of Physiology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Machine Learning Identifies Robust Matrisome Markers and Regulatory Mechanisms in Cancer (2020)
- International Journal of Molecular Sciences
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Collagen XIII-derived ectodomain regulates bone angiogenesis and intracortical remodeling (2019)
- Matrix Biology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - 2-Phenylquinazolinones as dual-activity tankyrase-kinase inhibitors (2018)
- Scientific Reports
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - The N-terminal domain of unknown function (DUF959) in collagen XVIII is intrinsically disordered and highly O-glycosylated (2018)
- Biochemical Journal
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Highly Potent and Isoform Selective Dual Site Binding Tankyrase/Wnt Signaling Inhibitors That Increase Cellular Glucose Uptake and Have Antiproliferative Activity (2017)
- Journal of Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Small-Molecule Chemical Probe Rescues Cells from Mono-ADP-Ribosyltransferase ARTD10/PARP10-Induced Apoptosis and Sensitizes Cancer Cells to DNA Damage (2016) Venkannagari H, Verheugd P, Koivunen J, Haikarainen T, Obaji E, Ashok Y, Narwal M, Pihlajaniemi T, Luscher B, Lehtio L
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of potent and selective nonplanar tankyrase inhibiting nicotinamide mimics (2015)
- Bioorganic and Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Discovery of Tankyrase Inhibiting Flavones with Increased Potency and Isoenzyme Selectivity (2013)
- Journal of Medicinal Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - para-Substituted 2-Phenyl-3,4-dihydroquinazolin-4-ones As Potent and Selective Tankyrase Inhibitors (2013)
- ChemMedChem
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Novel alpha 2 beta 1 Integrin Inhibitors Reveal That Integrin Binding to Collagen under Shear Stress Conditions Does Not Require Receptor Preactivation (2012)
- Journal of Biological Chemistry
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Blockage of collagen binding to integrin alpha 2 beta 1: structure-activity relationship of protein-protein interaction inhibitors (2011)
- MedChemComm
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1)) - Fluorescent Small Molecule Probe to Modulate and Explore alpha 2 beta 1 Integrin Function (2011)
- Journal of the American Chemical Society
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))